More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2937 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2937  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
187 aa  388  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000493547 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0243  50S ribosomal protein L13  72.3 
 
 
159 aa  238  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2707  50S ribosomal protein L13  72.08 
 
 
154 aa  234  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613136  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1421  50S ribosomal protein L13  72.08 
 
 
154 aa  234  7e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.356798  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2455  50S ribosomal protein L13  71.43 
 
 
154 aa  234  7e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.409282  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0148  50S ribosomal protein L13  72.19 
 
 
153 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3106  50S ribosomal protein L13  71.43 
 
 
154 aa  232  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.668534  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1322  50S ribosomal protein L13  69.48 
 
 
154 aa  231  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4847  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4612  50S ribosomal protein L13  71.52 
 
 
153 aa  231  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0118736 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1164  50S ribosomal protein L13  70.39 
 
 
153 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529766  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0791  50S ribosomal protein L13  71.33 
 
 
154 aa  229  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.532879  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1873  ribosomal protein L13  71.9 
 
 
156 aa  229  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.948163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1178  50S ribosomal protein L13  70.86 
 
 
153 aa  229  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130484  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0787  50S ribosomal protein L13  71.33 
 
 
154 aa  229  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.945783  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2671  50S ribosomal protein L13  71.43 
 
 
154 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.133439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2696  50S ribosomal protein L13  70.78 
 
 
154 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0952933  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1682  50S ribosomal protein L13  68.18 
 
 
154 aa  228  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0124683  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1235  50S ribosomal protein L13  68.18 
 
 
154 aa  227  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.751554  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0862  50S ribosomal protein L13  67.53 
 
 
154 aa  227  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2649  50S ribosomal protein L13  69.54 
 
 
153 aa  225  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4592  50S ribosomal protein L13  69.48 
 
 
154 aa  224  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1378  ribosomal protein L13  70.86 
 
 
156 aa  223  9e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0874566 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2619  50S ribosomal protein L13  69.54 
 
 
153 aa  223  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2842  50S ribosomal protein L13  69.54 
 
 
153 aa  223  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.890414 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4344  50S ribosomal protein L13  69.74 
 
 
153 aa  223  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.284229  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0901  50S ribosomal protein L13  66.88 
 
 
154 aa  223  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.469735  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1514  50S ribosomal protein L13  67.97 
 
 
154 aa  222  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.8697  normal  0.477541 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2495  50S ribosomal protein L13  68 
 
 
154 aa  220  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0067  50S ribosomal protein L13  64 
 
 
152 aa  219  9.999999999999999e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2969  50S ribosomal protein L13  66.23 
 
 
154 aa  215  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0186742  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2176  50S ribosomal protein L13  66.23 
 
 
154 aa  214  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25669  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0022  50S ribosomal protein L13  64.94 
 
 
154 aa  213  9e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.550014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1651  50S ribosomal protein L13  64.94 
 
 
154 aa  213  9e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4595  50S ribosomal protein L13  64.86 
 
 
159 aa  212  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3026  50S ribosomal protein L13  62.75 
 
 
157 aa  210  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1602  50S ribosomal protein L13  64.47 
 
 
152 aa  208  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.206566  normal  0.915061 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0840  50S ribosomal protein L13  61.18 
 
 
152 aa  208  4e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.637892  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0822  50S ribosomal protein L13  58.55 
 
 
156 aa  207  5e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.865147  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3286  50S ribosomal protein L13  64.19 
 
 
159 aa  206  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1019  50S ribosomal protein L13  57.24 
 
 
156 aa  206  2e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2426  50S ribosomal protein L13  62.5 
 
 
164 aa  201  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0464276  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1385  50S ribosomal protein L13  61.18 
 
 
152 aa  200  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2250  50S ribosomal protein L13  60.4 
 
 
158 aa  197  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2152  50S ribosomal protein L13  59.09 
 
 
154 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0607483  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1477  50S ribosomal protein L13  58.78 
 
 
160 aa  187  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.207503 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3497  ribosomal protein L13  57.75 
 
 
150 aa  177  9e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000146493  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4741  ribosomal protein L13  57.04 
 
 
147 aa  176  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000831745  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0246  50S ribosomal protein L13  56.94 
 
 
144 aa  173  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0124742  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0136  50S ribosomal protein L13  56.93 
 
 
145 aa  170  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000986136  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 
142 aa  170  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000130449  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0453  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 
148 aa  170  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0286772  normal  0.569665 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  58.99 
 
 
145 aa  170  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000751399  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0500  50S ribosomal protein L13  56.94 
 
 
147 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0138  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  169  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000668177  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 
142 aa  169  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 
142 aa  167  6e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_007973  Rmet_0410  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 
142 aa  167  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000000575017  normal  0.0346472 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3039  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 
147 aa  167  9e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0862388  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1799  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
145 aa  166  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0143  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145264  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 
142 aa  167  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0143  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000163354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0138  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.36726e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 
142 aa  167  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0165  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000103793  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0156  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.54845e-34 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0143  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000175046  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 
142 aa  167  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0175  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
145 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000580183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2564  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
161 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000007734  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5914  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.471626  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4113  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 
142 aa  166  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  55.56 
 
 
154 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5161  50S ribosomal protein L13  56.12 
 
 
145 aa  165  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000749627  hitchhiker  0.00000001137 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  52.45 
 
 
142 aa  164  5e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 
142 aa  164  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0721  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
143 aa  164  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21990  LSU ribosomal protein L13P  54.79 
 
 
145 aa  164  5.9999999999999996e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000237961  hitchhiker  0.00551635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0720  50S ribosomal protein L13  56.12 
 
 
147 aa  164  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0381  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00368247  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0366  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000157584  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 
142 aa  164  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2680  ribosomal protein L13  58.82 
 
 
148 aa  164  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0154715  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3354  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000156516  hitchhiker  0.0000450928 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2286  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
145 aa  163  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101681  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3765  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413551  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0721  ribosomal protein L13  52.41 
 
 
151 aa  164  1.0000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0607  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000615689  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0604  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0196  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.128257  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0646  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000032865  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0625  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2245  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
145 aa  163  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000176479  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0573  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000226518  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  56.12 
 
 
145 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000514694  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0599  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
176 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000510805  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0679  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000098694  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4053  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 
142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3421  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378048  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  53.96 
 
 
143 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>