More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2707 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2707  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 154 aa  316  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613136  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2671  50S ribosomal protein L13  96.75 
 
 		 154 aa  305  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.133439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3106  50S ribosomal protein L13  94.16 
 
 		 154 aa  303  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.668534  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2696  50S ribosomal protein L13  91.56 
 
 		 154 aa  298  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0952933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2455  50S ribosomal protein L13  90.91 
 
 		 154 aa  295  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.409282  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1421  50S ribosomal protein L13  89.61 
 
 		 154 aa  293  5e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.356798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4592  50S ribosomal protein L13  81.17 
 
 		 154 aa  269  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1873  ribosomal protein L13  82.35 
 
 		 156 aa  264  4e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.948163 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4344  50S ribosomal protein L13  78.95 
 
 		 153 aa  260  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.284229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4612  50S ribosomal protein L13  80.39 
 
 		 153 aa  256  6e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0118736 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0148  50S ribosomal protein L13  79.74 
 
 		 153 aa  255  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1164  50S ribosomal protein L13  77.78 
 
 		 153 aa  251  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529766  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1235  50S ribosomal protein L13  75.32 
 
 		 154 aa  248  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.751554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1322  50S ribosomal protein L13  74.68 
 
 		 154 aa  247  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0901  50S ribosomal protein L13  75.97 
 
 		 154 aa  247  5e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.469735  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2842  50S ribosomal protein L13  75.82 
 
 		 153 aa  244  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.890414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2619  50S ribosomal protein L13  75.82 
 
 		 153 aa  244  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2649  50S ribosomal protein L13  75.16 
 
 		 153 aa  243  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1378  ribosomal protein L13  74.83 
 
 		 156 aa  243  6.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0874566 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1178  50S ribosomal protein L13  75.16 
 
 		 153 aa  243  9e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1682  50S ribosomal protein L13  74.68 
 
 		 154 aa  238  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0124683  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0787  50S ribosomal protein L13  78 
 
 		 154 aa  237  4e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.945783  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0791  50S ribosomal protein L13  78 
 
 		 154 aa  237  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.532879  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0862  50S ribosomal protein L13  72.73 
 
 		 154 aa  237  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2495  50S ribosomal protein L13  77.33 
 
 		 154 aa  237  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2937  50S ribosomal protein L13  72.08 
 
 		 187 aa  234  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493547 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2969  50S ribosomal protein L13  70.78 
 
 		 154 aa  228  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0186742  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0243  50S ribosomal protein L13  68.92 
 
 		 159 aa  222  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1514  50S ribosomal protein L13  69.28 
 
 		 154 aa  216  6e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.8697  normal  0.477541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1602  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 		 152 aa  215  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.206566  normal  0.915061 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3286  50S ribosomal protein L13  69.59 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4595  50S ribosomal protein L13  66.89 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2176  50S ribosomal protein L13  67.53 
 
 		 154 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0022  50S ribosomal protein L13  66.23 
 
 		 154 aa  211  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.550014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1651  50S ribosomal protein L13  66.23 
 
 		 154 aa  211  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2426  50S ribosomal protein L13  64.94 
 
 		 164 aa  211  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0464276  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1385  50S ribosomal protein L13  63.4 
 
 		 152 aa  209  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2250  50S ribosomal protein L13  64.86 
 
 		 158 aa  208  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1477  50S ribosomal protein L13  66.89 
 
 		 160 aa  207  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.207503 
 
 
-
 
NC_002978  WD0067  50S ribosomal protein L13  58.55 
 
 		 152 aa  199  9.999999999999999e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3026  50S ribosomal protein L13  58.82 
 
 		 157 aa  197  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2152  50S ribosomal protein L13  59.74 
 
 		 154 aa  193  8.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0607483  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  60.14 
 
 		 142 aa  183  9e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0246  50S ribosomal protein L13  59.72 
 
 		 144 aa  181  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0124742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  58.74 
 
 		 142 aa  181  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 142 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 142 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0822  50S ribosomal protein L13  54.67 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.865147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 142 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0840  50S ribosomal protein L13  53.95 
 
 		 152 aa  177  4e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.637892  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1019  50S ribosomal protein L13  55.33 
 
 		 156 aa  177  4.999999999999999e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000630317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000038374  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000136634  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000032614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000942951  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000295186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000244686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000756717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  59.44 
 
 		 142 aa  176  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000311613  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000415233  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  58.74 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  58.74 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 142 aa  175  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000151129  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  174  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000137696  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  174  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 142 aa  174  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000122799  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0500  50S ribosomal protein L13  56.94 
 
 		 147 aa  174  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  174  4e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_007520  Tcr_0461  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  174  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000797457  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  58.74 
 
 		 142 aa  173  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000130449  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5914  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 142 aa  173  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.471626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  58.74 
 
 		 142 aa  173  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0453  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 		 148 aa  171  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0286772  normal  0.569665 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0410  50S ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000000575017  normal  0.0346472 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  171  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0946  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 		 145 aa  171  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000305629  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 		 143 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3157  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386051 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0604  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  169  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 		 143 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>