249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0990 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0990  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
441 aa  873    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2161  Pyrrolo-quinoline quinone  45.9 
 
 
454 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.905715  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1355  Pyrrolo-quinoline quinone  44.42 
 
 
454 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal  0.026391 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1165  pyrrolo-quinoline quinone  45.9 
 
 
450 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0116757  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2698  putative quinoprotein  44.19 
 
 
448 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.578773  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2199  Pyrrolo-quinoline quinone  45.73 
 
 
447 aa  344  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2426  Pyrrolo-quinoline quinone  38.16 
 
 
440 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1202  Pyrrolo-quinoline quinone  34.37 
 
 
458 aa  230  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.549176  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3085  Pyrrolo-quinoline quinone  32.13 
 
 
455 aa  212  9e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00761305  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0944  Pyrrolo-quinoline quinone  30.58 
 
 
448 aa  205  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2204  Pyrrolo-quinoline quinone  30.18 
 
 
444 aa  196  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3493  Pyrrolo-quinoline quinone  29.9 
 
 
461 aa  189  9e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.546086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0751  Pyrrolo-quinoline quinone  30.16 
 
 
453 aa  188  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.7044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3125  Pyrrolo-quinoline quinone  27.38 
 
 
444 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2497  Pyrrolo-quinoline quinone  30.35 
 
 
475 aa  179  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3105  Pyrrolo-quinoline quinone  28.79 
 
 
453 aa  137  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0732  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.74 
 
 
385 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1154  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  29.01 
 
 
392 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.536052 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1062  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  29.01 
 
 
392 aa  106  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0821  Pyrrolo-quinoline quinone  23.66 
 
 
372 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.403647  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1218  lipoprotein transmembrane  28.9 
 
 
388 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.032892  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3006  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.59 
 
 
392 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.901484  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1308  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.67 
 
 
395 aa  100  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000307899  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2857  Pyrrolo-quinoline quinone  23.45 
 
 
387 aa  100  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.725617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2888  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.03 
 
 
392 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3011  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.65 
 
 
393 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2758  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.03 
 
 
392 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.267883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1261  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.65 
 
 
393 aa  99  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21096  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1121  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.03 
 
 
393 aa  98.2  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3123  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.6 
 
 
415 aa  97.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.126817  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2362  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.67 
 
 
395 aa  97.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal  0.596671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2777  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.76 
 
 
392 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985011  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2671  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.76 
 
 
392 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2714  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.76 
 
 
392 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359129  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02404  protein assembly complex, lipoprotein component  22.99 
 
 
392 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.005806  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1156  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  22.68 
 
 
392 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00537914  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1484  hypothetical protein  21.31 
 
 
384 aa  94  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2663  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.99 
 
 
392 aa  94  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000327746  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2796  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.99 
 
 
392 aa  94  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000117492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1165  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.99 
 
 
392 aa  94  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.035422  normal  0.0264667 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02366  hypothetical protein  22.99 
 
 
392 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0111233  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1499  hypothetical protein  21.31 
 
 
384 aa  94  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2734  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.93 
 
 
393 aa  94  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0899  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.42 
 
 
380 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144468 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1661  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.66 
 
 
402 aa  93.2  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.274941 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3736  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.99 
 
 
392 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550553  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1189  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.29 
 
 
393 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0343666  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1296  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.29 
 
 
393 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0415  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.29 
 
 
393 aa  93.2  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.873233  hitchhiker  0.00131878 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2374  Pyrrolo-quinoline quinone  25.59 
 
 
450 aa  92.8  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.145531  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2887  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.99 
 
 
392 aa  92.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00225508  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1130  Pyrrolo-quinoline quinone  25.39 
 
 
389 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2664  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.25 
 
 
392 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.280231 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2197  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  22.91 
 
 
385 aa  92  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.763782  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1259  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.69 
 
 
395 aa  92  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0514835  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02978  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.93 
 
 
402 aa  91.3  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.373211  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3497  Pyrrolo-quinoline quinone  23.95 
 
 
379 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0750  PQQ repeat-containing protein  26.16 
 
 
353 aa  88.2  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.137969  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1119  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.49 
 
 
411 aa  88.6  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1435  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.4 
 
 
395 aa  88.2  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00436536  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2153  Pyrrolo-quinoline quinone  29.86 
 
 
365 aa  86.7  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75992  normal  0.0359383 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2083  Pyrrolo-quinoline quinone  25.22 
 
 
392 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.397286  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0856  hypothetical protein  22.89 
 
 
380 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0685  hypothetical protein  23.01 
 
 
387 aa  84.7  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000893693  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3606  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.22 
 
 
393 aa  84.7  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40260  YfgL-like phosphoquinolipoprotein kinase  22.73 
 
 
384 aa  84.3  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0902958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0886  Pyrrolo-quinoline quinone  22.89 
 
 
380 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.80102  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3730  Pyrrolo-quinoline quinone  25.97 
 
 
383 aa  84  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.109503  normal  0.588424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1437  PQQ enzyme repeat domain protein  23.39 
 
 
384 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1302  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.1 
 
 
395 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0291  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.19 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1547  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.08 
 
 
395 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00611389  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4322  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.36 
 
 
389 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139016 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1712  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  21.97 
 
 
411 aa  83.6  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.368  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4598  Pyrrolo-quinoline quinone  22.83 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2103  Pyrrolo-quinoline quinone  24.53 
 
 
383 aa  83.2  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0841326  normal  0.0433282 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1293  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  20.8 
 
 
395 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.664438  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1231  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.75 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1251  quinoprotein  23.14 
 
 
381 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.926962  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0737  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.39 
 
 
396 aa  82  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.918396  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0677  Pyrrolo-quinoline quinone  26.74 
 
 
431 aa  81.6  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.350335  normal  0.177219 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0522  quino protein  25.19 
 
 
387 aa  81.6  0.00000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1314  hypothetical protein  22.89 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.605472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14910  hypothetical protein  22.89 
 
 
380 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3588  Pyrrolo-quinoline quinone  25.71 
 
 
389 aa  81.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909345  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1232  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.75 
 
 
395 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2891  putative lipoprotein  25.35 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3309  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.02 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1776  serine/threonine protein kinase  21.66 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.801728  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0655  Pyrrolo-quinoline quinone  22.35 
 
 
402 aa  78.6  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.808652  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2987  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.69 
 
 
395 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198648  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0010  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  19.94 
 
 
391 aa  77.8  0.0000000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.469712  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2982  Pyrrolo-quinoline quinone  22.13 
 
 
386 aa  77.4  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3145  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.69 
 
 
395 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0657183 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01070  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.13 
 
 
386 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1376  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.69 
 
 
395 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.877608  normal  0.696352 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3002  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.69 
 
 
395 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0839555  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3290  serine/threonine protein kinase  25.41 
 
 
963 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0556916 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1254  Pyrrolo-quinoline quinone  25.97 
 
 
383 aa  75.5  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00763008  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2649  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.25 
 
 
395 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>