254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3125 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3125  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
444 aa  886    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0944  Pyrrolo-quinoline quinone  52.85 
 
 
448 aa  482  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2204  Pyrrolo-quinoline quinone  51.87 
 
 
444 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3085  Pyrrolo-quinoline quinone  37.33 
 
 
455 aa  317  2e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00761305  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3493  Pyrrolo-quinoline quinone  39.63 
 
 
461 aa  317  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.546086 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1202  Pyrrolo-quinoline quinone  35.2 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.549176  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2497  Pyrrolo-quinoline quinone  32.84 
 
 
475 aa  265  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0751  Pyrrolo-quinoline quinone  33.56 
 
 
453 aa  233  5e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.7044  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3105  Pyrrolo-quinoline quinone  33.55 
 
 
453 aa  233  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2698  putative quinoprotein  31.97 
 
 
448 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.578773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1355  Pyrrolo-quinoline quinone  31.71 
 
 
454 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal  0.026391 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2161  Pyrrolo-quinoline quinone  32.13 
 
 
454 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.905715  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1165  pyrrolo-quinoline quinone  31.25 
 
 
450 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0116757  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2199  Pyrrolo-quinoline quinone  33.18 
 
 
447 aa  202  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0990  Pyrrolo-quinoline quinone  27.69 
 
 
441 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2426  Pyrrolo-quinoline quinone  29.3 
 
 
440 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2734  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.91 
 
 
393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1121  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.76 
 
 
393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2857  Pyrrolo-quinoline quinone  26.03 
 
 
387 aa  144  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.725617  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1171  Pyrrolo-quinoline quinone  25.56 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0406546  normal  0.22444 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1261  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.19 
 
 
393 aa  134  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2714  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.45 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359129  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2671  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.45 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2777  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.45 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985011  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2758  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.45 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.267883 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2888  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.45 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3006  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.9 
 
 
392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.901484  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3011  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.19 
 
 
393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1435  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.66 
 
 
395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00436536  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02404  protein assembly complex, lipoprotein component  25.15 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.005806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2663  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.15 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000327746  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02366  hypothetical protein  25.15 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0111233  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2796  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.15 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000117492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2362  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.87 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal  0.596671 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1165  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.15 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.035422  normal  0.0264667 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0415  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.19 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.873233  hitchhiker  0.00131878 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1189  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.19 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0343666  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0732  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.38 
 
 
385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1296  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.19 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2664  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.15 
 
 
392 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.280231 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1156  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  24.85 
 
 
392 aa  127  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00537914  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3736  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.85 
 
 
392 aa  127  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550553  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1293  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.99 
 
 
395 aa  126  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.664438  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2887  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.15 
 
 
392 aa  126  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00225508  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1308  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.08 
 
 
395 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000307899  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1302  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.87 
 
 
395 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0010  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.38 
 
 
391 aa  125  2e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.469712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1231  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.87 
 
 
395 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1232  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.87 
 
 
395 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1259  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.78 
 
 
395 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0514835  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2046  hypothetical protein  26.72 
 
 
400 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3145  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.57 
 
 
395 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0657183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3002  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.57 
 
 
395 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0839555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1376  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.57 
 
 
395 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.877608  normal  0.696352 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0291  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.86 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2987  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.27 
 
 
395 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198648  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3606  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.88 
 
 
393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2649  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.87 
 
 
395 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3309  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.97 
 
 
395 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1661  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.85 
 
 
402 aa  116  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.274941 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4249  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.66 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.548158  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1119  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.73 
 
 
411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3123  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.04 
 
 
415 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.126817  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004346  YfgL protein  23.61 
 
 
386 aa  110  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01070  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.01 
 
 
386 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2197  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.71 
 
 
385 aa  109  9.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.763782  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1499  hypothetical protein  21.82 
 
 
384 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1484  hypothetical protein  21.55 
 
 
384 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1547  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.78 
 
 
395 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00611389  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02978  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.9 
 
 
402 aa  103  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.373211  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3497  Pyrrolo-quinoline quinone  26.69 
 
 
379 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0821  Pyrrolo-quinoline quinone  24.93 
 
 
372 aa  103  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.403647  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2982  Pyrrolo-quinoline quinone  28.04 
 
 
386 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3588  Pyrrolo-quinoline quinone  25.57 
 
 
389 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909345  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2374  Pyrrolo-quinoline quinone  23.95 
 
 
450 aa  100  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.145531  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0522  quino protein  23.17 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1786  Pyrrolo-quinoline quinone  22.38 
 
 
381 aa  98.6  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2187  PQQ repeat-containing protein  29.48 
 
 
381 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508226  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1342  putative lipoprotein  29.68 
 
 
381 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1608  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  26.39 
 
 
395 aa  97.8  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0821312 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2351  PQQ repeat-containing protein  29.68 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1936  PQQ enzyme repeat domain protein  26.39 
 
 
395 aa  97.8  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1832  putative lipoprotein  29.68 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.999368  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0065  putative lipoprotein  29.68 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2225  PQQ repeat-containing protein  29.68 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1104  putative lipoprotein  29.68 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244149  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1254  Pyrrolo-quinoline quinone  24.32 
 
 
383 aa  97.8  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00763008  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0737  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.71 
 
 
396 aa  97.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.918396  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2237  putative lipoprotein  29.39 
 
 
381 aa  95.9  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2538  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  28.24 
 
 
381 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0468312  hitchhiker  0.00031384 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2083  Pyrrolo-quinoline quinone  25.81 
 
 
392 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.397286  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40260  YfgL-like phosphoquinolipoprotein kinase  27.2 
 
 
384 aa  94.4  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0902958  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1437  PQQ repeat-containing protein  23.36 
 
 
384 aa  94  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.234341  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0856  hypothetical protein  24.42 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0899  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.9 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144468 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0886  Pyrrolo-quinoline quinone  24.42 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.80102  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1597  transcription accessory protein, TEX  28.08 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.207769  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1712  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25 
 
 
411 aa  90.5  6e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.368  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01057  serine/threonine protein kinase  24.04 
 
 
400 aa  89.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.553657  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06109  serine/threonine protein kinase  24.04 
 
 
400 aa  89.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>