202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1165 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1165  pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
450 aa  880    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0116757  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2161  Pyrrolo-quinoline quinone  50.11 
 
 
454 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.905715  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2698  putative quinoprotein  49.07 
 
 
448 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.578773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1355  Pyrrolo-quinoline quinone  49.07 
 
 
454 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal  0.026391 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2199  Pyrrolo-quinoline quinone  50.59 
 
 
447 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0990  Pyrrolo-quinoline quinone  45.48 
 
 
441 aa  361  2e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2426  Pyrrolo-quinoline quinone  41 
 
 
440 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3085  Pyrrolo-quinoline quinone  36.84 
 
 
455 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00761305  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1202  Pyrrolo-quinoline quinone  32.47 
 
 
458 aa  215  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.549176  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3493  Pyrrolo-quinoline quinone  31.5 
 
 
461 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.546086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2204  Pyrrolo-quinoline quinone  30.53 
 
 
444 aa  208  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3125  Pyrrolo-quinoline quinone  31.25 
 
 
444 aa  204  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0944  Pyrrolo-quinoline quinone  28.67 
 
 
448 aa  190  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0751  Pyrrolo-quinoline quinone  32.82 
 
 
453 aa  186  5e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.7044  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2497  Pyrrolo-quinoline quinone  26.86 
 
 
475 aa  164  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3105  Pyrrolo-quinoline quinone  27.39 
 
 
453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0732  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.05 
 
 
385 aa  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1261  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.33 
 
 
393 aa  100  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21096  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1499  hypothetical protein  22.32 
 
 
384 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1484  hypothetical protein  22.32 
 
 
384 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2857  Pyrrolo-quinoline quinone  24.6 
 
 
387 aa  99.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.725617  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3006  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.95 
 
 
392 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.901484  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2734  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.6 
 
 
393 aa  97.8  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0010  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.83 
 
 
391 aa  97.1  6e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.469712  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3011  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.06 
 
 
393 aa  97.1  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1171  Pyrrolo-quinoline quinone  22.4 
 
 
399 aa  97.1  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0406546  normal  0.22444 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1121  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.8 
 
 
393 aa  96.3  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3606  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.99 
 
 
393 aa  94.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3497  Pyrrolo-quinoline quinone  25.21 
 
 
379 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0899  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  27 
 
 
380 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144468 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4322  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  27.55 
 
 
389 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139016 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0415  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.08 
 
 
393 aa  88.2  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.873233  hitchhiker  0.00131878 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1119  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.35 
 
 
411 aa  87.8  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0750  PQQ repeat-containing protein  22.38 
 
 
353 aa  87.8  4e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.137969  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2197  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.97 
 
 
385 aa  87.4  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.763782  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1302  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.73 
 
 
395 aa  87.4  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1296  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.08 
 
 
393 aa  87  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1189  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.08 
 
 
393 aa  87  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0343666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4598  Pyrrolo-quinoline quinone  25.62 
 
 
380 aa  87  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0856  hypothetical protein  26.72 
 
 
380 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1231  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.73 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1232  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.73 
 
 
395 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0886  Pyrrolo-quinoline quinone  26.72 
 
 
380 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.80102  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3309  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.73 
 
 
395 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1308  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.67 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000307899  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0821  Pyrrolo-quinoline quinone  24.58 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.403647  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1661  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.61 
 
 
402 aa  83.6  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.274941 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3588  Pyrrolo-quinoline quinone  25.29 
 
 
389 aa  83.6  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909345  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3145  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.17 
 
 
395 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0657183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1376  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.17 
 
 
395 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.877608  normal  0.696352 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2758  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.78 
 
 
392 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.267883 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3002  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.17 
 
 
395 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0839555  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2649  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.45 
 
 
395 aa  82  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2671  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.51 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2777  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.51 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985011  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2714  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.51 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359129  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1437  PQQ enzyme repeat domain protein  25.21 
 
 
384 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02404  protein assembly complex, lipoprotein component  23.73 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.005806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2796  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.73 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000117492  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2888  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.88 
 
 
392 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2664  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.24 
 
 
392 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.280231 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1165  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.73 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.035422  normal  0.0264667 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2987  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  20.89 
 
 
395 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198648  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02366  hypothetical protein  23.73 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0111233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2663  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.73 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000327746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1293  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  20.33 
 
 
395 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.664438  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0291  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.76 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2891  putative lipoprotein  26.55 
 
 
395 aa  79.7  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2362  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.73 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal  0.596671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1156  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.47 
 
 
392 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00537914  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3736  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.47 
 
 
392 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550553  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40260  YfgL-like phosphoquinolipoprotein kinase  23.63 
 
 
384 aa  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0902958  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3290  serine/threonine protein kinase  27.62 
 
 
963 aa  78.2  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0556916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1435  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  20.55 
 
 
395 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00436536  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1251  quinoprotein  23.6 
 
 
381 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.926962  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2887  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.47 
 
 
392 aa  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00225508  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0677  Pyrrolo-quinoline quinone  25.07 
 
 
431 aa  76.3  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.350335  normal  0.177219 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2982  Pyrrolo-quinoline quinone  23.45 
 
 
386 aa  75.5  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1547  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  20.22 
 
 
395 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00611389  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1259  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  21.02 
 
 
395 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0514835  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3123  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.67 
 
 
415 aa  74.3  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.126817  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1254  Pyrrolo-quinoline quinone  25.66 
 
 
383 aa  72.4  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00763008  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3730  serine/threonine protein kinase  25.55 
 
 
687 aa  72  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433941 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1314  hypothetical protein  23.53 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.605472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14910  hypothetical protein  23.25 
 
 
380 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1990  Pyrrolo-quinoline quinone  25.69 
 
 
463 aa  70.1  0.00000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0685  hypothetical protein  20.5 
 
 
387 aa  68.9  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000893693  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1130  Pyrrolo-quinoline quinone  20.71 
 
 
389 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2153  Pyrrolo-quinoline quinone  29.97 
 
 
365 aa  67.8  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75992  normal  0.0359383 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1936  PQQ enzyme repeat domain protein  23.17 
 
 
395 aa  67.8  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1437  PQQ repeat-containing protein  21.51 
 
 
384 aa  67.8  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.234341  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1608  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.17 
 
 
395 aa  67.8  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0821312 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4041  serine/threonine protein kinase  22.15 
 
 
774 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.224391  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2164  serine/threonine protein kinase  25.67 
 
 
652 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.563698  hitchhiker  0.00000786383 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01070  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.16 
 
 
386 aa  64.7  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1712  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  24.73 
 
 
411 aa  63.5  0.000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.368  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0737  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  24.73 
 
 
396 aa  63.2  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.918396  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0597  pyrrolo-quinoline quinone  21.69 
 
 
380 aa  62.4  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.601567 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0655  Pyrrolo-quinoline quinone  20.19 
 
 
402 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.808652  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004346  YfgL protein  20.56 
 
 
386 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>