More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3638 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
265 aa  535  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal  0.680535 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.25 
 
 
267 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.24 
 
 
253 aa  223  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000418477  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
255 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.218864 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
256 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.186116 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
266 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337839  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
257 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
275 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
253 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
253 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
253 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
254 aa  148  9e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.23134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254503  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1601  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
253 aa  145  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786043  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  35.6 
 
 
266 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
248 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
256 aa  137  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
273 aa  135  6.0000000000000005e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0266126  normal  0.0650388 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
257 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.2 
 
 
246 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.73 
 
 
249 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.25 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.79 
 
 
246 aa  129  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
256 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
267 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
282 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
252 aa  128  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  34.14 
 
 
257 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  33.59 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
253 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0870  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 
262 aa  127  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.33 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
254 aa  125  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.06 
 
 
262 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
245 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 
255 aa  124  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
257 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
249 aa  125  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
267 aa  124  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.092297  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
248 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
260 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
252 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  36.55 
 
 
281 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
254 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
246 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
245 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
258 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
330 aa  123  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.7 
 
 
258 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
272 aa  122  4e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
256 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
251 aa  122  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
251 aa  122  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 
255 aa  122  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.13 
 
 
246 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
252 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
254 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
256 aa  122  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
251 aa  122  7e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
251 aa  122  7e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
251 aa  122  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 
249 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
260 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
260 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
256 aa  122  8e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.13 
 
 
248 aa  121  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
254 aa  121  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.51 
 
 
246 aa  122  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0642  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.8 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0133584  normal  0.0990143 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.13 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000225653  hitchhiker  0.0000000041248 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.73 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.271129  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
262 aa  120  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>