More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3279 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.218864 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000418477  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 
267 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
265 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal  0.680535 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
256 aa  185  7e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.186116 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337839  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
277 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
257 aa  155  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
269 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115705  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  36.65 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
275 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
248 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 
256 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.23134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254503  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
249 aa  129  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.25 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0266126  normal  0.0650388 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.68 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
293 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1601  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786043  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
244 aa  125  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
278 aa  125  5e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0664091 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
245 aa  125  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
260 aa  125  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
257 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
257 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  32.55 
 
 
272 aa  124  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
266 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
255 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
270 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
272 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
271 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
252 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
253 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  33.33 
 
 
255 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
246 aa  122  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
253 aa  122  8e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
245 aa  122  8e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.810903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30 
 
 
246 aa  122  8e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.98 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 
253 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
253 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.28 
 
 
249 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
246 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.6 
 
 
246 aa  120  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
247 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.264326 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
256 aa  119  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 
257 aa  119  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.59 
 
 
247 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.41 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
256 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.94 
 
 
246 aa  119  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
298 aa  119  7e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  34.5 
 
 
254 aa  118  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.4 
 
 
252 aa  118  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1634  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213832  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
263 aa  117  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.96 
 
 
246 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.4 
 
 
252 aa  116  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
251 aa  116  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
251 aa  116  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.922727 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
258 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
246 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
246 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
258 aa  116  3e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  31.6 
 
 
266 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
267 aa  117  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
250 aa  115  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
257 aa  115  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
249 aa  115  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>