More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3848 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
245 aa  496  1e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.810903  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  73.39 
 
 
253 aa  350  1e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  73.39 
 
 
253 aa  350  1e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  73.39 
 
 
253 aa  350  1e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  72.69 
 
 
254 aa  348  4e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1601  short chain dehydrogenase  71.37 
 
 
253 aa  340  2e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786043  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  70.85 
 
 
248 aa  337  9.999999999999999e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
249 aa  260  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000248538  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
260 aa  156  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
274 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
249 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
255 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
244 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
245 aa  149  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  149  5e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
249 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3280  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
269 aa  145  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.27 
 
 
247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
249 aa  145  8.000000000000001e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
246 aa  145  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
246 aa  145  8.000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
246 aa  145  9e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
262 aa  144  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
246 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
246 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
245 aa  143  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  38.31 
 
 
255 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
249 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
246 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  142  5e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0870  short chain dehydrogenase  43.8 
 
 
262 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
248 aa  142  6e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
263 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
249 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0450975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
263 aa  141  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
244 aa  141  9e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
249 aa  141  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.120513 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
248 aa  140  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5308  dehydrogenase  34.82 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19539  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
252 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
262 aa  139  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
248 aa  139  3e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
247 aa  139  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.25 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0732  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
249 aa  138  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
249 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
244 aa  138  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
252 aa  138  7e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
256 aa  137  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
260 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
254 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
255 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
249 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
260 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
254 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
255 aa  136  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0751362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 
250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000418477  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.65 
 
 
248 aa  136  4e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
249 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
262 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
260 aa  135  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2129  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
255 aa  135  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
288 aa  135  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  135  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.922727 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
246 aa  135  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
254 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.459436  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
241 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0991034  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.77933  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>