More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3294 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  501  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.186912 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  51.21 
 
 
249 aa  231  6e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  49.2 
 
 
251 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
253 aa  209  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
251 aa  208  7e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  48.03 
 
 
253 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  48.03 
 
 
253 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
253 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  47.27 
 
 
253 aa  204  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
255 aa  204  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  47.83 
 
 
253 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  46.85 
 
 
253 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
255 aa  201  7e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  45.12 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
255 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  45.6 
 
 
253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 
253 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
253 aa  191  9e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.15 
 
 
265 aa  188  5.999999999999999e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
248 aa  187  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
257 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
253 aa  186  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
250 aa  186  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
251 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
250 aa  181  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
252 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
250 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
251 aa  178  7e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
272 aa  178  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
252 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
258 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
256 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
255 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
255 aa  176  4e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
253 aa  176  4e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  176  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
255 aa  175  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
257 aa  175  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
257 aa  175  6e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
257 aa  175  6e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.3 
 
 
247 aa  175  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
258 aa  175  8e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
272 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.76 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.8 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  40.57 
 
 
248 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
260 aa  171  6.999999999999999e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
258 aa  171  6.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.52 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 
272 aa  171  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 
272 aa  171  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
245 aa  171  9e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
258 aa  171  9e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.34 
 
 
262 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
245 aa  171  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
248 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
251 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
247 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
246 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
246 aa  169  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
246 aa  169  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
252 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
249 aa  169  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.27 
 
 
250 aa  168  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
265 aa  169  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
254 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.73 
 
 
245 aa  167  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
246 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
257 aa  167  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
245 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2878  putative oxidoreductase, short- chain dehydrogenase/reductase  40.22 
 
 
271 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.420618  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
247 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  46.94 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
248 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
245 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
249 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
251 aa  165  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
252 aa  164  9e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>