More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2966 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2966  oxidoreductase  100 
 
 
237 aa  460  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.959173  normal  0.0725779 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  61.64 
 
 
237 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  61.64 
 
 
237 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  61.64 
 
 
237 aa  295  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  61.21 
 
 
237 aa  295  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  62.87 
 
 
237 aa  294  8e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  61.21 
 
 
237 aa  294  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  62.34 
 
 
237 aa  289  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  62.34 
 
 
237 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  62.34 
 
 
237 aa  289  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  61.9 
 
 
237 aa  287  9e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.04 
 
 
237 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  61.04 
 
 
237 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  61.04 
 
 
237 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  61.04 
 
 
237 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  61.04 
 
 
237 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.01 
 
 
249 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.01 
 
 
249 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.59 
 
 
249 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.05 
 
 
249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
249 aa  212  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  50.21 
 
 
248 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  49.37 
 
 
249 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.9 
 
 
249 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  50.41 
 
 
250 aa  204  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  52.48 
 
 
253 aa  201  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  49.17 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
250 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  46.96 
 
 
247 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 
247 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.53 
 
 
249 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.53 
 
 
249 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.31 
 
 
254 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.53 
 
 
249 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.12 
 
 
249 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
246 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
246 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
248 aa  174  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
246 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
246 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
251 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
251 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
251 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
255 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
248 aa  160  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
246 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
246 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
246 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
248 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
250 aa  158  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  158  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  158  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
248 aa  158  8e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
243 aa  157  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  44.3 
 
 
243 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  44.3 
 
 
243 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
249 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
245 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
247 aa  154  9e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
248 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
247 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
261 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
248 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
246 aa  148  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
248 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
246 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
242 aa  146  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
246 aa  144  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
245 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
246 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
253 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
255 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  39.68 
 
 
255 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
248 aa  131  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.73 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.99 
 
 
246 aa  129  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
247 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
248 aa  123  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
246 aa  122  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.6 
 
 
247 aa  121  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3212  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.71 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2255  acetoacetyl-CoA reductase  38.14 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1151  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.91 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.256582 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
247 aa  118  7e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5938  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.355908  decreased coverage  0.00196456 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2277  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.02 
 
 
234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000536338  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
246 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.04 
 
 
251 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>