48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3235 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4044  hypothetical protein  83.86 
 
 		 379 aa  676    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.445653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3235  hypothetical protein  100 
 
 		 377 aa  773    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2682  hypothetical protein  83.24 
 
 		 375 aa  664    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318467 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1412  hypothetical protein  74.01 
 
 		 377 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0301  hypothetical protein  73.74 
 
 		 377 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0578394  normal  0.132652 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4186  hypothetical protein  73.74 
 
 		 377 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0274  hypothetical protein  73.21 
 
 		 377 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2536  hypothetical protein  72.49 
 
 		 378 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0103998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0323  hypothetical protein  70.98 
 
 		 379 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99763  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4182  hypothetical protein  71.09 
 
 		 375 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.322884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0345  hypothetical protein  71.69 
 
 		 385 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.642173 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3298  hypothetical protein  68.62 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0257  hypothetical protein  66.31 
 
 		 391 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3533  hypothetical protein  65.78 
 
 		 375 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2150  hypothetical protein  64.97 
 
 		 375 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160845  normal  0.137202 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2227  hypothetical protein  64.97 
 
 		 375 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.547071  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3894  hypothetical protein  65.83 
 
 		 375 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.926203  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1371  hypothetical protein  55.5 
 
 		 372 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2706  hypothetical protein  47.45 
 
 		 365 aa  343  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.259967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2760  hypothetical protein  38.55 
 
 		 357 aa  256  7e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.762927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3911  hypothetical protein  36.58 
 
 		 396 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.344903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0254  hypothetical protein  34.15 
 
 		 417 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.313885  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2854  hypothetical protein  34.31 
 
 		 367 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3938  hypothetical protein  35.04 
 
 		 398 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1848  hypothetical protein  33.97 
 
 		 406 aa  192  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000273162  hitchhiker  0.00000431867 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4910  hypothetical protein  35.64 
 
 		 403 aa  186  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3099  hypothetical protein  33.79 
 
 		 437 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0854983  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2506  hypothetical protein  34.7 
 
 		 450 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.767469  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3355  hypothetical protein  33.33 
 
 		 406 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000520077  hitchhiker  0.000269034 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5467  hypothetical protein  30.89 
 
 		 441 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.114273 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4006  hypothetical protein  33.42 
 
 		 408 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.212328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3854  hypothetical protein  33.42 
 
 		 408 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1954  hypothetical protein  31.08 
 
 		 405 aa  162  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0562969  normal  0.072351 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1648  hypothetical protein  34.09 
 
 		 438 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.112109  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4238  hypothetical protein  31.44 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00134232  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0153  hypothetical protein  30.77 
 
 		 446 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00600  hypothetical protein  30.21 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0144  hypothetical protein  28.88 
 
 		 416 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2358  hypothetical protein  28.02 
 
 		 412 aa  123  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2762  hypothetical protein  26.39 
 
 		 407 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.344845  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3987  putative signal peptide  25 
 
 		 449 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3405  putative signal peptide  24.62 
 
 		 439 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360898  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2489  putative signal peptide  23.48 
 
 		 446 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.795234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3734  putative signal peptide  24.18 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.467389 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4029  putative signal peptide  24.18 
 
 		 449 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.286763 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8582  putative signal peptide  24.02 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139261  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0236  hypothetical protein  25.76 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000273252  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1910  hypothetical protein  24.76 
 
 		 358 aa  46.2  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0294778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>