47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2506 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2506  hypothetical protein  100 
 
 
450 aa  922    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.767469  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3938  hypothetical protein  51.68 
 
 
398 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3099  hypothetical protein  50.69 
 
 
437 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0854983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0254  hypothetical protein  45.71 
 
 
417 aa  361  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.313885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1848  hypothetical protein  42.73 
 
 
406 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000273162  hitchhiker  0.00000431867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3355  hypothetical protein  47.73 
 
 
406 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000520077  hitchhiker  0.000269034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4006  hypothetical protein  46.23 
 
 
408 aa  355  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.212328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3854  hypothetical protein  46.23 
 
 
408 aa  348  8e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4238  hypothetical protein  45.32 
 
 
404 aa  342  9e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00134232  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4910  hypothetical protein  42.67 
 
 
403 aa  290  4e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0153  hypothetical protein  34.06 
 
 
446 aa  278  2e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2854  hypothetical protein  36.78 
 
 
367 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3533  hypothetical protein  38.32 
 
 
375 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2150  hypothetical protein  37.99 
 
 
375 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160845  normal  0.137202 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2227  hypothetical protein  37.99 
 
 
375 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.547071  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0257  hypothetical protein  35 
 
 
391 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1954  hypothetical protein  35.48 
 
 
405 aa  209  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0562969  normal  0.072351 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0323  hypothetical protein  37.63 
 
 
379 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2536  hypothetical protein  37.13 
 
 
378 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0103998  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5467  hypothetical protein  36.93 
 
 
441 aa  198  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.114273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1412  hypothetical protein  37.13 
 
 
377 aa  196  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0301  hypothetical protein  36.34 
 
 
377 aa  193  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0578394  normal  0.132652 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3894  hypothetical protein  35.42 
 
 
375 aa  193  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.926203  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0274  hypothetical protein  35.68 
 
 
377 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000246536 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3298  hypothetical protein  35.42 
 
 
374 aa  190  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2682  hypothetical protein  34.6 
 
 
375 aa  189  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.318467 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4182  hypothetical protein  34.33 
 
 
375 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.322884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4186  hypothetical protein  35.14 
 
 
377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.13826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4044  hypothetical protein  33.95 
 
 
379 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.445653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3235  hypothetical protein  34.7 
 
 
377 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0345  hypothetical protein  34.96 
 
 
385 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.642173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1648  hypothetical protein  27.59 
 
 
438 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.112109  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1371  hypothetical protein  31.35 
 
 
372 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2706  hypothetical protein  30.81 
 
 
365 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.259967  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00600  hypothetical protein  31.84 
 
 
372 aa  152  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3911  hypothetical protein  30.71 
 
 
396 aa  147  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.344903  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2760  hypothetical protein  30.46 
 
 
357 aa  143  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.762927  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2762  hypothetical protein  31.38 
 
 
407 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.344845  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0144  hypothetical protein  27.76 
 
 
416 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2358  hypothetical protein  28.17 
 
 
412 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3734  putative signal peptide  26.77 
 
 
432 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.467389 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4029  putative signal peptide  26.48 
 
 
449 aa  93.6  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.286763 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2489  putative signal peptide  24.16 
 
 
446 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.795234  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3987  putative signal peptide  24.73 
 
 
449 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8582  putative signal peptide  24.39 
 
 
432 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139261  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3405  putative signal peptide  25.19 
 
 
439 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360898  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0236  hypothetical protein  23.26 
 
 
358 aa  43.9  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000273252  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>