47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3355 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1848  hypothetical protein  77.26 
 
 		 406 aa  649    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000273162  hitchhiker  0.00000431867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0254  hypothetical protein  78.91 
 
 		 417 aa  657    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.313885  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4238  hypothetical protein  81.53 
 
 		 404 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00134232  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3355  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  825    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000520077  hitchhiker  0.000269034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3938  hypothetical protein  54.55 
 
 		 398 aa  414  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4006  hypothetical protein  51.69 
 
 		 408 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.212328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3854  hypothetical protein  51.43 
 
 		 408 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3099  hypothetical protein  55.65 
 
 		 437 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0854983  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2506  hypothetical protein  47.73 
 
 		 450 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.767469  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4910  hypothetical protein  45.68 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0153  hypothetical protein  41.27 
 
 		 446 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2854  hypothetical protein  40.48 
 
 		 367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1954  hypothetical protein  38.52 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0562969  normal  0.072351 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5467  hypothetical protein  39.19 
 
 		 441 aa  224  3e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.114273 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3533  hypothetical protein  36.19 
 
 		 375 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0257  hypothetical protein  35.92 
 
 		 391 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4182  hypothetical protein  34.28 
 
 		 375 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.322884 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0274  hypothetical protein  35.41 
 
 		 377 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2536  hypothetical protein  35.31 
 
 		 378 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0103998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0323  hypothetical protein  35.31 
 
 		 379 aa  199  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99763  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4186  hypothetical protein  37.03 
 
 		 377 aa  199  9e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3298  hypothetical protein  35.22 
 
 		 374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2150  hypothetical protein  35.26 
 
 		 375 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160845  normal  0.137202 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2227  hypothetical protein  35.26 
 
 		 375 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.547071  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1412  hypothetical protein  34.68 
 
 		 377 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0301  hypothetical protein  34.41 
 
 		 377 aa  195  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0578394  normal  0.132652 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3894  hypothetical protein  31.89 
 
 		 375 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.926203  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3235  hypothetical protein  33.33 
 
 		 377 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4044  hypothetical protein  30.55 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.445653  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2682  hypothetical protein  31.51 
 
 		 375 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318467 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0345  hypothetical protein  32.53 
 
 		 385 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.642173 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2706  hypothetical protein  31.28 
 
 		 365 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.259967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2762  hypothetical protein  34.01 
 
 		 407 aa  156  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.344845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1371  hypothetical protein  30.27 
 
 		 372 aa  156  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00600  hypothetical protein  31.18 
 
 		 372 aa  153  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2358  hypothetical protein  29.74 
 
 		 412 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3911  hypothetical protein  31.5 
 
 		 396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.344903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1648  hypothetical protein  28.89 
 
 		 438 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.112109  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2760  hypothetical protein  30.4 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.762927  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0144  hypothetical protein  28.43 
 
 		 416 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3987  putative signal peptide  24.94 
 
 		 449 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4029  putative signal peptide  24.04 
 
 		 449 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.286763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3734  putative signal peptide  23.87 
 
 		 432 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.467389 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8582  putative signal peptide  25.95 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139261  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2489  putative signal peptide  22.27 
 
 		 446 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.795234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3405  putative signal peptide  24.56 
 
 		 439 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360898  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1910  hypothetical protein  22.02 
 
 		 358 aa  43.5  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0294778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>