More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4551 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4551  regulatory protein IclR  100 
 
 		 277 aa  565  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0970  IclR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 258 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6385  transcriptional regulator, IclR family  65.74 
 
 		 261 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.040112  normal  0.0189266 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0997  IclR family transcriptional regulator  60.16 
 
 		 264 aa  312  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2508  regulatory proteins, IclR  57.77 
 
 		 254 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.750932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0939  IclR family transcriptional regulator  59.35 
 
 		 264 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3087  IclR family transcriptional regulator  57.54 
 
 		 254 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0787215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2780  transcriptional regulator, IclR family  56.18 
 
 		 254 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3112  transcriptional regulator, IclR family  39.34 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6681  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 257 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2705  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2989  regulatory protein IclR  31.42 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6702  transcriptional regulator, IclR family  30.32 
 
 		 277 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.136407 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5802  transcriptional regulator, IclR family  29.96 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0468871 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5093  transcriptional regulator  30.5 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  27.11 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  23.23 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  22.45 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  24.9 
 
 		 281 aa  76.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  23.11 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 269 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  22.58 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  22.92 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  27.13 
 
 		 252 aa  71.2  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  23.6 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  25.61 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  22.35 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1583  IclR-type transcriptional regulator  25.3 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4192  transcriptional regulator, IclR family  24.49 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4080  transcriptional regulator, IclR family  24.49 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.361384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  22.36 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4994  transcriptional regulator, IclR family  25.78 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0276676  normal  0.0169874 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  24.18 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4781  transcriptional regulator, IclR family  30.11 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 268 aa  68.6  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  23.29 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  24.81 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  23.48 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  24.45 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  24.7 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  24.29 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4402  regulatory proteins, IclR  25.69 
 
 		 256 aa  67.8  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  22.43 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  27.6 
 
 		 275 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  27.6 
 
 		 275 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  25 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  21.83 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  24.2 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  19.6 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  19.6 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0203  IclR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.670577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4454  Transcriptional regulator IclR  26.56 
 
 		 254 aa  65.5  0.0000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.387789  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  19.6 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0807  IclR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.190425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  24.25 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  23.67 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  24.43 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4941  putative IclR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1486  transcriptional regulator, IclR family  22.75 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  24.7 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0349  IclR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000127041  hitchhiker  0.00000770433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  19.83 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2850  IclR family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.526346  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0817  IclR family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.539423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2285  transcriptional regulator, IclR family  23.89 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  27.22 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  24.11 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  22.22 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  22.35 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  23.81 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  23.81 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1534  regulatory protein, IclR  19.59 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3002  transcriptional regulator, IclR family  27.52 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.169737  normal  0.0961042 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  24.28 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1836  transcriptional regulator, IclR family  26.67 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0146542 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4689  transcriptional regulator, IclR family  22.89 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  20.7 
 
 		 263 aa  62  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  23.27 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>