155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4487 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4487  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 376 aa  751    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3154  FAD dependent oxidoreductase  56.8 
 
 		 392 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.358247 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2890  FAD dependent oxidoreductase  56.8 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0610119 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3358  oxidoreductase  52.28 
 
 		 417 aa  356  3.9999999999999996e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0146  FAD dependent oxidoreductase  38.17 
 
 		 346 aa  199  7.999999999999999e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00168666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0139  FAD dependent oxidoreductase  37.16 
 
 		 348 aa  192  7e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.297271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2540  FAD dependent oxidoreductase  38.69 
 
 		 353 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0170113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0880  oxidoreductase  38.69 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0141  FAD dependent oxidoreductase  39.78 
 
 		 353 aa  185  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0153  FAD dependent oxidoreductase  39.62 
 
 		 352 aa  182  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2335  FAD dependent oxidoreductase  38.59 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0387808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0136  FAD dependent oxidoreductase  29.25 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0801  glycine oxidase ThiO  27.4 
 
 		 367 aa  96.3  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2269  FAD dependent oxidoreductase  27.65 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  29.78 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  32.23 
 
 		 365 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  27.44 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  27.95 
 
 		 375 aa  87.4  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4841  FAD dependent oxidoreductase  31.71 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.388467  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  32.55 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  31.75 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2723  FAD dependent oxidoreductase  27.17 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  23.65 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  23.39 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  30.15 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1624  FAD dependent oxidoreductase  27.25 
 
 		 363 aa  79.7  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.909673  hitchhiker  0.0000164974 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1956  oxidoreductase, FAD-binding  27.25 
 
 		 363 aa  79.7  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.034563  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  23.1 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  22.88 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  24.61 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5188  glycine oxidase ThiO  30.43 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  22.88 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  24.66 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  29.47 
 
 		 364 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  30.1 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  22.37 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  22.37 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  30 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  22.88 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2483  glycine oxidase ThiO  28.13 
 
 		 385 aa  72.8  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  22.31 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2071  glycine oxidase, putative  23.75 
 
 		 372 aa  72.8  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00506599  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  30.81 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5037  FAD dependent oxidoreductase  25.33 
 
 		 360 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.484973 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  22.68 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  21.75 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  32.56 
 
 		 363 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_31544  predicted protein  32.31 
 
 		 1033 aa  67.8  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  27.25 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1783  FAD dependent oxidoreductase  27.55 
 
 		 381 aa  67  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.359042  normal  0.766074 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5036  glycine oxidase ThiO  27.49 
 
 		 360 aa  67  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  27.73 
 
 		 440 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  29.1 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  28.39 
 
 		 361 aa  65.5  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  28.86 
 
 		 401 aa  64.7  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1461  FAD dependent oxidoreductase  24.06 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.942129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  27.49 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0199  FAD dependent oxidoreductase  23.76 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  24.67 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  30.41 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3277  FAD dependent oxidoreductase  29.22 
 
 		 367 aa  60.5  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.403037 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0520  FAD dependent oxidoreductase  24.43 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1848  FAD dependent oxidoreductase  22.71 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.344381  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0537  FAD dependent oxidoreductase  24.43 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2529  DadA family oxidoreductase  22.57 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2170  aromatic-ring hydroxylase  26.25 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2715  DadA family oxidoreductase  22.57 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3051  FAD dependent oxidoreductase  28.24 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0899897 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4109  glycine oxidase ThiO  23.36 
 
 		 666 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2728  oxidoreductase, DadA family  22.57 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000981681 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1793  FAD dependent oxidoreductase  22.89 
 
 		 389 aa  57  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.075637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  35.86 
 
 		 404 aa  57  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  21.78 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2777  oxidoreductase, DadA family  21.78 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.848486  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2742  DadA family oxidoreductase  22.22 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00153462  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28291  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  26.22 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2430  FAD dependent oxidoreductase  21.93 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0834847  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2454  D-amino acid dehydrogenase small subunit  21.97 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295637  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  29.8 
 
 		 376 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  30 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  26.54 
 
 		 402 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2569  oxidoreductase, DadA family  21.93 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0599885 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2498  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  28.18 
 
 		 355 aa  54.7  0.000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.373577  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4149  glycine oxidase ThiO  23.03 
 
 		 666 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.572473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4279  glycine oxidase ThiO  32.76 
 
 		 398 aa  53.9  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.196313  hitchhiker  0.00513964 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2500  FAD dependent oxidoreductase  26.92 
 
 		 370 aa  53.9  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.50654  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3977  FAD dependent oxidoreductase  32.48 
 
 		 377 aa  53.9  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  27.49 
 
 		 375 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3219  thiazole synthase  23.86 
 
 		 652 aa  53.5  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3417  FAD dependent oxidoreductase  30.63 
 
 		 471 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.000555141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  32.76 
 
 		 385 aa  53.1  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2732  oxidoreductase, DadA family  21.64 
 
 		 371 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1830  SoxB protein  26.87 
 
 		 377 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.260331 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00501  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  21.04 
 
 		 369 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  25.34 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5219  FAD dependent oxidoreductase  27.64 
 
 		 368 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1426  FAD dependent oxidoreductase  22.35 
 
 		 374 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0313349  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5918  glycine oxidase ThiO  28.05 
 
 		 330 aa  50.8  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0964  glycine oxidase ThiO  27.48 
 
 		 373 aa  50.8  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00481  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  20.82 
 
 		 369 aa  50.4  0.00006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.254103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>