192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3358 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3358  oxidoreductase  100 
 
 		 417 aa  824    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3154  FAD dependent oxidoreductase  59.49 
 
 		 392 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.358247 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2890  FAD dependent oxidoreductase  59.59 
 
 		 392 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0610119 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4487  FAD dependent oxidoreductase  52.28 
 
 		 376 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0139  FAD dependent oxidoreductase  39.46 
 
 		 348 aa  188  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.297271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2335  FAD dependent oxidoreductase  40.38 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0387808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2540  FAD dependent oxidoreductase  37.17 
 
 		 353 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0170113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0146  FAD dependent oxidoreductase  35.83 
 
 		 346 aa  173  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00168666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0880  oxidoreductase  36.36 
 
 		 353 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0153  FAD dependent oxidoreductase  38.25 
 
 		 352 aa  169  6e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0141  FAD dependent oxidoreductase  35.17 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  29.65 
 
 		 374 aa  92.8  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0136  FAD dependent oxidoreductase  27.62 
 
 		 361 aa  92  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0801  glycine oxidase ThiO  34.76 
 
 		 367 aa  86.3  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  28.17 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  33.84 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2071  glycine oxidase, putative  25.21 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00506599  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2723  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2269  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  29.41 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  25.2 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  33.46 
 
 		 365 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4841  FAD dependent oxidoreductase  35.68 
 
 		 366 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.388467  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  33.66 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  27.75 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  33.88 
 
 		 365 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1956  oxidoreductase, FAD-binding  27.02 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.034563  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1624  FAD dependent oxidoreductase  27.02 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.909673  hitchhiker  0.0000164974 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  27.73 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  40.14 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0520  FAD dependent oxidoreductase  23.51 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0537  FAD dependent oxidoreductase  23.51 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  25.63 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  25.91 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  25.63 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  38.1 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  25.91 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  26.12 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  25.28 
 
 		 369 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  25.56 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  32.3 
 
 		 367 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  25.56 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  26.12 
 
 		 369 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  34.98 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  29.7 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  29.62 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  26.23 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2170  aromatic-ring hydroxylase  27.68 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2483  glycine oxidase ThiO  32.15 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2529  DadA family oxidoreductase  27.66 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2715  DadA family oxidoreductase  27.66 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2728  oxidoreductase, DadA family  27.66 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000981681 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5037  FAD dependent oxidoreductase  23.81 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.484973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5188  glycine oxidase ThiO  38.71 
 
 		 404 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2742  DadA family oxidoreductase  27.93 
 
 		 371 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00153462  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  28.8 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.66 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  30.23 
 
 		 379 aa  66.2  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4279  glycine oxidase ThiO  40.91 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.196313  hitchhiker  0.00513964 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2454  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.39 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295637  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2430  FAD dependent oxidoreductase  27.39 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0834847  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  42.34 
 
 		 404 aa  64.3  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2777  oxidoreductase, DadA family  27.39 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.848486  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  29.97 
 
 		 361 aa  62.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5036  glycine oxidase ThiO  28.14 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  36.07 
 
 		 401 aa  62.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2569  oxidoreductase, DadA family  26.53 
 
 		 371 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0599885 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  29.33 
 
 		 652 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  27.66 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1461  FAD dependent oxidoreductase  24.24 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.942129  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4109  glycine oxidase ThiO  31.65 
 
 		 666 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2732  oxidoreductase, DadA family  26.24 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1793  FAD dependent oxidoreductase  22.91 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.075637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  28.49 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  26.65 
 
 		 411 aa  57  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  26.27 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3219  thiazole synthase  32.58 
 
 		 652 aa  57  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6003  FAD dependent oxidoreductase  24.38 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2464  FAD dependent oxidoreductase  30.18 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.750874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1848  FAD dependent oxidoreductase  26.38 
 
 		 373 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.344381  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  32.08 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0573  FAD dependent oxidoreductase  24.93 
 
 		 390 aa  56.2  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4149  glycine oxidase ThiO  30.94 
 
 		 666 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.572473 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0964  glycine oxidase ThiO  31.29 
 
 		 373 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  25.14 
 
 		 367 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  32.81 
 
 		 382 aa  55.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  29.21 
 
 		 378 aa  55.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_31544  predicted protein  30.94 
 
 		 1033 aa  54.7  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  26.85 
 
 		 440 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  28.37 
 
 		 392 aa  54.3  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  40 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  31.58 
 
 		 377 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1044  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO  36.15 
 
 		 391 aa  53.5  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  27.46 
 
 		 825 aa  53.5  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08100  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  24.94 
 
 		 503 aa  52.8  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.242125  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3277  FAD dependent oxidoreductase  25.42 
 
 		 367 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.403037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3428  glycine oxidase ThiO  31.11 
 
 		 369 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4797  glycine oxidase ThiO  27.93 
 
 		 684 aa  52.4  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.937607  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0860  FAD dependent oxidoreductase  23.54 
 
 		 471 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.300011 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2891  glycine oxidase ThiO  30.41 
 
 		 338 aa  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.894969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>