280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3999 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3999  UbiD family decarboxylase  100 
 
 		 457 aa  939    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3071  carboxylyase-like protein  66.3 
 
 		 474 aa  631  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0542866  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3430  carboxylyase-like protein  62.31 
 
 		 461 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.540081  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7140  UbiD family decarboxylase  60.49 
 
 		 464 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.493954  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3609  UbiD family decarboxylase  60.67 
 
 		 464 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0636  carboxylyase-like protein  59.11 
 
 		 464 aa  553  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0843  carboxylyase-like protein  37.84 
 
 		 472 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3716  UbiD family decarboxylase  36.61 
 
 		 469 aa  222  8e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4732  UbiD family decarboxylase  36.07 
 
 		 461 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1310  UbiD family decarboxylase  36.61 
 
 		 469 aa  217  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.134421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2187  UbiD family decarboxylase  34.05 
 
 		 494 aa  210  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4788  UbiD family decarboxylase  35.52 
 
 		 462 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565671  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6675  UbiD family decarboxylase  35.6 
 
 		 506 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2071  carboxylyase-like protein  34.05 
 
 		 494 aa  206  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3994  UbiD family decarboxylase  30.99 
 
 		 480 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247967  normal  0.0822542 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1473  carboxylyase-like protein  31.52 
 
 		 425 aa  194  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0383556  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1597  UbiD family decarboxylase  30.69 
 
 		 443 aa  192  1e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4699  UbiD family decarboxylase  33.49 
 
 		 443 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7527  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  31.38 
 
 		 455 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0716  4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.75 
 
 		 421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4939  UbiD family decarboxylase  31.76 
 
 		 443 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2102  carboxylyase-like protein  30.32 
 
 		 514 aa  183  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  30.12 
 
 		 502 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  29.42 
 
 		 480 aa  178  2e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1167  carboxylyase-like protein  32.78 
 
 		 447 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  30.09 
 
 		 479 aa  177  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.74 
 
 		 502 aa  176  5e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  29.06 
 
 		 493 aa  176  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  28.81 
 
 		 493 aa  176  7e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  28.57 
 
 		 493 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  29.06 
 
 		 493 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2535  carboxylyase-like protein  29.77 
 
 		 527 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  34.07 
 
 		 481 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.92 
 
 		 488 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  28.57 
 
 		 493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  28.57 
 
 		 493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  31.63 
 
 		 493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  30.36 
 
 		 488 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0050  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.39 
 
 		 525 aa  174  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  29.16 
 
 		 502 aa  172  9e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  29.16 
 
 		 502 aa  172  9e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  28.57 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  28.57 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.37 
 
 		 522 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  30.12 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  27.46 
 
 		 493 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  27.75 
 
 		 521 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.28 
 
 		 495 aa  171  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.06 
 
 		 498 aa  171  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  28.05 
 
 		 493 aa  171  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2520  UbiD family decarboxylase  29.01 
 
 		 469 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  29.02 
 
 		 493 aa  171  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  28.48 
 
 		 481 aa  171  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.28 
 
 		 506 aa  171  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.28 
 
 		 498 aa  171  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.81 
 
 		 498 aa  170  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  28.41 
 
 		 504 aa  170  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.73 
 
 		 492 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  29.06 
 
 		 498 aa  170  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.54 
 
 		 506 aa  170  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  28.54 
 
 		 493 aa  169  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.73 
 
 		 492 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.48 
 
 		 482 aa  169  7e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.73 
 
 		 492 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.73 
 
 		 492 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.45 
 
 		 497 aa  169  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.51 
 
 		 492 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  27.6 
 
 		 488 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06711  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.96 
 
 		 525 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.12 
 
 		 506 aa  169  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.85 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.85 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.85 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  29.4 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  29.4 
 
 		 550 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  26.65 
 
 		 520 aa  168  2e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  29.26 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  29.01 
 
 		 488 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  28.78 
 
 		 502 aa  167  2.9999999999999998e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.86 
 
 		 488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  28.85 
 
 		 617 aa  167  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.4 
 
 		 488 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  29.06 
 
 		 488 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.16 
 
 		 478 aa  166  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  28.45 
 
 		 497 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.45 
 
 		 497 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.45 
 
 		 497 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.45 
 
 		 497 aa  166  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  28.45 
 
 		 497 aa  166  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  27.23 
 
 		 509 aa  166  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.23 
 
 		 497 aa  166  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  27.25 
 
 		 520 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1121  carboxylyase-like protein  31.14 
 
 		 462 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.45 
 
 		 497 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.78 
 
 		 501 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  28.78 
 
 		 498 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  29.64 
 
 		 492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.23 
 
 		 497 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  28.92 
 
 		 488 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002100  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  28.61 
 
 		 617 aa  164  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00373148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>