280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3430 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3430  carboxylyase-like protein  100 
 
 		 461 aa  939    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.540081  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0636  carboxylyase-like protein  73.2 
 
 		 464 aa  701    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3609  UbiD family decarboxylase  74.29 
 
 		 464 aa  724    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7140  UbiD family decarboxylase  75.28 
 
 		 464 aa  725    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.493954  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3071  carboxylyase-like protein  65.93 
 
 		 474 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0542866  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3999  UbiD family decarboxylase  62.31 
 
 		 457 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2071  carboxylyase-like protein  37.29 
 
 		 494 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6675  UbiD family decarboxylase  35.05 
 
 		 506 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0843  carboxylyase-like protein  37.19 
 
 		 472 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2187  UbiD family decarboxylase  36.41 
 
 		 494 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3716  UbiD family decarboxylase  37.8 
 
 		 469 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4788  UbiD family decarboxylase  35.12 
 
 		 462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4732  UbiD family decarboxylase  35.42 
 
 		 461 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1310  UbiD family decarboxylase  35.58 
 
 		 469 aa  199  9e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.134421 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1597  UbiD family decarboxylase  31.05 
 
 		 443 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1473  carboxylyase-like protein  31.19 
 
 		 425 aa  194  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0383556  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4939  UbiD family decarboxylase  32.04 
 
 		 443 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4699  UbiD family decarboxylase  32.28 
 
 		 443 aa  189  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7527  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.58 
 
 		 455 aa  182  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3994  UbiD family decarboxylase  30.96 
 
 		 480 aa  182  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247967  normal  0.0822542 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0716  4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.66 
 
 		 421 aa  179  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  27.43 
 
 		 521 aa  178  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.61 
 
 		 520 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  27.15 
 
 		 520 aa  176  8e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2535  carboxylyase-like protein  34.05 
 
 		 527 aa  176  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2102  carboxylyase-like protein  29.48 
 
 		 514 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29 
 
 		 506 aa  172  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0050  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  26.68 
 
 		 525 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1167  carboxylyase-like protein  32.2 
 
 		 447 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.7 
 
 		 502 aa  171  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  28.47 
 
 		 502 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  28.71 
 
 		 502 aa  171  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  28.71 
 
 		 502 aa  171  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06711  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.45 
 
 		 525 aa  169  9e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  27.64 
 
 		 481 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1419  carboxylyase-like protein  33 
 
 		 463 aa  167  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.1 
 
 		 488 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2520  UbiD family decarboxylase  30.02 
 
 		 469 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  31.03 
 
 		 617 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  28.3 
 
 		 504 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  28.97 
 
 		 492 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  28.64 
 
 		 502 aa  163  5.0000000000000005e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  30.48 
 
 		 488 aa  163  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.44 
 
 		 509 aa  162  8.000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  28.94 
 
 		 494 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  27.46 
 
 		 493 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  27.25 
 
 		 482 aa  162  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3118  UbiD family decarboxylase  28.94 
 
 		 504 aa  162  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.41 
 
 		 488 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.79 
 
 		 478 aa  161  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  28.32 
 
 		 493 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  29.01 
 
 		 479 aa  160  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  29.56 
 
 		 488 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  29.66 
 
 		 488 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.01 
 
 		 490 aa  160  4e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.11 
 
 		 490 aa  160  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0014  UbiD family decarboxylase  30.05 
 
 		 425 aa  159  7e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0617  UbiD family decarboxylase  33.59 
 
 		 433 aa  159  7e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.1 
 
 		 488 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  27.86 
 
 		 550 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0381  carboxylyase-like protein  28.74 
 
 		 476 aa  159  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.36 
 
 		 488 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0404  UbiD family decarboxylase  33.66 
 
 		 450 aa  159  1e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  28.07 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  27.25 
 
 		 617 aa  158  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  26.9 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.05 
 
 		 495 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3001  hypothetical protein  27.95 
 
 		 488 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.05 
 
 		 498 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1121  carboxylyase-like protein  31.31 
 
 		 462 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  28.41 
 
 		 488 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.05 
 
 		 506 aa  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2862  hypothetical protein  27.95 
 
 		 488 aa  156  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  29.58 
 
 		 488 aa  156  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  28.74 
 
 		 498 aa  156  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  27.25 
 
 		 493 aa  156  7e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002100  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  27.15 
 
 		 617 aa  156  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00373148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  27.25 
 
 		 493 aa  156  9e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2702  hypothetical protein  28.26 
 
 		 613 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193644  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.45 
 
 		 506 aa  155  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  25.98 
 
 		 493 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  28.41 
 
 		 488 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  28.11 
 
 		 498 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  27.03 
 
 		 493 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  27.48 
 
 		 497 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.24 
 
 		 522 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  27.03 
 
 		 493 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  28.18 
 
 		 488 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0292  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.22 
 
 		 504 aa  154  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0305  UbiD family decarboxylase  30.3 
 
 		 425 aa  154  4e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0856  UbiD family decarboxylase  32.2 
 
 		 424 aa  154  4e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.160491 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  30.13 
 
 		 481 aa  154  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1386  UbiD family decarboxylase  30.77 
 
 		 425 aa  153  5e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0598  UbiD family decarboxylase  29.57 
 
 		 425 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.128348  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  27.63 
 
 		 488 aa  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  28.08 
 
 		 493 aa  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.21 
 
 		 498 aa  153  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0574  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  26.96 
 
 		 507 aa  153  8e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  27.37 
 
 		 487 aa  153  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  27.52 
 
 		 498 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>