280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7527 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7527  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  100 
 
 		 455 aa  926    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3994  UbiD family decarboxylase  70.07 
 
 		 480 aa  683    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247967  normal  0.0822542 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1597  UbiD family decarboxylase  29.45 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4699  UbiD family decarboxylase  34.25 
 
 		 443 aa  212  9e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4939  UbiD family decarboxylase  34.02 
 
 		 443 aa  202  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0843  carboxylyase-like protein  32.13 
 
 		 472 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4732  UbiD family decarboxylase  33.75 
 
 		 461 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3071  carboxylyase-like protein  33.77 
 
 		 474 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0542866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4788  UbiD family decarboxylase  32.63 
 
 		 462 aa  189  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565671  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3999  UbiD family decarboxylase  31.38 
 
 		 457 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3716  UbiD family decarboxylase  32.33 
 
 		 469 aa  182  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3430  carboxylyase-like protein  32.58 
 
 		 461 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.540081  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7140  UbiD family decarboxylase  31.65 
 
 		 464 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.493954  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1310  UbiD family decarboxylase  31.58 
 
 		 469 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.134421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0078  UbiD family decarboxylase  30.32 
 
 		 447 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2071  carboxylyase-like protein  32.33 
 
 		 494 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0716  4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.8 
 
 		 421 aa  177  3e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3609  UbiD family decarboxylase  31.19 
 
 		 464 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1473  carboxylyase-like protein  31.34 
 
 		 425 aa  177  4e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0383556  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2187  UbiD family decarboxylase  31.4 
 
 		 494 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1108  carboxylyase-like protein  30.16 
 
 		 446 aa  176  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1121  carboxylyase-like protein  29.8 
 
 		 462 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6675  UbiD family decarboxylase  31.86 
 
 		 506 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1386  UbiD family decarboxylase  29.9 
 
 		 425 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0305  UbiD family decarboxylase  29.9 
 
 		 425 aa  173  5e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1167  carboxylyase-like protein  32.27 
 
 		 447 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0533  UbiD family decarboxylase  29.64 
 
 		 425 aa  172  2e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0636  carboxylyase-like protein  30.69 
 
 		 464 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0598  UbiD family decarboxylase  29.2 
 
 		 425 aa  166  5e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.128348  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0122  UbiD family decarboxylase  34.59 
 
 		 413 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.695479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  28.85 
 
 		 479 aa  161  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1419  carboxylyase-like protein  29.88 
 
 		 463 aa  159  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0231  UbiD family decarboxylase  29.75 
 
 		 448 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  28.13 
 
 		 488 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  28.51 
 
 		 488 aa  154  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  28.23 
 
 		 487 aa  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  26.16 
 
 		 502 aa  152  8.999999999999999e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  27.91 
 
 		 488 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  27.57 
 
 		 487 aa  151  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  25.95 
 
 		 502 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0057  hypothetical protein  29.18 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00482373 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  26.22 
 
 		 480 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  27.91 
 
 		 488 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.17 
 
 		 520 aa  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2139  UbiD family decarboxylase  30.05 
 
 		 413 aa  145  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0510  UbiD family decarboxylase  31.17 
 
 		 412 aa  146  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  27.69 
 
 		 487 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.87 
 
 		 509 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0215  UbiD family decarboxylase  28.38 
 
 		 448 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0617  UbiD family decarboxylase  29.29 
 
 		 433 aa  144  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 495 aa  143  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 506 aa  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 498 aa  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.26 
 
 		 521 aa  143  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  26.15 
 
 		 487 aa  142  9e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0050  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  26.09 
 
 		 525 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0014  UbiD family decarboxylase  25.46 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  26.68 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 506 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.35 
 
 		 487 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0437  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  31.29 
 
 		 471 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  25.86 
 
 		 522 aa  140  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  26.77 
 
 		 482 aa  140  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  25.93 
 
 		 502 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  27.53 
 
 		 493 aa  140  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  25.93 
 
 		 502 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.75 
 
 		 478 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2535  carboxylyase-like protein  29.23 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  26.44 
 
 		 502 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  27.09 
 
 		 463 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06711  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  25.87 
 
 		 525 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  26.92 
 
 		 492 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  25.93 
 
 		 488 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  25.82 
 
 		 506 aa  138  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 501 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  27.59 
 
 		 488 aa  137  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  25.11 
 
 		 504 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.81 
 
 		 492 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  26.59 
 
 		 497 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  26.54 
 
 		 550 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  25.85 
 
 		 488 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  136  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  26.51 
 
 		 481 aa  136  8e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  26.54 
 
 		 488 aa  136  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 492 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 492 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  26.71 
 
 		 488 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  26.94 
 
 		 494 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  26.54 
 
 		 488 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 497 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.59 
 
 		 492 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  26.37 
 
 		 497 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  26.15 
 
 		 488 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.47 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>