281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4788 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4788  UbiD family decarboxylase  100 
 
 		 462 aa  926    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4732  UbiD family decarboxylase  86.12 
 
 		 461 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1310  UbiD family decarboxylase  91.09 
 
 		 469 aa  813    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.134421 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3716  UbiD family decarboxylase  62.69 
 
 		 469 aa  560  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0843  carboxylyase-like protein  61.8 
 
 		 472 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2071  carboxylyase-like protein  59.35 
 
 		 494 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6675  UbiD family decarboxylase  59.78 
 
 		 506 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2187  UbiD family decarboxylase  58.96 
 
 		 494 aa  511  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1597  UbiD family decarboxylase  30.91 
 
 		 443 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0716  4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.41 
 
 		 421 aa  233  8.000000000000001e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1473  carboxylyase-like protein  36.24 
 
 		 425 aa  228  2e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0383556  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0014  UbiD family decarboxylase  35.31 
 
 		 425 aa  227  3e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3999  UbiD family decarboxylase  36.61 
 
 		 457 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0404  UbiD family decarboxylase  37.19 
 
 		 450 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1386  UbiD family decarboxylase  33.68 
 
 		 425 aa  219  1e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3609  UbiD family decarboxylase  37.67 
 
 		 464 aa  218  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3071  carboxylyase-like protein  39.11 
 
 		 474 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0542866  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0533  UbiD family decarboxylase  32.9 
 
 		 425 aa  216  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0305  UbiD family decarboxylase  33.42 
 
 		 425 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3430  carboxylyase-like protein  35.61 
 
 		 461 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.540081  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0598  UbiD family decarboxylase  33.16 
 
 		 425 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.128348  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0422  UbiD family decarboxylase  34.99 
 
 		 440 aa  210  5e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.586666  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7140  UbiD family decarboxylase  35.15 
 
 		 464 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.493954  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1419  carboxylyase-like protein  35.13 
 
 		 463 aa  207  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0617  UbiD family decarboxylase  33.64 
 
 		 433 aa  206  8e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2139  UbiD family decarboxylase  37.8 
 
 		 413 aa  205  1e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3994  UbiD family decarboxylase  32.86 
 
 		 480 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247967  normal  0.0822542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0636  carboxylyase-like protein  34.43 
 
 		 464 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0122  UbiD family decarboxylase  34.92 
 
 		 413 aa  201  3e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.695479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7527  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.63 
 
 		 455 aa  200  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0940  UbiD family decarboxylase  35.42 
 
 		 417 aa  199  7e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1121  carboxylyase-like protein  32.36 
 
 		 462 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0856  UbiD family decarboxylase  38.92 
 
 		 424 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.160491 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1397  UbiD family decarboxylase  36.74 
 
 		 424 aa  194  2e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0057  hypothetical protein  31.5 
 
 		 412 aa  195  2e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00482373 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4699  UbiD family decarboxylase  31.62 
 
 		 443 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0948  UbiD family decarboxylase  36.74 
 
 		 425 aa  193  4e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2535  carboxylyase-like protein  33.98 
 
 		 527 aa  193  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0767  UbiD family decarboxylase  36.62 
 
 		 411 aa  192  8e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0078  UbiD family decarboxylase  30.94 
 
 		 447 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1167  carboxylyase-like protein  33.04 
 
 		 447 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2353  carboxylyase-like protein  32.65 
 
 		 531 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.630162 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1174  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.77 
 
 		 491 aa  189  1e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4939  UbiD family decarboxylase  32.24 
 
 		 443 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1108  carboxylyase-like protein  31.92 
 
 		 446 aa  186  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0510  UbiD family decarboxylase  35.65 
 
 		 412 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  32.01 
 
 		 487 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0381  carboxylyase-like protein  31.28 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  31.36 
 
 		 488 aa  180  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2438  carboxylyase-like protein  34.87 
 
 		 413 aa  179  7e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  30.99 
 
 		 496 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  31.19 
 
 		 487 aa  178  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  32.81 
 
 		 479 aa  176  9e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  29.08 
 
 		 481 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3679  Carboxylyase-related protein  33 
 
 		 485 aa  173  5.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.416994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  32.24 
 
 		 488 aa  173  5.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.29 
 
 		 489 aa  173  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3877  UbiD family decarboxylase  33.7 
 
 		 486 aa  173  6.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.358634  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  31.64 
 
 		 488 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  32.16 
 
 		 487 aa  172  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  31.64 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  29.91 
 
 		 494 aa  172  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  29.8 
 
 		 487 aa  171  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1921  UbiD family decarboxylase  35.04 
 
 		 425 aa  171  3e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2520  UbiD family decarboxylase  31.52 
 
 		 469 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.87 
 
 		 498 aa  170  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 		 498 aa  170  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.7 
 
 		 488 aa  170  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 		 506 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.74 
 
 		 495 aa  169  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  30.09 
 
 		 550 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  30.09 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.46 
 
 		 492 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.98 
 
 		 497 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.5 
 
 		 498 aa  168  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.46 
 
 		 492 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  27.63 
 
 		 502 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.46 
 
 		 492 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  30.09 
 
 		 488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  27.63 
 
 		 502 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.46 
 
 		 492 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  30.75 
 
 		 492 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  30.09 
 
 		 488 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.75 
 
 		 488 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  29.65 
 
 		 495 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.86 
 
 		 492 aa  166  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.77 
 
 		 497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  29.77 
 
 		 497 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  29.77 
 
 		 497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.77 
 
 		 497 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.77 
 
 		 497 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.77 
 
 		 497 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2102  carboxylyase-like protein  27.07 
 
 		 514 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  31.06 
 
 		 498 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.57 
 
 		 497 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  29.2 
 
 		 488 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.1 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.57 
 
 		 497 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.07 
 
 		 509 aa  164  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  32.08 
 
 		 487 aa  163  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>