281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0843 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0843  carboxylyase-like protein  100 
 
 		 472 aa  958    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4788  UbiD family decarboxylase  61.8 
 
 		 462 aa  545  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4732  UbiD family decarboxylase  61.28 
 
 		 461 aa  542  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1310  UbiD family decarboxylase  61 
 
 		 469 aa  534  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.134421 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3716  UbiD family decarboxylase  57.33 
 
 		 469 aa  518  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6675  UbiD family decarboxylase  57.61 
 
 		 506 aa  495  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2187  UbiD family decarboxylase  57.17 
 
 		 494 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2071  carboxylyase-like protein  56.96 
 
 		 494 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1473  carboxylyase-like protein  38.55 
 
 		 425 aa  262  8e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0383556  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0716  4-hydroxybenzoate decarboxylase  38.57 
 
 		 421 aa  256  8e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3999  UbiD family decarboxylase  37.84 
 
 		 457 aa  251  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0014  UbiD family decarboxylase  36.34 
 
 		 425 aa  249  9e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3430  carboxylyase-like protein  37.19 
 
 		 461 aa  247  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.540081  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3609  UbiD family decarboxylase  39.19 
 
 		 464 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7140  UbiD family decarboxylase  37.84 
 
 		 464 aa  242  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.493954  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3071  carboxylyase-like protein  39.85 
 
 		 474 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0542866  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1386  UbiD family decarboxylase  34.42 
 
 		 425 aa  239  8e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1597  UbiD family decarboxylase  31.46 
 
 		 443 aa  239  8e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0533  UbiD family decarboxylase  34.15 
 
 		 425 aa  238  2e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3994  UbiD family decarboxylase  34.78 
 
 		 480 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247967  normal  0.0822542 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0305  UbiD family decarboxylase  34.42 
 
 		 425 aa  237  3e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0636  carboxylyase-like protein  37.03 
 
 		 464 aa  231  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0404  UbiD family decarboxylase  34.72 
 
 		 450 aa  224  2e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0598  UbiD family decarboxylase  33.15 
 
 		 425 aa  223  7e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.128348  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1419  carboxylyase-like protein  36.26 
 
 		 463 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4699  UbiD family decarboxylase  31.47 
 
 		 443 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0617  UbiD family decarboxylase  34.06 
 
 		 433 aa  213  7.999999999999999e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4939  UbiD family decarboxylase  32.63 
 
 		 443 aa  213  9e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7527  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.13 
 
 		 455 aa  212  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0422  UbiD family decarboxylase  35.17 
 
 		 440 aa  211  2e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.586666  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0057  hypothetical protein  33.49 
 
 		 412 aa  207  4e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00482373 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1121  carboxylyase-like protein  32.54 
 
 		 462 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0122  UbiD family decarboxylase  35.26 
 
 		 413 aa  203  4e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.695479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0856  UbiD family decarboxylase  33.16 
 
 		 424 aa  203  6e-51  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.160491 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0767  UbiD family decarboxylase  38.96 
 
 		 411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0078  UbiD family decarboxylase  32.58 
 
 		 447 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2139  UbiD family decarboxylase  38.19 
 
 		 413 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1108  carboxylyase-like protein  32.97 
 
 		 446 aa  200  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1167  carboxylyase-like protein  31.7 
 
 		 447 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0381  carboxylyase-like protein  31.39 
 
 		 476 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1397  UbiD family decarboxylase  32.72 
 
 		 424 aa  196  8.000000000000001e-49  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0948  UbiD family decarboxylase  35 
 
 		 425 aa  194  4e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0510  UbiD family decarboxylase  35 
 
 		 412 aa  192  2e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2438  carboxylyase-like protein  35.95 
 
 		 413 aa  188  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2535  carboxylyase-like protein  32.84 
 
 		 527 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0940  UbiD family decarboxylase  34.45 
 
 		 417 aa  187  5e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1921  UbiD family decarboxylase  33.42 
 
 		 425 aa  177  4e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  33.62 
 
 		 496 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3679  Carboxylyase-related protein  32.99 
 
 		 485 aa  177  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.416994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  30.3 
 
 		 481 aa  176  6e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2102  carboxylyase-like protein  29.64 
 
 		 514 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.88 
 
 		 487 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  31.26 
 
 		 488 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  32.4 
 
 		 488 aa  171  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  31.44 
 
 		 487 aa  170  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  31.26 
 
 		 488 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  32.46 
 
 		 479 aa  169  9e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  31.42 
 
 		 550 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3118  UbiD family decarboxylase  30.57 
 
 		 504 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  31.42 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  29.76 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  30.52 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  31.09 
 
 		 487 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  30.82 
 
 		 498 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  30.6 
 
 		 488 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.16 
 
 		 488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  31.41 
 
 		 494 aa  167  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.91 
 
 		 509 aa  167  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2353  carboxylyase-like protein  31.84 
 
 		 531 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.630162 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  30.6 
 
 		 488 aa  167  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  28.14 
 
 		 502 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.98 
 
 		 498 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  30.11 
 
 		 492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.98 
 
 		 506 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  30.74 
 
 		 488 aa  164  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.98 
 
 		 495 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  29.61 
 
 		 491 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  30.22 
 
 		 487 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  31.49 
 
 		 488 aa  163  7e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  31.1 
 
 		 493 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 		 498 aa  162  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 		 498 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2119  UbiD family decarboxylase  30.95 
 
 		 497 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.381426  normal  0.478377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.98 
 
 		 488 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2388  UbiD family decarboxylase  30.52 
 
 		 497 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.0671796 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1174  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.25 
 
 		 491 aa  162  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2578  UbiD family decarboxylase  31.13 
 
 		 494 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  28.48 
 
 		 480 aa  161  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  27.13 
 
 		 502 aa  160  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.41 
 
 		 488 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 		 492 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  27.94 
 
 		 502 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  27.94 
 
 		 502 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>