139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1578 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1578  hypothetical protein  100 
 
 		 305 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2243  hypothetical protein  52.56 
 
 		 326 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.641786 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2021  hypothetical protein  52.03 
 
 		 326 aa  252  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2228  hypothetical protein  44.82 
 
 		 301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2741  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  28.77 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.127946  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6287  Protein of unknown function DUF829  25 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000137217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2954  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  26.57 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1880  hydrolase, putative  32.22 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2731  hypothetical protein  34.96 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3537  hydrolase  30.23 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.297749  normal  0.0703626 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0089  alpha/beta hydrolase fold protein  32.09 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.743714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0235  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  29.95 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1019  hypothetical protein  39.9 
 
 		 326 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.237359  normal  0.123447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1979  hydrolase, putative  32.41 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.708266  normal  0.0224758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3781  hypothetical protein  33.05 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02180  hypothetical protein  26.55 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.431162  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0071  hypothetical protein  32.09 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1542  hydrolase  33.05 
 
 		 277 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.884296  normal  0.124016 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2566  hypothetical protein  33.64 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.767502  normal  0.0363066 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12443  hypothetical protein  28.96 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.134258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1510  hydrolase  32.6 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0758387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3920  hypothetical protein  33.49 
 
 		 322 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2000  putative hydrolase  34.51 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.445681  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2857  alpha/beta superfamily hydrolase/acyltransferase  33.94 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0118  hypothetical protein  28.51 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4371  hypothetical protein  32.27 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.287602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23610  putative hydrolase  33.63 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0107656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0961  alpha/beta superfamily hydrolase/acyltransferase  27.53 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0093  hypothetical protein  28.77 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3200  hypothetical protein  30.14 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.437465  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2593  hypothetical protein  25.09 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2720  hypothetical protein  24.64 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3295  hypothetical protein  29.45 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000946  predicted hydrolase or acyltransferase  28 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0719  hypothetical protein  25.88 
 
 		 283 aa  72  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.19261  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0273  hypothetical protein  26.73 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0078  hypothetical protein  27.1 
 
 		 363 aa  67  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.682762  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5084  hypothetical protein  28.04 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06957  hypothetical protein  25.58 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0064  hypothetical protein  29.46 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1230  hypothetical protein  28.9 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02220  hypothetical protein  30.87 
 
 		 151 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.97 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.08 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1698  magnesium chelatase accessory protein  28.46 
 
 		 295 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1668  alpha/beta fold family hydrolase  26.41 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0139798  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0636  putative hydrolase, alpha/beta fold family  23.5 
 
 		 247 aa  53.1  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.208223  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0810  alpha/beta hydrolase fold  24.67 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0122335  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1528  alpha/beta hydrolase fold  31.89 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.109222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1433  alpha/beta hydrolase fold  24.64 
 
 		 257 aa  52.4  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.71 
 
 		 370 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0822  alpha/beta hydrolase fold protein  38.18 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000139933  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3833  alpha/beta hydrolase fold protein  33.56 
 
 		 302 aa  52  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.549204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0497  BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase  27.06 
 
 		 326 aa  52.4  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0487  alpha/beta hydrolase fold  24.59 
 
 		 240 aa  51.6  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0930  alpha/beta hydrolase fold  22.22 
 
 		 353 aa  51.2  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.262711  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1479  alpha/beta hydrolase fold protein  36 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0307  alpha/beta hydrolase  26.74 
 
 		 319 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.028289  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3235  magnesium chelatase accessory protein  33.33 
 
 		 301 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1908  hypothetical protein  26.41 
 
 		 300 aa  50.4  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.714341  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1183  Alpha/beta hydrolase  27.45 
 
 		 279 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330922  normal  0.0773535 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  28.16 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0033  alpha/beta hydrolase fold  21.4 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0204897  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.75 
 
 		 372 aa  50.8  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5015  alpha/beta hydrolase  27.13 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0176237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3126  alpha/beta hydrolase fold  29.83 
 
 		 303 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal  0.0127742 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0248  alpha/beta hydrolase  27.23 
 
 		 319 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 		 316 aa  50.1  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0257  alpha/beta hydrolase  28.08 
 
 		 319 aa  49.7  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0230215  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1260  alpha/beta hydrolase fold  33.12 
 
 		 304 aa  48.9  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.0170464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.8 
 
 		 370 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0248  alpha/beta hydrolase fold  30.58 
 
 		 254 aa  48.9  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0768  alpha/beta hydrolase fold  37.23 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.943813  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3010  magnesium chelatase accessory protein  32.7 
 
 		 299 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.219603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45778  predicted protein  32.17 
 
 		 359 aa  48.5  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0300  alpha/beta hydrolase  26.29 
 
 		 319 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.92 
 
 		 370 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1513  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 		 250 aa  48.1  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0251  putative alpha/beta hydrolase  26.76 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0617  peptidase S15  23.08 
 
 		 283 aa  47.4  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.000016795  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1008  alpha/beta hydrolase fold  36.14 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.854645  normal  0.0281886 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5571  OsmC family protein  27.95 
 
 		 408 aa  47.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0439292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2109  alpha/beta hydrolase fold  29.34 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.139583  normal  0.535795 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0600  alpha/beta hydrolase fold protein  34.52 
 
 		 253 aa  47.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000132287  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.05 
 
 		 372 aa  46.6  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1832  magnesium chelatase accessory protein  31.61 
 
 		 302 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0474032 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3100  hypothetical protein  30.69 
 
 		 323 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00381116  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2765  peptidase S15  27.16 
 
 		 254 aa  46.6  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.835133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5537  Lysophospholipase-like protein  24.89 
 
 		 266 aa  46.6  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.738502  normal  0.85419 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2214  hypothetical protein  26.64 
 
 		 313 aa  45.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3199  magnesium chelatase accessory protein  36.92 
 
 		 309 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.825802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  23.4 
 
 		 258 aa  45.4  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2450  hypothetical protein  28.26 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1448  Alpha/beta hydrolase fold  30.34 
 
 		 286 aa  45.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  25.1 
 
 		 294 aa  45.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0003  2-acetyl-1-alkylglycerophosph ocholine esterase  26.07 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.643253  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0317  alpha/beta hydrolase fold protein  22.09 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3228  hypothetical protein  24.03 
 
 		 320 aa  43.9  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000883835  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3471  hypothetical protein  37.97 
 
 		 346 aa  43.9  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00814708  normal  0.0128329 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7972  hypothetical protein  28.33 
 
 		 263 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.482135  normal  0.265333 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>