127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0450 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0450  F0F1 ATP synthase subunit B  100 
 
 
161 aa  306  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  normal  0.116095 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0934  F0F1 ATP synthase subunit B  71.43 
 
 
161 aa  220  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0503  F0F1 ATP synthase subunit B  63.52 
 
 
159 aa  201  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0337888  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0385  F0F1 ATP synthase subunit B  61.01 
 
 
159 aa  195  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.959271  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0397  F0F1 ATP synthase subunit B  59.75 
 
 
159 aa  189  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0515  F0F1 ATP synthase subunit B  72.96 
 
 
163 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354645  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0557  F0F1 ATP synthase subunit B  74.17 
 
 
163 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0699  F0F1 ATP synthase subunit B  59.12 
 
 
159 aa  175  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0379  F0F1 ATP synthase subunit B  49.36 
 
 
159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0694  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  47.13 
 
 
161 aa  127  8.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1976  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  48.41 
 
 
163 aa  120  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0611359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0843  ATP synthase subunit B, membrane-bound, F0 sector  44.94 
 
 
163 aa  105  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4813  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  44.16 
 
 
164 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.562728 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3172  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  41.88 
 
 
162 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390214  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3367  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  42.24 
 
 
162 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.223536  normal  0.761961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3496  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  41.88 
 
 
162 aa  97.4  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2876  F0F1 ATP synthase subunit B  38.61 
 
 
184 aa  96.3  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2591  F0F1 ATP synthase subunit B  38.71 
 
 
185 aa  94.4  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000585998 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2204  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  50.94 
 
 
183 aa  90.9  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.197491 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0911  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  43.59 
 
 
163 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4574  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  42.41 
 
 
163 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0740  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.24 
 
 
161 aa  87.4  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0827  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.14 
 
 
163 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179502 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1890  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  33.54 
 
 
164 aa  83.6  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0247622 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1079  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.35 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0193  F0F1 ATP synthase subunit B  36.08 
 
 
184 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3027  F0F1 ATP synthase subunit B  41.77 
 
 
186 aa  79  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.281762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6947  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  42.21 
 
 
161 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3243  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  35.44 
 
 
182 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0770  F0F1 ATP synthase subunit B  43.07 
 
 
190 aa  77  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1035  F0F1 ATP synthase subunit B  39.83 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4380  F0F1 ATP synthase subunit B  37.42 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.965215 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2696  F0F1 ATP synthase subunit B  39.83 
 
 
184 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.987968  normal  0.0610151 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2848  ATP synthase F0, B subunit  33.78 
 
 
162 aa  74.3  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.134419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0235  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  44.23 
 
 
161 aa  71.6  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0711  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  40.62 
 
 
162 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0198649  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7660  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  41.56 
 
 
162 aa  68.2  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0882043  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0266  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  42.31 
 
 
161 aa  65.1  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.197752  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1975  ATP synthase F0, B subunit  32.59 
 
 
166 aa  60.5  0.000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0171213  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1319  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  33.33 
 
 
184 aa  59.7  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3819  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  44.95 
 
 
160 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0269692 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4622  ATP synthase F0, B subunit  29.87 
 
 
194 aa  58.5  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17840  ATP synthase F0, B subunit  32.1 
 
 
166 aa  58.2  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2382  ATP synthase F0, B subunit  33.11 
 
 
168 aa  58.2  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0499925 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0313  ATP synthase F0, B subunit  36 
 
 
171 aa  57.8  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.154955  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0394  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  33.76 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.861727  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0329  ATP synthase F0, B subunit  31.87 
 
 
161 aa  54.3  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4486  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  33.88 
 
 
205 aa  53.9  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0463  ATP synthase F0, B subunit  32.47 
 
 
172 aa  52.8  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.018727  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2500  F0F1 ATP synthase subunit B  26.28 
 
 
175 aa  52  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3057  F0F1 ATP synthase subunit B  28.85 
 
 
156 aa  50.8  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2914  F0F1 ATP synthase subunit B  28.85 
 
 
156 aa  50.8  0.000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0476  F0F1 ATP synthase subunit B  30.07 
 
 
156 aa  50.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219933  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1069  ATP synthase F0, subunit B  35.45 
 
 
264 aa  49.7  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0502  F0F1 ATP synthase subunit B'  28.77 
 
 
205 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3207  ATP synthase F0, B subunit  27.95 
 
 
159 aa  49.7  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2811  ATP synthase F0, B subunit  27.95 
 
 
159 aa  49.7  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.182804  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2201  F0F1 ATP synthase subunit B  25.83 
 
 
177 aa  49.3  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.357638  normal  0.24068 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0449  F0F1 ATP synthase subunit B'  32 
 
 
204 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.257925 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0859  F0F1 ATP synthase subunit B  26.8 
 
 
165 aa  48.5  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0732161  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2801  F-type H+-transporting ATP synthase, subunit B  27.52 
 
 
156 aa  48.5  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0112017  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1041  ATP synthase F0, B subunit  26.32 
 
 
206 aa  48.5  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0637468 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0378  F0F1 ATP synthase subunit B'  25.19 
 
 
161 aa  48.5  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1977  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  30.77 
 
 
207 aa  48.5  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0985577 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2883  F0F1 ATP synthase subunit B  21.29 
 
 
175 aa  48.5  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126633  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1642  ATP synthase F0, B subunit  27.89 
 
 
174 aa  48.1  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0661  F0F1-type ATP synthase, subunit b  24.2 
 
 
176 aa  48.1  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.300947  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6360  F0F1 ATP synthase subunit B  28.85 
 
 
156 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0384  F0F1 ATP synthase subunit B'  30.28 
 
 
208 aa  47.8  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73290  F0F1 ATP synthase subunit B  28.85 
 
 
156 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0396  F0F1 ATP synthase subunit B'  30.28 
 
 
208 aa  47.8  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3676  ATP synthase F0, B subunit  30.88 
 
 
189 aa  47.4  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000951735  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4795  ATP synthase F0, B subunit  29.68 
 
 
164 aa  47.4  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0163867  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21440  ATP synthase, F0 subunit b  27.45 
 
 
203 aa  47.4  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0066  F0F1 ATP synthase subunit B  21.94 
 
 
175 aa  46.6  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.391852  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  27.27 
 
 
156 aa  47  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4299  F0F1 ATP synthase subunit B  26.09 
 
 
156 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127167  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16431  F0F1 ATP synthase subunit B  28.9 
 
 
170 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0172  ATP synthase F0, B subunit  27.61 
 
 
238 aa  46.2  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.173699  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6946  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  28.77 
 
 
187 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1937  F0F1 ATP synthase subunit B  26.79 
 
 
168 aa  45.8  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.385177  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1873  F0F1-type ATP synthase, subunit b  25.48 
 
 
167 aa  45.4  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1302  ATP synthase F0, B subunit  28.66 
 
 
203 aa  45.1  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0209065  normal  0.277498 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2489  F0F1 ATP synthase subunit B  25.16 
 
 
175 aa  45.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000305387  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2096  F0F1 ATP synthase subunit B  21.94 
 
 
175 aa  44.7  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0323  F0F1 ATP synthase subunit B  29.01 
 
 
156 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.601696 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0368  F0F1 ATP synthase subunit B  31.41 
 
 
156 aa  44.3  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.685642  normal  0.393865 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7659  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  27.4 
 
 
187 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0943921  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0193  F0F1 ATP synthase subunit B  29.27 
 
 
156 aa  44.3  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.882585 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2592  F0F1 ATP synthase subunit B'  28.69 
 
 
181 aa  43.9  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16551  F0F1 ATP synthase subunit B  31.97 
 
 
170 aa  44.3  0.0008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.513601  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4485  ATP synthase F0, B subunit  28.85 
 
 
175 aa  43.9  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.594987  normal  0.141672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5417  F0F1 ATP synthase subunit B  28.21 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.496413  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3350  F0F1 ATP synthase subunit B  32.05 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0868788  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1462  hypothetical protein  30.3 
 
 
499 aa  43.5  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5299  F0F1 ATP synthase subunit B  28.21 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329705  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  26.8 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  26.8 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3530  F0F1 ATP synthase subunit B  26.14 
 
 
156 aa  43.9  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.037276 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0299  F0F1 ATP synthase subunit B  30.13 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>