84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2876 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2876  F0F1 ATP synthase subunit B  100 
 
 		 184 aa  353  6.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1035  F0F1 ATP synthase subunit B  59.24 
 
 		 187 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2696  F0F1 ATP synthase subunit B  59.24 
 
 		 184 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.987968  normal  0.0610151 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0193  F0F1 ATP synthase subunit B  60.87 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3027  F0F1 ATP synthase subunit B  53.76 
 
 		 186 aa  158  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.281762 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2591  F0F1 ATP synthase subunit B  55.23 
 
 		 185 aa  152  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000585998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0770  F0F1 ATP synthase subunit B  54.74 
 
 		 190 aa  130  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0397  F0F1 ATP synthase subunit B  42.41 
 
 		 159 aa  116  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0385  F0F1 ATP synthase subunit B  42.41 
 
 		 159 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.959271  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0503  F0F1 ATP synthase subunit B  42.58 
 
 		 159 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0337888  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0694  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.24 
 
 		 161 aa  110  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0934  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 		 161 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0699  F0F1 ATP synthase subunit B  42.41 
 
 		 159 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0450  F0F1 ATP synthase subunit B  38.61 
 
 		 161 aa  96.3  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  normal  0.116095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1976  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  43.59 
 
 		 163 aa  93.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0611359 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0515  F0F1 ATP synthase subunit B  42.41 
 
 		 163 aa  92  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3243  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  37.5 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0740  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  42.38 
 
 		 161 aa  87.4  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0557  F0F1 ATP synthase subunit B  42.38 
 
 		 163 aa  84.3  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0843  ATP synthase subunit B, membrane-bound, F0 sector  38.12 
 
 		 163 aa  83.6  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2204  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  43.87 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.197491 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0379  F0F1 ATP synthase subunit B  32.28 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4813  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.22 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.562728 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0235  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.12 
 
 		 161 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1079  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  37.74 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0502  F0F1 ATP synthase subunit B'  28.92 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4574  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.25 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0911  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  37.91 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3367  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.09 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.223536  normal  0.761961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3496  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  38.18 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1977  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  28.12 
 
 		 207 aa  62  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0985577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6946  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  30.59 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3172  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  37.27 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0266  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.25 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.197752  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1319  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.31 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0396  F0F1 ATP synthase subunit B'  30 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6947  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  43.81 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_004310  BR0384  F0F1 ATP synthase subunit B'  30 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1890  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  31.87 
 
 		 164 aa  58.9  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0247622 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4486  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  38.05 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0712  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  28.99 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0920845  normal  0.263062 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3819  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  41.51 
 
 		 160 aa  57.4  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0269692 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3497  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  28.57 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3173  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  28.57 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.420032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0827  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  35.24 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179502 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4380  F0F1 ATP synthase subunit B  31.93 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.965215 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21440  ATP synthase, F0 subunit b  42.5 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7660  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  40.74 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0882043  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7659  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  27.65 
 
 		 187 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0943921  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0394  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  36.91 
 
 		 173 aa  54.3  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.861727  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0912  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  29.19 
 
 		 185 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287622  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0329  ATP synthase F0, B subunit  30.43 
 
 		 161 aa  53.5  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0556  F0F1 ATP synthase subunit B'  30.61 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0514  F0F1 ATP synthase subunit B'  29.93 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4622  ATP synthase F0, B subunit  27.4 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1277  ATP synthase F0, B subunit  32.64 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.279271  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0449  F0F1 ATP synthase subunit B'  26.22 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.257925 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1177  ATP synthase F0, B subunit  32.64 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.937871  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3368  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  28.57 
 
 		 200 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0841853  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1642  ATP synthase F0, B subunit  27.85 
 
 		 174 aa  51.6  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0661  F0F1-type ATP synthase, subunit b  26.62 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.300947  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0828  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  27.33 
 
 		 185 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.185146 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4573  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  27.33 
 
 		 185 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0378  F0F1 ATP synthase subunit B'  28.46 
 
 		 161 aa  48.1  0.00006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4814  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  30.47 
 
 		 188 aa  48.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653502  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1975  ATP synthase F0, B subunit  27.78 
 
 		 166 aa  46.6  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0171213  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0711  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  41.35 
 
 		 162 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0198649  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0844  ATP synthase subunit B', membrane-bound, F0 sector  31.06 
 
 		 186 aa  45.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.354651 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0698  F0F1 ATP synthase subunit B'  31.21 
 
 		 193 aa  45.1  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0741  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  27.4 
 
 		 187 aa  44.7  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.400515  normal  0.513866 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1302  ATP synthase F0, B subunit  35.96 
 
 		 203 aa  44.7  0.0009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0209065  normal  0.277498 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3820  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  27.4 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0300615 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12090  ATP synthase, F0 subunit b  29.03 
 
 		 199 aa  43.9  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1041  ATP synthase F0, B subunit  28.39 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0637468 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17840  ATP synthase F0, B subunit  26.25 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1127  F0F1 ATP synthase subunit B  25.56 
 
 		 172 aa  43.5  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0463  ATP synthase F0, B subunit  27.43 
 
 		 172 aa  42.7  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.018727  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0172  ATP synthase F0, B subunit  32.95 
 
 		 238 aa  42.7  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.173699  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2382  ATP synthase F0, B subunit  31.61 
 
 		 168 aa  43.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0499925 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5107  F0F1 ATP synthase subunit B  31.34 
 
 		 168 aa  42.4  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.164846  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0913  F0F1 ATP synthase subunit B  32.39 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000548594  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0695  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  23.16 
 
 		 187 aa  41.6  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.841203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5431  F0F1 ATP synthase subunit B  31.34 
 
 		 168 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0859  F0F1 ATP synthase subunit B  23.65 
 
 		 165 aa  41.2  0.009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0732161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>