159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0934 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0934  F0F1 ATP synthase subunit B  100 
 
 
161 aa  311  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0450  F0F1 ATP synthase subunit B  71.43 
 
 
161 aa  202  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  normal  0.116095 
 
 
-
 
NC_004310  BR0385  F0F1 ATP synthase subunit B  61.39 
 
 
159 aa  196  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.959271  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0397  F0F1 ATP synthase subunit B  61.39 
 
 
159 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0503  F0F1 ATP synthase subunit B  61.39 
 
 
159 aa  194  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0337888  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0515  F0F1 ATP synthase subunit B  73.29 
 
 
163 aa  190  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.354645  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0699  F0F1 ATP synthase subunit B  58.86 
 
 
159 aa  170  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0557  F0F1 ATP synthase subunit B  73.03 
 
 
163 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0379  F0F1 ATP synthase subunit B  51.92 
 
 
159 aa  150  8e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0694  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  45.22 
 
 
161 aa  117  9e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4813  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  45.45 
 
 
164 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.562728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0843  ATP synthase subunit B, membrane-bound, F0 sector  44.3 
 
 
163 aa  107  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1976  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  42.04 
 
 
163 aa  103  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0611359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0827  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  42.41 
 
 
163 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179502 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4574  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.77 
 
 
163 aa  94.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0911  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  41.14 
 
 
163 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2876  F0F1 ATP synthase subunit B  36.48 
 
 
184 aa  92.8  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3172  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  40 
 
 
162 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390214  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3367  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  40.62 
 
 
162 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.223536  normal  0.761961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3496  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.38 
 
 
162 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1890  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  33.54 
 
 
164 aa  84.3  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0247622 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2204  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  43.67 
 
 
183 aa  84.3  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.197491 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0740  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.49 
 
 
161 aa  84  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2591  F0F1 ATP synthase subunit B  35.48 
 
 
185 aa  82.4  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000585998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4380  F0F1 ATP synthase subunit B  38.06 
 
 
171 aa  79.7  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.965215 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0266  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.72 
 
 
161 aa  77  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.197752  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0235  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.67 
 
 
161 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3027  F0F1 ATP synthase subunit B  39.13 
 
 
186 aa  75.5  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.281762 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3243  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  31.65 
 
 
182 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6947  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.1 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1035  F0F1 ATP synthase subunit B  36.71 
 
 
187 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0193  F0F1 ATP synthase subunit B  35.44 
 
 
184 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2696  F0F1 ATP synthase subunit B  36.08 
 
 
184 aa  70.9  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.987968  normal  0.0610151 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0770  F0F1 ATP synthase subunit B  39.42 
 
 
190 aa  70.9  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1975  ATP synthase F0, B subunit  30.92 
 
 
166 aa  70.5  0.000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0171213  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0711  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  39.38 
 
 
162 aa  68.2  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0198649  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1079  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  33.99 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17840  ATP synthase F0, B subunit  34.25 
 
 
166 aa  63.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1319  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  35.62 
 
 
184 aa  63.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3819  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  40.99 
 
 
160 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0269692 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7660  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  37.5 
 
 
162 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0882043  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2848  ATP synthase F0, B subunit  29.11 
 
 
162 aa  58.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.134419 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0394  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  35.33 
 
 
173 aa  57.8  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.861727  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4486  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  36.36 
 
 
205 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3057  F0F1 ATP synthase subunit B  32.24 
 
 
156 aa  55.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2914  F0F1 ATP synthase subunit B  32.24 
 
 
156 aa  55.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  29.01 
 
 
156 aa  55.5  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4622  ATP synthase F0, B subunit  32.91 
 
 
194 aa  55.1  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3350  F0F1 ATP synthase subunit B  32.5 
 
 
156 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0868788  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0313  ATP synthase F0, B subunit  35.88 
 
 
171 aa  54.3  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.154955  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2883  F0F1 ATP synthase subunit B  25 
 
 
175 aa  53.5  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126633  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3498  F0F1 ATP synthase subunit B  31.25 
 
 
156 aa  52  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00465631  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0476  F0F1 ATP synthase subunit B  33.11 
 
 
156 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219933  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2201  F0F1 ATP synthase subunit B  27.33 
 
 
177 aa  51.6  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.357638  normal  0.24068 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2382  ATP synthase F0, B subunit  29.75 
 
 
168 aa  50.4  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0499925 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2096  F0F1 ATP synthase subunit B  25 
 
 
175 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0066  F0F1 ATP synthase subunit B  24.36 
 
 
175 aa  50.1  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.391852  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  29.94 
 
 
156 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  29.94 
 
 
156 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2801  F-type H+-transporting ATP synthase, subunit B  28.93 
 
 
156 aa  49.7  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0112017  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2500  F0F1 ATP synthase subunit B  26.62 
 
 
175 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3676  ATP synthase F0, B subunit  31.51 
 
 
189 aa  49.7  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000951735  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0329  ATP synthase F0, B subunit  30.6 
 
 
161 aa  49.7  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2811  ATP synthase F0, B subunit  30.46 
 
 
159 aa  48.5  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.182804  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4485  ATP synthase F0, B subunit  31.45 
 
 
175 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.594987  normal  0.141672 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3207  ATP synthase F0, B subunit  30.46 
 
 
159 aa  48.5  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0022  ATP synthase F0, B subunit  32.92 
 
 
156 aa  48.1  0.00005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0311887  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1977  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  31.91 
 
 
207 aa  48.1  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0985577 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0067  ATP synthase F0, B subunit  31.45 
 
 
175 aa  48.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2489  F0F1 ATP synthase subunit B  24.36 
 
 
175 aa  47.8  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000305387  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0299  F0F1 ATP synthase subunit B  32.5 
 
 
156 aa  47.4  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0661  F0F1-type ATP synthase, subunit b  24.03 
 
 
176 aa  47.4  0.00008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.300947  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2707  F0F1 ATP synthase subunit B  22.44 
 
 
175 aa  47  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4751  F0F1 ATP synthase subunit B  27.67 
 
 
156 aa  46.6  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4049  F0F1 ATP synthase subunit B  26.42 
 
 
156 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0368  F0F1 ATP synthase subunit B  30.38 
 
 
156 aa  46.6  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.685642  normal  0.393865 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0304  F0F1 ATP synthase subunit B  31.87 
 
 
156 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801796 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  29.63 
 
 
156 aa  45.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0416  F0F1 ATP synthase subunit B  30.38 
 
 
156 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.489173  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  29.63 
 
 
156 aa  45.8  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  29.63 
 
 
156 aa  45.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2827  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  27.91 
 
 
189 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  30.25 
 
 
156 aa  45.4  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1873  F0F1-type ATP synthase, subunit b  26.19 
 
 
167 aa  44.7  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4370  F0F1 ATP synthase subunit B  27.04 
 
 
156 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000255144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  29.63 
 
 
156 aa  44.7  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4314  F0F1 ATP synthase subunit B  27.04 
 
 
156 aa  44.3  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0812029  hitchhiker  0.0000000000716533 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0323  F0F1 ATP synthase subunit B  30.52 
 
 
156 aa  44.3  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.601696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4369  F0F1 ATP synthase subunit B  27.04 
 
 
156 aa  44.3  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.011989  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4511  F0F1 ATP synthase subunit B  27.04 
 
 
156 aa  44.3  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00356652  normal  0.0257912 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3515  F0F1 ATP synthase subunit B  31.25 
 
 
156 aa  44.3  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4543  F0F1 ATP synthase subunit B  27.39 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0989  ATP synthase F0, B subunit  24.71 
 
 
192 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0367033  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4338  ATP synthase F0, B subunit  29.81 
 
 
179 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.209021  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1642  ATP synthase F0, B subunit  29.25 
 
 
174 aa  43.9  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4474  ATP synthase F0, B subunit  29.38 
 
 
179 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3191  F0F1 ATP synthase subunit B  29.38 
 
 
156 aa  43.9  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2591  ATP synthase F0, B subunit  30.34 
 
 
156 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165312  normal  0.0791897 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0093  F0F1 ATP synthase subunit B  32.12 
 
 
156 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0481406  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  32.12 
 
 
156 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0367309  normal  0.480955 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>