More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4508 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4508  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 412 aa  853    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.732205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  63.59 
 
 		 434 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  63.16 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  63.16 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3712  serine hydroxymethyltransferase  62.47 
 
 		 426 aa  508  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.611147  normal  0.0114471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  61.03 
 
 		 430 aa  498  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  58.54 
 
 		 437 aa  499  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  59.02 
 
 		 438 aa  496  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  58.7 
 
 		 432 aa  491  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  59.75 
 
 		 427 aa  492  9.999999999999999e-139  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  56.9 
 
 		 425 aa  490  1e-137  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  59.08 
 
 		 431 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  58.48 
 
 		 432 aa  489  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  58.64 
 
 		 427 aa  488  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  59.08 
 
 		 431 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  57.32 
 
 		 439 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  58.29 
 
 		 438 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  59.2 
 
 		 440 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  58.96 
 
 		 433 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  58.65 
 
 		 433 aa  482  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  57.56 
 
 		 425 aa  483  1e-135  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  59.6 
 
 		 435 aa  484  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  57.8 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  57.56 
 
 		 438 aa  481  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  56.52 
 
 		 431 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  58.77 
 
 		 433 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  59.36 
 
 		 431 aa  479  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  58.11 
 
 		 431 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  56.83 
 
 		 429 aa  481  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  57.32 
 
 		 432 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  57.61 
 
 		 427 aa  477  1e-133  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  59.35 
 
 		 424 aa  475  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  58.62 
 
 		 434 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  59.27 
 
 		 431 aa  475  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  61.48 
 
 		 435 aa  475  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4885  serine hydroxymethyltransferase  57.74 
 
 		 417 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.551008 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  59.65 
 
 		 424 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24721  serine hydroxymethyltransferase  57.32 
 
 		 424 aa  474  1e-132  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  59.07 
 
 		 433 aa  472  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  59.65 
 
 		 424 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  57.14 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  59.65 
 
 		 424 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  57.07 
 
 		 431 aa  472  1e-132  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  55.53 
 
 		 423 aa  473  1e-132  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  57.14 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  58.96 
 
 		 432 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  59.17 
 
 		 412 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  56.9 
 
 		 434 aa  474  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0322  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457346  decreased coverage  0.0000286459 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 425 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  58.37 
 
 		 424 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  57.39 
 
 		 420 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  61.46 
 
 		 431 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  59.4 
 
 		 424 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  55.23 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0344  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  59.4 
 
 		 424 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4712  serine hydroxymethyltransferase  58.48 
 
 		 417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 425 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  55.28 
 
 		 423 aa  469  1.0000000000000001e-131  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2312  serine hydroxymethyltransferase  57.11 
 
 		 412 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.297378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  57.5 
 
 		 429 aa  470  1.0000000000000001e-131  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  58.13 
 
 		 424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0345  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911009 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  59.15 
 
 		 424 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  59.4 
 
 		 424 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  54.79 
 
 		 423 aa  470  1.0000000000000001e-131  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  57.18 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  57.87 
 
 		 432 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  58.82 
 
 		 434 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  56.89 
 
 		 415 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  59.15 
 
 		 424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  54.79 
 
 		 423 aa  470  1.0000000000000001e-131  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03361  serine hydroxymethyltransferase  56.65 
 
 		 411 aa  466  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.498926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0461  serine hydroxymethyltransferase  57.99 
 
 		 417 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  55.88 
 
 		 422 aa  465  9.999999999999999e-131  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0692  serine hydroxymethyltransferase  56 
 
 		 421 aa  468  9.999999999999999e-131  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.414357  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4132  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 		 417 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000588766  normal  0.517769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5208  serine hydroxymethyltransferase  57.25 
 
 		 417 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0287253 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1871  Glycine hydroxymethyltransferase  57.74 
 
 		 417 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0163056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  56.9 
 
 		 434 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1649  serine hydroxymethyltransferase  58.1 
 
 		 434 aa  468  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  56.33 
 
 		 421 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  54.39 
 
 		 423 aa  466  9.999999999999999e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  58.64 
 
 		 414 aa  464  1e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5243  serine hydroxymethyltransferase  57.43 
 
 		 417 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383038  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1624  serine hydroxymethyltransferase  56.4 
 
 		 411 aa  463  1e-129  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2076  serine hydroxymethyltransferase  58.05 
 
 		 427 aa  462  1e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.745833  hitchhiker  0.000706319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  56.62 
 
 		 415 aa  463  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  55.99 
 
 		 427 aa  464  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  57.14 
 
 		 424 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  57.64 
 
 		 424 aa  463  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  55.99 
 
 		 427 aa  464  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  56.47 
 
 		 422 aa  463  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  56.39 
 
 		 434 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  54.77 
 
 		 424 aa  464  1e-129  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  58.37 
 
 		 411 aa  464  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  55.26 
 
 		 412 aa  462  1e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60890  serine hydroxymethyltransferase  57.18 
 
 		 417 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>