More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0920 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  73.03 
 
 		 434 aa  642    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  81.9 
 
 		 431 aa  719    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  77.41 
 
 		 431 aa  691    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  73.16 
 
 		 432 aa  640    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  71.43 
 
 		 434 aa  640    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  80.05 
 
 		 432 aa  710    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  80.95 
 
 		 438 aa  706    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  80 
 
 		 432 aa  707    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  70.96 
 
 		 434 aa  638    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  77.18 
 
 		 431 aa  690    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  74.52 
 
 		 436 aa  663    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  73.65 
 
 		 439 aa  655    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  77.18 
 
 		 431 aa  692    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  81.43 
 
 		 439 aa  710    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  73.65 
 
 		 431 aa  664    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 427 aa  882    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  79.91 
 
 		 437 aa  702    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  72.55 
 
 		 434 aa  637    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  74.94 
 
 		 433 aa  655    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  70.96 
 
 		 434 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  81.19 
 
 		 438 aa  710    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  74.35 
 
 		 431 aa  670    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  80 
 
 		 429 aa  708    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  70.45 
 
 		 438 aa  634  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  70.41 
 
 		 433 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  70 
 
 		 433 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  71.67 
 
 		 440 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  71.9 
 
 		 434 aa  620  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  73.27 
 
 		 451 aa  616  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  72.45 
 
 		 433 aa  616  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  70.41 
 
 		 432 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  71.6 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  68.4 
 
 		 430 aa  610  1e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  70.95 
 
 		 434 aa  606  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  71.67 
 
 		 434 aa  595  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  66.82 
 
 		 435 aa  596  1e-169  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  71.43 
 
 		 433 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  71.43 
 
 		 433 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  68.69 
 
 		 420 aa  591  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  69.93 
 
 		 432 aa  589  1e-167  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  69.02 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  66.35 
 
 		 424 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  65.87 
 
 		 424 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  64.94 
 
 		 424 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  65.18 
 
 		 424 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  65.42 
 
 		 432 aa  574  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  68.28 
 
 		 424 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  65.87 
 
 		 424 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  64.71 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  65.39 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  65.39 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  65.39 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  65.87 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  68.09 
 
 		 438 aa  570  1e-161  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  65.39 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  64.92 
 
 		 424 aa  566  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  64.92 
 
 		 424 aa  566  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  63.55 
 
 		 422 aa  561  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  67.54 
 
 		 425 aa  562  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  66.59 
 
 		 431 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 431 aa  559  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  65.87 
 
 		 435 aa  556  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  65.49 
 
 		 435 aa  556  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  64.05 
 
 		 431 aa  549  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  64.13 
 
 		 434 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  64.98 
 
 		 431 aa  542  1e-153  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  63.12 
 
 		 431 aa  544  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  61.34 
 
 		 412 aa  537  1e-151  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  64.03 
 
 		 415 aa  537  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  62.8 
 
 		 422 aa  531  1e-150  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  64.25 
 
 		 429 aa  534  1e-150  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  62.53 
 
 		 427 aa  532  1e-150  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  65.5 
 
 		 434 aa  532  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 		 425 aa  528  1e-149  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  62.53 
 
 		 417 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 416 aa  531  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  62.08 
 
 		 415 aa  528  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  62.38 
 
 		 417 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  65.25 
 
 		 434 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3094  glycine hydroxymethyltransferase  62.74 
 
 		 417 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  61.1 
 
 		 417 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1887  Glycine hydroxymethyltransferase  61.3 
 
 		 419 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2075  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1942  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3196  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  60.1 
 
 		 416 aa  521  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2668  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  61.78 
 
 		 417 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0834  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 		 415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 417 aa  524  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2680  serine hydroxymethyltransferase  62.89 
 
 		 508 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  60.68 
 
 		 417 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.383314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>