More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05971 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 431 aa  893    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  75.81 
 
 		 431 aa  678    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  76.01 
 
 		 425 aa  637    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  97.22 
 
 		 431 aa  847    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  71.19 
 
 		 424 aa  636    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  88.63 
 
 		 435 aa  783    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  71.05 
 
 		 424 aa  633  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  71.29 
 
 		 424 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  70 
 
 		 424 aa  628  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  69.86 
 
 		 424 aa  628  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  69.76 
 
 		 424 aa  627  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  70.81 
 
 		 424 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  69.86 
 
 		 424 aa  626  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  70.57 
 
 		 424 aa  625  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  70.81 
 
 		 424 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  70.81 
 
 		 424 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  70.81 
 
 		 424 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  70.33 
 
 		 424 aa  622  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  70.1 
 
 		 424 aa  621  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  70.33 
 
 		 424 aa  622  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  70.1 
 
 		 424 aa  621  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  70.1 
 
 		 424 aa  622  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  70.1 
 
 		 424 aa  621  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  70.33 
 
 		 424 aa  622  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  69.58 
 
 		 431 aa  619  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  69.86 
 
 		 424 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  68.4 
 
 		 431 aa  609  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  68.4 
 
 		 431 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  68.63 
 
 		 431 aa  609  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  68.9 
 
 		 431 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  67.67 
 
 		 439 aa  601  1.0000000000000001e-171  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  68.32 
 
 		 438 aa  598  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  68.42 
 
 		 430 aa  600  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  67.3 
 
 		 437 aa  597  1e-169  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  67.7 
 
 		 435 aa  596  1e-169  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  68.74 
 
 		 431 aa  589  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5759  glycine hydroxymethyltransferase  66.27 
 
 		 431 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  65.95 
 
 		 439 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  65.63 
 
 		 427 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  65.65 
 
 		 434 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  67.93 
 
 		 438 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  65.09 
 
 		 438 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 438 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  65.25 
 
 		 434 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  64.69 
 
 		 433 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  63.66 
 
 		 432 aa  568  1e-161  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  69.42 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  64.69 
 
 		 433 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  64.93 
 
 		 434 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  67.86 
 
 		 435 aa  570  1e-161  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  64.93 
 
 		 434 aa  570  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  66.2 
 
 		 432 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  63.19 
 
 		 432 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  63.98 
 
 		 440 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  63.47 
 
 		 431 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  63.81 
 
 		 433 aa  558  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  63.33 
 
 		 434 aa  558  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  64.29 
 
 		 429 aa  555  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  66.35 
 
 		 434 aa  555  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  63.15 
 
 		 432 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  62.53 
 
 		 436 aa  557  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  62.08 
 
 		 425 aa  551  1e-156  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  62.91 
 
 		 432 aa  551  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  66.19 
 
 		 433 aa  554  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4270  serine hydroxymethyltransferase  69.73 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.978969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  63.7 
 
 		 434 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  62.82 
 
 		 434 aa  549  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 		 424 aa  545  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  64.48 
 
 		 420 aa  545  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  64.42 
 
 		 451 aa  547  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0692  serine hydroxymethyltransferase  62.53 
 
 		 421 aa  541  1e-153  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.414357  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  64.81 
 
 		 433 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  63.57 
 
 		 433 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  64.81 
 
 		 433 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  62.14 
 
 		 432 aa  535  1e-151  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  62.11 
 
 		 422 aa  531  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0322  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 417 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457346  decreased coverage  0.0000286459 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5208  serine hydroxymethyltransferase  62.77 
 
 		 417 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0287253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0345  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 417 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0344  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 417 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4885  serine hydroxymethyltransferase  62.77 
 
 		 417 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.551008 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 		 434 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1344  serine hydroxymethyltransferase  63.13 
 
 		 417 aa  523  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.538197  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0461  serine hydroxymethyltransferase  61.3 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4712  serine hydroxymethyltransferase  61.3 
 
 		 417 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  62.95 
 
 		 427 aa  520  1e-146  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71460  serine hydroxymethyltransferase  62.29 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0197843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  61.2 
 
 		 412 aa  518  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6203  serine hydroxymethyltransferase  61.8 
 
 		 417 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0377267  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0218  serine hydroxymethyltransferase  59.67 
 
 		 419 aa  515  1.0000000000000001e-145  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0240245  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1887  Glycine hydroxymethyltransferase  60.85 
 
 		 419 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3094  glycine hydroxymethyltransferase  61.87 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  60.96 
 
 		 412 aa  513  1e-144  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  60.63 
 
 		 414 aa  512  1e-144  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  60.87 
 
 		 414 aa  513  1e-144  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 		 413 aa  513  1e-144  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  60.96 
 
 		 412 aa  513  1e-144  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  60.87 
 
 		 413 aa  513  1e-144  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  60.63 
 
 		 413 aa  513  1e-144  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  61.35 
 
 		 412 aa  512  1e-144  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>