More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5759 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  83.95 
 
 		 431 aa  756    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5759  glycine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 431 aa  879    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  70.52 
 
 		 424 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  70.52 
 
 		 424 aa  627  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  69.81 
 
 		 424 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  69.81 
 
 		 424 aa  620  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  69.81 
 
 		 424 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  69.81 
 
 		 424 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  70.05 
 
 		 424 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  70.05 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  69.34 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  69.34 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  69.34 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  70.1 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  70.05 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  69.81 
 
 		 424 aa  614  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  69.81 
 
 		 424 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  69.14 
 
 		 424 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  69.58 
 
 		 424 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  69.58 
 
 		 424 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  69.1 
 
 		 424 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  67.69 
 
 		 424 aa  608  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  66.27 
 
 		 431 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  66.75 
 
 		 431 aa  570  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  65.96 
 
 		 431 aa  567  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  64.61 
 
 		 438 aa  566  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  66.03 
 
 		 435 aa  555  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  64.11 
 
 		 430 aa  553  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  63.01 
 
 		 431 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  63.96 
 
 		 431 aa  543  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  63.01 
 
 		 431 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  62.77 
 
 		 431 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  63.92 
 
 		 425 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  62.44 
 
 		 435 aa  537  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  63.01 
 
 		 432 aa  531  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  63.01 
 
 		 434 aa  531  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  63.48 
 
 		 439 aa  530  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  62.53 
 
 		 431 aa  529  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  62.93 
 
 		 424 aa  525  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  64.3 
 
 		 435 aa  526  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  61.43 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  61.67 
 
 		 434 aa  524  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  60.8 
 
 		 437 aa  523  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  61.67 
 
 		 434 aa  524  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  60.43 
 
 		 438 aa  519  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  61.58 
 
 		 440 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  61.81 
 
 		 433 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  60.19 
 
 		 438 aa  518  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  59.95 
 
 		 439 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  59.53 
 
 		 431 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  61.81 
 
 		 433 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  60.62 
 
 		 434 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  57.49 
 
 		 425 aa  513  1e-144  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  63.5 
 
 		 424 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  61.81 
 
 		 432 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  61.1 
 
 		 433 aa  514  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 		 422 aa  512  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  62.77 
 
 		 438 aa  511  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  59.43 
 
 		 427 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4270  serine hydroxymethyltransferase  64.89 
 
 		 423 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.978969  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  62.95 
 
 		 432 aa  504  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  59 
 
 		 432 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  60.91 
 
 		 420 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  59.24 
 
 		 429 aa  504  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  61.69 
 
 		 427 aa  507  9.999999999999999e-143  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  58.53 
 
 		 436 aa  507  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  59.28 
 
 		 425 aa  505  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  59.28 
 
 		 425 aa  505  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  58.77 
 
 		 432 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  61.19 
 
 		 433 aa  503  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  61.23 
 
 		 451 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 		 427 aa  499  1e-140  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  57.35 
 
 		 423 aa  500  1e-140  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  57.28 
 
 		 416 aa  496  1e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  57.11 
 
 		 423 aa  495  1e-139  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  61.02 
 
 		 434 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  59.49 
 
 		 434 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  58.07 
 
 		 412 aa  493  9.999999999999999e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  61.43 
 
 		 433 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  56.14 
 
 		 423 aa  494  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  61.65 
 
 		 434 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  57.48 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  61.43 
 
 		 433 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  60.86 
 
 		 434 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  57.97 
 
 		 412 aa  489  1e-137  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  57.97 
 
 		 412 aa  489  1e-137  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  60.14 
 
 		 433 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  56.63 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  58.39 
 
 		 429 aa  491  1e-137  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  55.9 
 
 		 423 aa  489  1e-137  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  57.73 
 
 		 415 aa  490  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  56.94 
 
 		 412 aa  491  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  56.34 
 
 		 425 aa  491  1e-137  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  55.93 
 
 		 413 aa  484  1e-136  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  55.5 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  57.11 
 
 		 415 aa  486  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  56.04 
 
 		 415 aa  488  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  57.59 
 
 		 413 aa  484  1e-135  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  57.41 
 
 		 431 aa  483  1e-135  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  56.28 
 
 		 415 aa  482  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>