More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0816 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
431 aa  891    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  74.94 
 
 
431 aa  656    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  74.94 
 
 
434 aa  660    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  81.9 
 
 
427 aa  719    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  73.55 
 
 
432 aa  658    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  87.06 
 
 
438 aa  766    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  75.36 
 
 
433 aa  663    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  73.83 
 
 
434 aa  639    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  73.93 
 
 
434 aa  660    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  73.93 
 
 
434 aa  660    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  75.89 
 
 
433 aa  649    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  73.3 
 
 
432 aa  643    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  74.7 
 
 
431 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  91.53 
 
 
429 aa  812    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  74 
 
 
431 aa  651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  74.7 
 
 
433 aa  653    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  73.81 
 
 
436 aa  656    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  87.03 
 
 
439 aa  763    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  74.47 
 
 
440 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  72.99 
 
 
434 aa  655    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  73.87 
 
 
438 aa  641    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  74.94 
 
 
433 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  75.89 
 
 
434 aa  656    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  89.56 
 
 
432 aa  801    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  87.29 
 
 
438 aa  770    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  81.46 
 
 
437 aa  737    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  89.56 
 
 
432 aa  800    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  73.58 
 
 
434 aa  656    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  73.94 
 
 
451 aa  631  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  70.21 
 
 
431 aa  627  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  71.43 
 
 
431 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  72.58 
 
 
433 aa  624  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  70.66 
 
 
439 aa  615  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  71.87 
 
 
433 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  71.87 
 
 
433 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  71.33 
 
 
434 aa  597  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  67.29 
 
 
430 aa  587  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  67.38 
 
 
435 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  68.45 
 
 
420 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  69.29 
 
 
432 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  68.69 
 
 
424 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  64.55 
 
 
424 aa  570  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  67.29 
 
 
438 aa  566  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  65 
 
 
424 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  64.3 
 
 
424 aa  566  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  65 
 
 
424 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  67.71 
 
 
424 aa  565  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  64.76 
 
 
424 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  64.76 
 
 
424 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  64.76 
 
 
424 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  65 
 
 
424 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  64.07 
 
 
424 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  63.85 
 
 
424 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  64.76 
 
 
424 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  64.05 
 
 
424 aa  560  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  63.57 
 
 
424 aa  558  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  62.88 
 
 
424 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  63.85 
 
 
424 aa  557  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  63.85 
 
 
424 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  62.96 
 
 
432 aa  557  1e-157  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  63.62 
 
 
424 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  63.38 
 
 
424 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  63.38 
 
 
424 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  63.38 
 
 
424 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  64.87 
 
 
431 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  64.1 
 
 
422 aa  548  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  63.74 
 
 
434 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  65.24 
 
 
435 aa  547  1e-154  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  64.87 
 
 
435 aa  542  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  63.47 
 
 
431 aa  541  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  65.25 
 
 
425 aa  543  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  62.17 
 
 
413 aa  538  9.999999999999999e-153  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  62.12 
 
 
431 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  60.82 
 
 
425 aa  535  1e-151  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0692  serine hydroxymethyltransferase  62.23 
 
 
421 aa  536  1e-151  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.414357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  61.43 
 
 
412 aa  533  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  62.41 
 
 
411 aa  531  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  61.72 
 
 
427 aa  533  1e-150  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  62.32 
 
 
431 aa  530  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 
431 aa  530  1e-149  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  60.91 
 
 
423 aa  528  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  61.8 
 
 
424 aa  525  1e-148  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  60.43 
 
 
423 aa  526  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  63.46 
 
 
415 aa  524  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  64.09 
 
 
434 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  60.67 
 
 
423 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  61.58 
 
 
417 aa  522  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2075  serine hydroxymethyltransferase  63.22 
 
 
415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1094  serine hydroxymethyltransferase  60.86 
 
 
417 aa  521  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.412028  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  63.25 
 
 
415 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0307  serine hydroxymethyltransferase  62.26 
 
 
414 aa  522  1e-147  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209874  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  64.34 
 
 
434 aa  524  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  63.22 
 
 
415 aa  521  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  59.14 
 
 
425 aa  521  1e-147  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1160  serine hydroxymethyltransferase  60.86 
 
 
417 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1033  serine hydroxymethyltransferase  60.81 
 
 
417 aa  522  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414818  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1942  serine hydroxymethyltransferase  63.22 
 
 
415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0834  serine hydroxymethyltransferase  63.22 
 
 
415 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  60.86 
 
 
417 aa  521  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  60.76 
 
 
417 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>