More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1727 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  90.26 
 
 		 434 aa  788    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  73.78 
 
 		 433 aa  639    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  77.08 
 
 		 438 aa  685    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  74.59 
 
 		 434 aa  671    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  75.53 
 
 		 434 aa  660    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  74.06 
 
 		 433 aa  641    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 433 aa  886    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  87.94 
 
 		 432 aa  775    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  75.18 
 
 		 429 aa  648    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  75.7 
 
 		 432 aa  663    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  76.72 
 
 		 434 aa  677    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  87.53 
 
 		 433 aa  784    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  77.31 
 
 		 438 aa  688    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  88.63 
 
 		 440 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  88.68 
 
 		 433 aa  793    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  95.61 
 
 		 434 aa  843    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  76.72 
 
 		 434 aa  677    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  75.12 
 
 		 437 aa  667    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  78.28 
 
 		 451 aa  646    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  78.49 
 
 		 439 aa  686    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  75.89 
 
 		 431 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  72.81 
 
 		 434 aa  640    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  75.23 
 
 		 432 aa  658    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  72.45 
 
 		 427 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  73.19 
 
 		 433 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  73.19 
 
 		 433 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  72.27 
 
 		 431 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  71.6 
 
 		 436 aa  615  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  71.9 
 
 		 432 aa  616  1e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  71.8 
 
 		 431 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  72.27 
 
 		 431 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  71.36 
 
 		 438 aa  607  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  69.68 
 
 		 435 aa  605  9.999999999999999e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  69.39 
 
 		 431 aa  590  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  69.05 
 
 		 431 aa  587  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  70.92 
 
 		 434 aa  585  1e-166  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  69.59 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  67.22 
 
 		 432 aa  577  1.0000000000000001e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  67.14 
 
 		 430 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  68.65 
 
 		 439 aa  572  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  68.37 
 
 		 420 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  565  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 424 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  68.81 
 
 		 432 aa  560  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  65.09 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 424 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  558  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  65.09 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  64.15 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  65.09 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  64.86 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  65.09 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  65.33 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  67.54 
 
 		 425 aa  553  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  70.05 
 
 		 424 aa  551  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  64.15 
 
 		 424 aa  551  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  65.64 
 
 		 438 aa  538  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  64.66 
 
 		 434 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  61.45 
 
 		 425 aa  536  1e-151  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  63.47 
 
 		 431 aa  535  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  63.82 
 
 		 435 aa  535  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  64.76 
 
 		 431 aa  531  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  62.89 
 
 		 411 aa  534  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  63.96 
 
 		 431 aa  534  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  63.57 
 
 		 431 aa  528  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  63.77 
 
 		 422 aa  530  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  64.76 
 
 		 435 aa  529  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  61.69 
 
 		 412 aa  527  1e-148  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  64.41 
 
 		 434 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  59.9 
 
 		 418 aa  520  1e-146  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  59.29 
 
 		 412 aa  520  1e-146  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  62.8 
 
 		 417 aa  514  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  62.8 
 
 		 417 aa  514  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  62.08 
 
 		 431 aa  515  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  63.93 
 
 		 434 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0218  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 		 419 aa  517  1.0000000000000001e-145  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0240245  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  62.56 
 
 		 417 aa  511  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  63.25 
 
 		 415 aa  514  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 413 aa  510  1e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  60.72 
 
 		 427 aa  510  1e-143  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  59.42 
 
 		 414 aa  509  1e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  59.42 
 
 		 414 aa  509  1e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 414 aa  510  1e-143  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  59.42 
 
 		 413 aa  509  1e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 413 aa  510  1e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  62.5 
 
 		 421 aa  510  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  59.42 
 
 		 413 aa  509  1e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  61.11 
 
 		 427 aa  509  1e-143  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  62.74 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 		 427 aa  508  1e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4270  serine hydroxymethyltransferase  67.07 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.978969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 		 413 aa  509  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>