More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1997 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1997  response regulator receiver  100 
 
 		 106 aa  214  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2789  response regulator receiver domain-containing protein  47.06 
 
 		 122 aa  101  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2690  response regulator receiver domain-containing protein  49.02 
 
 		 124 aa  98.6  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0818688 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3271  response regulator receiver protein  50 
 
 		 120 aa  97.8  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2535  response regulator receiver protein  45.28 
 
 		 126 aa  97.4  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1548  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 124 aa  87  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1368  response regulator receiver protein  47 
 
 		 125 aa  86.7  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.136056  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0248  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0533  histidine kinase  38.24 
 
 		 244 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1219  response regulator receiver protein  39.25 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3206  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 126 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.901142  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.58 
 
 		 244 aa  78.2  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 		 896 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1496  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.270703 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 1044 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1817  response regulator receiver domain-containing protein  34.91 
 
 		 121 aa  77  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.202035 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2107  response regulator receiver protein  40.43 
 
 		 123 aa  77  0.00000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4176  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 		 1397 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1347  response regulator receiver protein  39.22 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.57835  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1276  response regulator receiver protein  36.54 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.107336  normal  0.0271474 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1346  PAS sensor protein  35.19 
 
 		 803 aa  76.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2814  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212392  normal  0.180632 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 947 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  37.14 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  35.92 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000482292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 929 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  36.84 
 
 		 772 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  37.14 
 
 		 233 aa  74.7  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.86 
 
 		 397 aa  74.7  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0576  polar differentiation response regulator  40.43 
 
 		 134 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0612  polar differentiation response regulator  40.43 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3859  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3678  response regulator receiver protein  40.43 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.716343  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 273 aa  74.3  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 1000 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  40.43 
 
 		 598 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 940 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0748  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.390262  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7418  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149776  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 227 aa  73.6  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 233 aa  73.6  0.0000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.54 
 
 		 222 aa  73.6  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1097  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00801176  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0257  histidine kinase  36.54 
 
 		 847 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.952647  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.62 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6238  histidine kinase  45.33 
 
 		 519 aa  73.2  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.547868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0903  cell division response regulator DivK  39.36 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.91869  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 		 1245 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.58 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 		 1271 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1865  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111325  normal  0.212824 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 		 636 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3565  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6680  response regulator receiver protein  37.23 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0753  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.76 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.407347  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1749  two component response regulator  38.3 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417168  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  34.29 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0925  response regulator receiver protein  38.38 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1289  response regulator receiver protein  38.38 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254052  hitchhiker  0.00394342 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4688  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.78 
 
 		 252 aa  72  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  34.62 
 
 		 823 aa  71.6  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3531  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.36 
 
 		 223 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 235 aa  71.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1381  response regulator receiver protein  38.38 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.427616 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.73 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0906  response regulator receiver protein  37.23 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0687715  normal  0.223091 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1051  response regulator receiver  39.36 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0966  response regulator receiver  37.23 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.734958  normal  0.0218415 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 1499 aa  70.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 		 1358 aa  70.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.98 
 
 		 929 aa  71.2  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3703  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 1021 aa  70.9  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0219575 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5565  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00725459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1250  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 936 aa  70.9  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3009  response regulator receiver protein  37.23 
 
 		 120 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4215  response regulator receiver  34.31 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783308  normal  0.412692 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.64 
 
 		 763 aa  70.9  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4585  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0945273  normal  0.0607582 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3465  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.57 
 
 		 223 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.69 
 
 		 242 aa  70.5  0.000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4732  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.788518  decreased coverage  0.0029072 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3763  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 		 1162 aa  70.5  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.38 
 
 		 224 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1050 aa  70.5  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2327  ATP-binding region ATPase domain protein  40.28 
 
 		 758 aa  70.1  0.000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  36.54 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0930  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.177566 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0423  response regulator receiver protein  35.11 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.89687 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  34.65 
 
 		 647 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.11 
 
 		 457 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2118  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.65 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  35.51 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2804  response regulator receiver protein  38.78 
 
 		 128 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  34.62 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.11 
 
 		 457 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>