More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2183 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2183  transcriptional regulators-like  100 
 
 		 563 aa  1172    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2181  MCP methyltransferase, CheR-type  35.91 
 
 		 448 aa  281  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1894  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.74 
 
 		 896 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.44901  normal  0.407814 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  28.79 
 
 		 339 aa  95.9  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  22.73 
 
 		 386 aa  92.8  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.15 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  24.38 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  26.27 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  26.27 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  26.27 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  26.27 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  26.27 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  24.38 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  25.29 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  23.97 
 
 		 333 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  23.97 
 
 		 333 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  23.97 
 
 		 333 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  23.97 
 
 		 333 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0471  LacI family transcription regulator  28.14 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0818961  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  25.33 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  25.88 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.81 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  25.88 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  25.18 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  23.08 
 
 		 343 aa  79.7  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.44 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  26.62 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.35 
 
 		 332 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  24.34 
 
 		 689 aa  79.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  24.3 
 
 		 341 aa  78.6  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  25.89 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.57 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  24.31 
 
 		 340 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  24.61 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  28.02 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  25.47 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3319  transcriptional regulator, LacI family  26.94 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.419074  normal  0.0675752 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  27.19 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  25.11 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  24.49 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33130  transcriptional regulator, LacI family  26.8 
 
 		 361 aa  77  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.260263  normal  0.79569 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  24.79 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1623  transcriptional regulator, LacI family  28 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1220  transcriptional regulator, LacI family  26.4 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.485348 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  24.9 
 
 		 333 aa  76.6  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  25.3 
 
 		 355 aa  76.3  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  25.78 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  24.6 
 
 		 340 aa  76.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  26.32 
 
 		 332 aa  75.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  23.05 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  25 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  26.15 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.83 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  23.74 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  28.82 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  26.05 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.74 
 
 		 1126 aa  74.7  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  25.1 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  24.29 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  27.37 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.66 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  25.85 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3001  transcriptional regulator, LacI family  26.16 
 
 		 343 aa  73.2  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3686  LacI family transcription regulator  26.79 
 
 		 346 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  24.62 
 
 		 332 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3421  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.79 
 
 		 346 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.249676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  24.62 
 
 		 332 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  24.62 
 
 		 332 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  26.9 
 
 		 339 aa  73.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  25.2 
 
 		 332 aa  72.8  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  24.62 
 
 		 332 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  22.58 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  24.76 
 
 		 339 aa  72.8  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1296  catabolite control protein A  25.25 
 
 		 329 aa  72  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.48685  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  24.35 
 
 		 347 aa  72  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  20.62 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3700  LacI family transcription regulator  23.37 
 
 		 349 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000696494  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  24.07 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  32.1 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  26.9 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  25.38 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  23.58 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  23.48 
 
 		 346 aa  71.2  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2344  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  22.27 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  27.92 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.07 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  24.25 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  24.25 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  21.63 
 
 		 337 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.25 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  22.66 
 
 		 340 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.25 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.25 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  23.88 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  23.88 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1824  transcriptional regulator, LacI family  28.18 
 
 		 347 aa  69.7  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.021809  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.83 
 
 		 337 aa  70.1  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>