More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2181 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2181  MCP methyltransferase, CheR-type  100 
 
 		 448 aa  931    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2183  transcriptional regulators-like  36.88 
 
 		 563 aa  276  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1894  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.18 
 
 		 896 aa  100  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.44901  normal  0.407814 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3686  LacI family transcription regulator  28.84 
 
 		 346 aa  76.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3421  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.84 
 
 		 346 aa  76.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.249676  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  28.72 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  28 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  23.33 
 
 		 330 aa  65.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  26.63 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7472  transcriptional regulator LacI family  25.42 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 341 aa  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  24.88 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.77 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0355372 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11580  transcriptional regulator, LacI family  28.9 
 
 		 345 aa  62.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  24.27 
 
 		 689 aa  63.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0549  Alanine racemase  26.44 
 
 		 340 aa  63.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  28.83 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  26.15 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 339 aa  62  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1618  DNA-binding transcriptional repressor MalI  26.86 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.671811  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  28.83 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  22.78 
 
 		 386 aa  60.5  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1152  putative PAS/PAC sensor protein  22.18 
 
 		 912 aa  60.1  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  26.63 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  25.46 
 
 		 339 aa  59.7  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12300  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 349 aa  59.7  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.194881  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 344 aa  59.7  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  31.37 
 
 		 340 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  24.12 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  23.61 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  29.01 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  25.53 
 
 		 350 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  26.18 
 
 		 356 aa  58.2  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.15 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 1201 aa  58.2  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.83 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2344  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  26.7 
 
 		 341 aa  57.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  22.83 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  25.79 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  27.32 
 
 		 336 aa  57  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 339 aa  57  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  24.64 
 
 		 331 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  29.89 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5410  LacI family transcription regulator  24.71 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  24.54 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0091  LacI family transcription regulator  29.02 
 
 		 346 aa  56.6  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  25.62 
 
 		 342 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0185  alanine racemase  22.49 
 
 		 349 aa  56.2  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  25.84 
 
 		 351 aa  55.5  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  25.89 
 
 		 330 aa  55.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1484  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 331 aa  55.1  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33130  transcriptional regulator, LacI family  25.58 
 
 		 361 aa  55.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.260263  normal  0.79569 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.27 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  25 
 
 		 338 aa  55.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  25 
 
 		 335 aa  55.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.92 
 
 		 339 aa  54.7  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1488  LacI family response repressor  31.3 
 
 		 339 aa  55.1  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5028  transcriptional regulator, LacI family  23.35 
 
 		 348 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  25.9 
 
 		 360 aa  54.7  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  24.49 
 
 		 342 aa  54.7  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  30.17 
 
 		 353 aa  54.7  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3704  transcriptional regulator, LacI family  26.37 
 
 		 353 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00247071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  25.27 
 
 		 348 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  23.86 
 
 		 335 aa  54.3  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 379 aa  54.3  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  24 
 
 		 345 aa  53.9  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  24.37 
 
 		 347 aa  53.9  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3698  transcriptional regulator, LacI family  26.43 
 
 		 331 aa  54.3  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2386  LacI family transcription regulator  25.48 
 
 		 336 aa  54.3  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.737452  normal  0.472555 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  26.19 
 
 		 718 aa  53.9  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  26.74 
 
 		 347 aa  53.9  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  25.12 
 
 		 353 aa  53.9  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  26.14 
 
 		 349 aa  53.5  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  24.86 
 
 		 343 aa  53.1  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.8 
 
 		 1126 aa  53.1  0.000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1131  transcriptional regulator, LacI family  25.52 
 
 		 332 aa  53.1  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  24.73 
 
 		 351 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  24.73 
 
 		 351 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  26.43 
 
 		 351 aa  53.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.39 
 
 		 339 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3985  transcriptional regulator, LacI family  25.43 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.610149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  27.08 
 
 		 340 aa  53.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2659  transcriptional regulator, LacI family  25.67 
 
 		 339 aa  52.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.34431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.41 
 
 		 347 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  22.28 
 
 		 339 aa  52.8  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  23.16 
 
 		 337 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 		 335 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  25.7 
 
 		 337 aa  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  22.73 
 
 		 335 aa  52.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  24.1 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  26.95 
 
 		 326 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  25.71 
 
 		 346 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03820  transcriptional regulator, LacI family  25.93 
 
 		 333 aa  52.4  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.048726 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  26.99 
 
 		 368 aa  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  23.16 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>