More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3686 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3686  LacI family transcription regulator  100 
 
 
346 aa  687    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3421  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
346 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.249676  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  60.84 
 
 
340 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7472  transcriptional regulator LacI family  61.38 
 
 
339 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.95 
 
 
348 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  41.91 
 
 
337 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 
332 aa  186  6e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 
368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 
330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 
337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.82 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  37.21 
 
 
338 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.53 
 
 
324 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.72 
 
 
336 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 
337 aa  170  3e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.01 
 
 
336 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  170  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.93 
 
 
341 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.71 
 
 
341 aa  169  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 
337 aa  169  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.52 
 
 
341 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 
348 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  36.6 
 
 
344 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.82 
 
 
341 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1245  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  30.16 
 
 
337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.12 
 
 
341 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.12 
 
 
341 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.12 
 
 
341 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.12 
 
 
341 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  29.84 
 
 
337 aa  166  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.12 
 
 
341 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.12 
 
 
339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.11 
 
 
353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1086  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.51 
 
 
325 aa  165  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 
329 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1186  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.51 
 
 
337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0999  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 
337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1002  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 
337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.8 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1164  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.51 
 
 
337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.93 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 
335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4188  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.51 
 
 
338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.319231  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 
342 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 
328 aa  163  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1118  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.51 
 
 
337 aa  164  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.62 
 
 
341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 
349 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.62 
 
 
341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  36 
 
 
338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.62 
 
 
341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 
327 aa  162  7e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 
339 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 
328 aa  162  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
346 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0837  alanine racemase  29.51 
 
 
337 aa  160  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  35.61 
 
 
334 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 
334 aa  160  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 
339 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.02 
 
 
323 aa  159  6e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 
343 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.78 
 
 
339 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 
348 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
338 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 
343 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 
323 aa  156  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 
343 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 
341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.18 
 
 
341 aa  156  6e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.64 
 
 
334 aa  155  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 
335 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 
342 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 
340 aa  155  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  31.74 
 
 
337 aa  155  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 
343 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.62 
 
 
342 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.24 
 
 
331 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 
337 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  31.42 
 
 
323 aa  153  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  31.42 
 
 
323 aa  153  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  31.42 
 
 
323 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 
346 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 
333 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 
336 aa  153  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  30.82 
 
 
323 aa  153  5e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.93 
 
 
386 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  31.12 
 
 
323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  34.32 
 
 
343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.82 
 
 
323 aa  152  7e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  29.82 
 
 
333 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 
334 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>