More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1220 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1220  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 376 aa  766    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.485348 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  39.87 
 
 		 338 aa  256  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.39 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.19 
 
 		 337 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.95 
 
 		 346 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.84 
 
 		 343 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  34.19 
 
 		 337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.65 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.8 
 
 		 336 aa  184  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 334 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.19 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.19 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.19 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.19 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.82 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  33.98 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.81 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.06 
 
 		 333 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 339 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.84 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.8 
 
 		 334 aa  179  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.95 
 
 		 338 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.84 
 
 		 340 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.77 
 
 		 333 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  34.84 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.58 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.48 
 
 		 341 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 335 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.03 
 
 		 339 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  31.33 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  32.38 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.97 
 
 		 341 aa  167  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.83 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.98 
 
 		 355 aa  165  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.45 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.15 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.87 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  33.12 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.65 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 326 aa  161  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.45 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0146  LacI family transcription regulator  30.38 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.45 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0669  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  33.75 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  29.71 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  31.79 
 
 		 346 aa  160  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.87 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  35.05 
 
 		 330 aa  160  5e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.63 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  29.69 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  29.9 
 
 		 334 aa  159  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 		 352 aa  159  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.91 
 
 		 348 aa  159  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.94 
 
 		 341 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.9 
 
 		 342 aa  159  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.09 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 336 aa  159  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  29.71 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.75 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.79 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 333 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  29.65 
 
 		 333 aa  158  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>