More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1821 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 338 aa  687    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1220  transcriptional regulator, LacI family  39.87 
 
 		 376 aa  256  3e-67  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.485348 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.02 
 
 		 336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 355 aa  196  7e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 349 aa  195  9e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 		 333 aa  195  1e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 333 aa  195  1e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.58 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.07 
 
 		 331 aa  193  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 336 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.88 
 
 		 347 aa  186  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.12 
 
 		 339 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.58 
 
 		 346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.14 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.05 
 
 		 332 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.47 
 
 		 338 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.75 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.42 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.64 
 
 		 347 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 335 aa  179  7e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.67 
 
 		 352 aa  179  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.06 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1623  transcriptional regulator, LacI family  34.22 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.16 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  30.86 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.86 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  33.01 
 
 		 343 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  30.86 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.95 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  30.72 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.56 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30.86 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 		 337 aa  175  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  30.56 
 
 		 332 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  30.56 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  30.56 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  30.56 
 
 		 332 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 342 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 357 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 346 aa  172  6.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.77 
 
 		 330 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 344 aa  172  6.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  29.64 
 
 		 368 aa  172  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  27.11 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.93 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  30.93 
 
 		 343 aa  172  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  32.94 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.93 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.93 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1286  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000013505  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  29.88 
 
 		 334 aa  170  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 		 356 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  29.79 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  28.37 
 
 		 368 aa  169  8e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.06 
 
 		 331 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  28.65 
 
 		 346 aa  169  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  28.83 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.36 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.12 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.28 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.17 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  27.93 
 
 		 336 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>