90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1978 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1978  hypothetical protein  100 
 
 		 330 aa  689    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2279  hypothetical protein  85.3 
 
 		 325 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2351  hypothetical protein  84.35 
 
 		 325 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.742  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2469  hypothetical protein  82.95 
 
 		 311 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.566058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2329  hypothetical protein  69.3 
 
 		 342 aa  490  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1745  hypothetical protein  69.18 
 
 		 334 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00288414 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2715  hypothetical protein  68.58 
 
 		 334 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2601  hypothetical protein  69.79 
 
 		 334 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2640  hypothetical protein  68.98 
 
 		 348 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2680  hypothetical protein  60.97 
 
 		 307 aa  388  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.827346 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1941  hypothetical protein  60.97 
 
 		 305 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0054919  normal  0.0175917 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1882  hypothetical protein  59.81 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2147  hypothetical protein  56.13 
 
 		 308 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145489  normal  0.847177 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2321  hypothetical protein  51.38 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.232737  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2146  hypothetical protein  49.4 
 
 		 339 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1246  hypothetical protein  50.16 
 
 		 306 aa  293  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1343  hypothetical protein  46.2 
 
 		 341 aa  278  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1576  hypothetical protein  46.82 
 
 		 307 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0153483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003059  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  45.95 
 
 		 320 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1338  hypothetical protein  44.34 
 
 		 292 aa  259  4e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02795  hypothetical protein  44.34 
 
 		 298 aa  248  8e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2073  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  42.57 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.015476  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0110  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  40.92 
 
 		 286 aa  221  9.999999999999999e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.896964  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1068  hypothetical protein  36.3 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.587377  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0628  hypothetical protein  36.07 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0703  hypothetical protein  36.22 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1217  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  36.18 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0518  hypothetical protein  35.64 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0518  hypothetical protein  29.17 
 
 		 283 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0124166  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2652  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  32.75 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_33458  predicted protein  27.05 
 
 		 428 aa  96.3  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.0063707  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3031  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.57 
 
 		 336 aa  73.6  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.857502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0753  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  25.89 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1914  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  26.25 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03343  putative D-cysteine desulfhydrase  24.54 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3479  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  26.51 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1391  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.54 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2010  D-cysteine desulfhydrase  26.16 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152874  decreased coverage  0.00891545 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2666  D-cysteine desulfhydrase  24.39 
 
 		 330 aa  54.3  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1217  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.38 
 
 		 290 aa  53.1  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.6801  normal  0.977815 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3261  D-cysteine desulfhydrase  24.37 
 
 		 331 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.238478  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3235  D-cysteine desulfhydrase  22.36 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2930  D-cysteine desulfhydrase  24.37 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.398699  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1883  hypothetical protein  52.27 
 
 		 47 aa  50.4  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1663  D-cysteine desulfhydrase  23.84 
 
 		 336 aa  50.1  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000049313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3263  D-cysteine desulfhydrase  22.77 
 
 		 331 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.374487  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3241  D-cysteine desulfhydrase  22.77 
 
 		 331 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2992  D-cysteine desulfhydrase  22.77 
 
 		 331 aa  49.3  0.00009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3236  D-cysteine desulfhydrase  22.77 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0413  D-cysteine desulfhydrase  23.96 
 
 		 334 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.486407  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1321  hypothetical protein  21.59 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3005  D-cysteine desulfhydrase  22.77 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2636  D-cysteine desulfhydrase  27.68 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2357  D-cysteine desulfhydrase  27.68 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.344749 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2011  D-cysteine desulfhydrase  23.08 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4164  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  23.11 
 
 		 339 aa  48.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2577  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.62 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1167  D-cysteine desulfhydrase  30 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174791  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1290  D-cysteine desulfhydrase  30 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290271 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2275  D-cysteine desulfhydrase  29.63 
 
 		 330 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2109  D-cysteine desulfhydrase  30 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497431  normal  0.0120182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2693  D-cysteine desulfhydrase  32.73 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102426  normal  0.0614251 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2168  D-cysteine desulfhydrase  30 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.406051  hitchhiker  0.0000160197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2115  D-cysteine desulfhydrase  30 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000146031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1047  D-cysteine desulfhydrase  32.73 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.106931  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1720  D-cysteine desulfhydrase  32.73 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.628209 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2377  D-cysteine desulfhydrase  29.63 
 
 		 339 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2030  D-cysteine desulfhydrase  29.63 
 
 		 339 aa  47.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2153  D-cysteine desulfhydrase  32.73 
 
 		 342 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0177604  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2018  D-cysteine desulfhydrase  32.73 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0820004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1727  pyridoxal phosphate-dependent enzymes, D-cysteine desulfhydrase family  32.73 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00524906  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1318  hypothetical protein  26.11 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1263  D-cysteine desulfhydrase  32.73 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0547515  normal  0.0193238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2937  D-cysteine desulfhydrase  33.77 
 
 		 330 aa  47  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2951  D-cysteine desulfhydrase  22.46 
 
 		 331 aa  46.6  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0406  D-cysteine desulfhydrase  23.96 
 
 		 334 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2506  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 361 aa  46.6  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal  0.820205 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4580  putative D-cysteine desulfhydrase  23.31 
 
 		 319 aa  46.6  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1372  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  24.76 
 
 		 307 aa  46.6  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0288734 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0245  D-cysteine desulfhydrase  35.06 
 
 		 334 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.944644  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5532  D-cysteine desulfhydrase  25.14 
 
 		 343 aa  46.6  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.1518 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1784  D-cysteine desulfhydrase  31 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181648  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3582  D-cysteine desulfhydrase  31.65 
 
 		 338 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0359  D-cysteine desulfhydrase  37.88 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5179  pyridoxal phosphate-dependent deaminase, putative  21.97 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1439  D-cysteine desulfhydrase  26.34 
 
 		 347 aa  44.3  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457826  normal  0.632152 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1912  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  26.17 
 
 		 302 aa  43.1  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1730  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  23.87 
 
 		 325 aa  43.1  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3623  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  29.41 
 
 		 338 aa  42.7  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0431  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  21.41 
 
 		 311 aa  42.7  0.009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>