85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2279 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2351  hypothetical protein  97.54 
 
 		 325 aa  661    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.742  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2279  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1978  hypothetical protein  85.3 
 
 		 330 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2469  hypothetical protein  87.25 
 
 		 311 aa  560  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.566058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2329  hypothetical protein  68.06 
 
 		 342 aa  477  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2640  hypothetical protein  67.47 
 
 		 348 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2601  hypothetical protein  68.28 
 
 		 334 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2715  hypothetical protein  67.67 
 
 		 334 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1745  hypothetical protein  67.37 
 
 		 334 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00288414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1941  hypothetical protein  59.03 
 
 		 305 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0054919  normal  0.0175917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2680  hypothetical protein  60.13 
 
 		 307 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.827346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2147  hypothetical protein  56.77 
 
 		 308 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145489  normal  0.847177 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1882  hypothetical protein  56.91 
 
 		 305 aa  362  6e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2321  hypothetical protein  51.38 
 
 		 323 aa  333  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.232737  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2146  hypothetical protein  48.21 
 
 		 339 aa  315  5e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1246  hypothetical protein  50.49 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1576  hypothetical protein  46.96 
 
 		 307 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0153483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1343  hypothetical protein  46.15 
 
 		 341 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003059  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  46.93 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02795  hypothetical protein  45.31 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1338  hypothetical protein  44.01 
 
 		 292 aa  252  6e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2073  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  42.43 
 
 		 283 aa  217  2e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.015476  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0110  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  41.25 
 
 		 286 aa  217  2e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.896964  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1217  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  36.3 
 
 		 288 aa  187  1e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1068  hypothetical protein  37.79 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.587377  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0628  hypothetical protein  37.13 
 
 		 291 aa  186  7e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0703  hypothetical protein  37.13 
 
 		 291 aa  185  8e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0518  hypothetical protein  36.3 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0518  hypothetical protein  31.17 
 
 		 283 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0124166  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2652  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  33.8 
 
 		 350 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_33458  predicted protein  23.91 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.0063707  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0753  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  26.6 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3031  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  25.3 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.857502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03343  putative D-cysteine desulfhydrase  24.56 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3479  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  23.55 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1914  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.42 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1883  hypothetical protein  55.81 
 
 		 47 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1391  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  25.7 
 
 		 306 aa  54.3  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1372  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.65 
 
 		 307 aa  53.1  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0288734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4580  putative D-cysteine desulfhydrase  22.92 
 
 		 319 aa  52.8  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1217  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.22 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.6801  normal  0.977815 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0431  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  21.52 
 
 		 311 aa  51.6  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2010  D-cysteine desulfhydrase  24.6 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152874  decreased coverage  0.00891545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1663  D-cysteine desulfhydrase  24.06 
 
 		 336 aa  51.6  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000049313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5179  pyridoxal phosphate-dependent deaminase, putative  24.35 
 
 		 332 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1730  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.32 
 
 		 325 aa  51.2  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3241  D-cysteine desulfhydrase  22.52 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3263  D-cysteine desulfhydrase  23.24 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.374487  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2930  D-cysteine desulfhydrase  23.24 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.398699  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2992  D-cysteine desulfhydrase  22.52 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3261  D-cysteine desulfhydrase  23.24 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.238478  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2666  D-cysteine desulfhydrase  24.92 
 
 		 330 aa  50.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3005  D-cysteine desulfhydrase  22.52 
 
 		 331 aa  50.1  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3236  D-cysteine desulfhydrase  22.52 
 
 		 331 aa  50.1  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0359  D-cysteine desulfhydrase  24.1 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3235  D-cysteine desulfhydrase  22.22 
 
 		 331 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2577  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.28 
 
 		 287 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0413  D-cysteine desulfhydrase  22.83 
 
 		 334 aa  46.6  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.486407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2951  D-cysteine desulfhydrase  21.92 
 
 		 331 aa  46.2  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851709  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2693  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 328 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102426  normal  0.0614251 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1047  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 328 aa  46.2  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.106931  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1727  pyridoxal phosphate-dependent enzymes, D-cysteine desulfhydrase family  31.82 
 
 		 328 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00524906  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0245  D-cysteine desulfhydrase  34.94 
 
 		 334 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.944644  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1263  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 328 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0547515  normal  0.0193238 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1720  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 328 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.628209 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2018  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 328 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0820004  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2030  D-cysteine desulfhydrase  28.7 
 
 		 339 aa  45.8  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2275  D-cysteine desulfhydrase  28.7 
 
 		 330 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2153  D-cysteine desulfhydrase  31.82 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0177604  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2937  D-cysteine desulfhydrase  25.16 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1784  D-cysteine desulfhydrase  31 
 
 		 332 aa  45.8  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181648  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2115  D-cysteine desulfhydrase  29.09 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000146031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2377  D-cysteine desulfhydrase  28.7 
 
 		 339 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1290  D-cysteine desulfhydrase  29.09 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290271 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1167  D-cysteine desulfhydrase  29.09 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174791  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2109  D-cysteine desulfhydrase  29.09 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497431  normal  0.0120182 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2168  D-cysteine desulfhydrase  29.09 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.406051  hitchhiker  0.0000160197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2357  D-cysteine desulfhydrase  27.12 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.344749 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2636  D-cysteine desulfhydrase  27.12 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0406  D-cysteine desulfhydrase  22.83 
 
 		 334 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2506  D-cysteine desulfhydrase  30.91 
 
 		 361 aa  45.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal  0.820205 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4164  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  27 
 
 		 339 aa  44.3  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2011  D-cysteine desulfhydrase  21.62 
 
 		 331 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3582  D-cysteine desulfhydrase  30.38 
 
 		 338 aa  43.1  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0858  hypothetical protein  25.58 
 
 		 324 aa  43.1  0.007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000626583 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>