70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2147 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2147  hypothetical protein  100 
 
 
308 aa  635    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.145489  normal  0.847177 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2680  hypothetical protein  60.33 
 
 
307 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.827346 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1941  hypothetical protein  59.34 
 
 
305 aa  386  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0054919  normal  0.0175917 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2279  hypothetical protein  56.77 
 
 
325 aa  363  2e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2351  hypothetical protein  56.13 
 
 
325 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.742  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1882  hypothetical protein  57.1 
 
 
305 aa  360  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2469  hypothetical protein  56.27 
 
 
311 aa  360  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.566058  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1978  hypothetical protein  56.13 
 
 
330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2329  hypothetical protein  52.41 
 
 
342 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2715  hypothetical protein  50.91 
 
 
334 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2601  hypothetical protein  51.36 
 
 
334 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2640  hypothetical protein  51.06 
 
 
348 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1745  hypothetical protein  50.91 
 
 
334 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00288414 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1246  hypothetical protein  55.34 
 
 
306 aa  322  4e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2321  hypothetical protein  49.53 
 
 
323 aa  310  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.232737  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2146  hypothetical protein  49.1 
 
 
339 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1343  hypothetical protein  49.35 
 
 
341 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02795  hypothetical protein  47.21 
 
 
298 aa  276  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003059  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  46.56 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1576  hypothetical protein  48.85 
 
 
307 aa  266  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0153483  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1338  hypothetical protein  46.71 
 
 
292 aa  251  8.000000000000001e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2073  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  40.68 
 
 
283 aa  207  2e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.015476  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0110  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  39.86 
 
 
286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.896964  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0518  hypothetical protein  38.16 
 
 
290 aa  194  2e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1068  hypothetical protein  37 
 
 
291 aa  192  4e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.587377  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0628  hypothetical protein  36.67 
 
 
291 aa  192  6e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0703  hypothetical protein  36.67 
 
 
291 aa  192  7e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1217  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  35.42 
 
 
288 aa  178  1e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0518  hypothetical protein  31.21 
 
 
283 aa  149  8e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0124166  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2652  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  37.28 
 
 
350 aa  145  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_33458  predicted protein  25.28 
 
 
428 aa  97.1  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.0063707  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0753  D-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent enzyme  27.55 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3479  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.53 
 
 
302 aa  70.5  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1391  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  28.81 
 
 
306 aa  67  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4580  putative D-cysteine desulfhydrase  26.22 
 
 
319 aa  67.4  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3031  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.4 
 
 
336 aa  65.1  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.857502  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2577  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  28.92 
 
 
287 aa  57.4  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1914  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  25.99 
 
 
304 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0431  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  23.36 
 
 
311 aa  56.6  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1883  hypothetical protein  51.16 
 
 
47 aa  56.6  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4164  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  24.08 
 
 
339 aa  55.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1439  D-cysteine desulfhydrase  27.42 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457826  normal  0.632152 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1217  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.74 
 
 
290 aa  51.6  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.6801  normal  0.977815 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1730  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  24.41 
 
 
325 aa  50.4  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3263  D-cysteine desulfhydrase  24.76 
 
 
331 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.374487  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2992  D-cysteine desulfhydrase  24.14 
 
 
331 aa  49.7  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1912  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-like protein  23.21 
 
 
302 aa  49.7  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3261  D-cysteine desulfhydrase  24.14 
 
 
331 aa  49.3  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.238478  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3241  D-cysteine desulfhydrase  24.76 
 
 
331 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2666  D-cysteine desulfhydrase  24.59 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3005  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
331 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3236  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
331 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2930  D-cysteine desulfhydrase  24.14 
 
 
331 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.398699  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03343  putative D-cysteine desulfhydrase  25.6 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5444  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  27.68 
 
 
310 aa  47  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4819  D-cysteine desulfhydrase  28.57 
 
 
322 aa  47  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2011  D-cysteine desulfhydrase  24.45 
 
 
331 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3235  D-cysteine desulfhydrase  24.45 
 
 
331 aa  46.2  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1372  1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase  23.43 
 
 
307 aa  46.2  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0288734 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0699  D-cysteine desulfhydrase  21.13 
 
 
312 aa  45.8  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0723  D-cysteine desulfhydrase  21.13 
 
 
312 aa  45.8  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000361727  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1895  putative D-cysteine desulfhydrase (DcyD)  30.99 
 
 
310 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0834874 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2951  D-cysteine desulfhydrase  24.14 
 
 
331 aa  43.5  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0413  D-cysteine desulfhydrase  25 
 
 
334 aa  43.9  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.486407  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2109  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
328 aa  42.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497431  normal  0.0120182 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1290  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
328 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290271 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1167  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
328 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174791  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2168  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
328 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.406051  hitchhiker  0.0000160197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2115  D-cysteine desulfhydrase  24.09 
 
 
328 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000146031 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2876  D-cysteine desulfhydrase  25.44 
 
 
342 aa  42.4  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.247142  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>