160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0887 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  100 
 
 		 370 aa  772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3288  agmatine deiminase  92.97 
 
 		 370 aa  730    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0659  agmatine deiminase  92.7 
 
 		 370 aa  729    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.598319 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  88.11 
 
 		 370 aa  699    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  93.24 
 
 		 370 aa  732    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  94.05 
 
 		 370 aa  736    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  97.3 
 
 		 370 aa  753    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  94.32 
 
 		 370 aa  738    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  94.86 
 
 		 370 aa  740    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  94.86 
 
 		 370 aa  739    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2521  agmatine deiminase  76.44 
 
 		 375 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.415458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0168  agmatine deiminase  67.96 
 
 		 367 aa  514  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0153  agmatine deiminase  67.68 
 
 		 367 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  69.36 
 
 		 365 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  69.36 
 
 		 371 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0834  agmatine deiminase  69.36 
 
 		 371 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.048656  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4017  agmatine deiminase  68.99 
 
 		 365 aa  496  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3810  agmatine deiminase  67.41 
 
 		 365 aa  489  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.387298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  56.32 
 
 		 368 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  56.44 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  56.2 
 
 		 368 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  55.34 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  54.29 
 
 		 368 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  54.29 
 
 		 368 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  52.17 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  53.74 
 
 		 368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1144  agmatine deiminase  53.99 
 
 		 369 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.84564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  53.19 
 
 		 368 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  56.75 
 
 		 368 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  54.04 
 
 		 369 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  54.79 
 
 		 368 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0652  agmatine deiminase  50.28 
 
 		 364 aa  395  1e-109  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  53.99 
 
 		 372 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  50.69 
 
 		 371 aa  367  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2962  agmatine deiminase  53.46 
 
 		 374 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2405  agmatine deiminase  47.37 
 
 		 365 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.761895  normal  0.0406266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1849  agmatine deiminase  48.76 
 
 		 369 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.552976  decreased coverage  0.00228426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1202  agmatine deiminase  46.54 
 
 		 368 aa  352  8e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  46.11 
 
 		 366 aa  350  3e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2154  peptidyl-arginine deiminase  46.56 
 
 		 371 aa  345  5e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1189  peptidyl-arginine deiminase  47.75 
 
 		 373 aa  340  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.636661  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0822  peptidyl-arginine deiminase  44.92 
 
 		 355 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2192  agmatine deiminase  42.86 
 
 		 373 aa  309  5e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0678  agmatine deiminase  44.85 
 
 		 386 aa  306  3e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.421408 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0005  hypothetical protein  39.44 
 
 		 347 aa  269  5.9999999999999995e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0005  hypothetical protein  39.44 
 
 		 346 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36398  predicted protein  39.95 
 
 		 386 aa  267  2.9999999999999995e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  40.39 
 
 		 346 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4219  Agmatine deiminase  40.22 
 
 		 340 aa  245  6.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  40 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  36.24 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  38.29 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  36.78 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  36.84 
 
 		 348 aa  229  7e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  36.36 
 
 		 342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  32.77 
 
 		 339 aa  225  8e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  33.6 
 
 		 358 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  32.42 
 
 		 347 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  33.88 
 
 		 624 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4623  agmatine deiminase  36.8 
 
 		 346 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  33.43 
 
 		 346 aa  217  2e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  32.87 
 
 		 348 aa  218  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  32.33 
 
 		 349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  36.16 
 
 		 640 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  34.06 
 
 		 353 aa  213  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  33.98 
 
 		 349 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  32.32 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  33.24 
 
 		 631 aa  210  3e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  36.62 
 
 		 351 aa  210  3e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48490  putative peptidylarginine deiminase  38.1 
 
 		 346 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000276698  normal  0.151139 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  32.69 
 
 		 352 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0369  peptidyl-arginine deiminase  33.9 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  32.41 
 
 		 348 aa  203  5e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  32.19 
 
 		 334 aa  202  6e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  32.23 
 
 		 349 aa  202  9e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  33.52 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  31.22 
 
 		 349 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  32.6 
 
 		 352 aa  199  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  32.52 
 
 		 639 aa  197  3e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  33.89 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  33.43 
 
 		 343 aa  196  8.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1028  peptidylarginine deiminase-related protein  33.99 
 
 		 344 aa  195  9e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442505  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1750  peptidyl-arginine deiminase  32.42 
 
 		 350 aa  195  9e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355031  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  33.7 
 
 		 356 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0172  Agmatine deiminase  35.59 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.141893  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1254  peptidyl-arginine deiminase  32.87 
 
 		 386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.145775  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  30.6 
 
 		 347 aa  190  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1939  peptidyl-arginine deiminase  28.91 
 
 		 365 aa  189  5e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.860811  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1447  agmatine deiminase  32.5 
 
 		 342 aa  189  7e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.994739  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0059  Agmatine deiminase  33.9 
 
 		 375 aa  189  7e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6169  Agmatine deiminase  34.66 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  33.43 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0681  Agmatine deiminase  31.75 
 
 		 348 aa  186  8e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2176  peptidyl-arginine deiminase  32.69 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1834  Agmatine deiminase  32.69 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1362  Agmatine deiminase  31.81 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1030  peptidyl-arginine deiminase  34.94 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.497197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2402  hypothetical protein  31.2 
 
 		 376 aa  182  6e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00162245  decreased coverage  0.000927611 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1581  peptidyl-arginine deiminase  32.68 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1443  peptidyl-arginine deiminase  33.69 
 
 		 365 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0971798 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>