159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0337 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  80.82 
 
 		 368 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  100 
 
 		 368 aa  760    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  80.82 
 
 		 368 aa  637    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  84.24 
 
 		 368 aa  658    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  79.45 
 
 		 368 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  78.53 
 
 		 368 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  83.42 
 
 		 368 aa  625  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  79.18 
 
 		 368 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  78.69 
 
 		 368 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  80.87 
 
 		 368 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  78.57 
 
 		 372 aa  602  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1144  agmatine deiminase  60.88 
 
 		 369 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.84564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0168  agmatine deiminase  59.5 
 
 		 367 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0153  agmatine deiminase  59.23 
 
 		 367 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2962  agmatine deiminase  61.64 
 
 		 374 aa  436  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0652  agmatine deiminase  55.92 
 
 		 364 aa  433  1e-120  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2521  agmatine deiminase  58.24 
 
 		 375 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.415458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  57.38 
 
 		 370 aa  429  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  57.02 
 
 		 370 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  56.32 
 
 		 370 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3288  agmatine deiminase  57.02 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0659  agmatine deiminase  57.02 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.598319 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  57.42 
 
 		 370 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  56.59 
 
 		 370 aa  423  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  55.37 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  55.92 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  55.65 
 
 		 370 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3810  agmatine deiminase  59.56 
 
 		 365 aa  418  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.387298  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  55.37 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4017  agmatine deiminase  59.12 
 
 		 365 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  53.87 
 
 		 366 aa  411  1e-113  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  55.96 
 
 		 365 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  55.96 
 
 		 371 aa  410  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0834  agmatine deiminase  55.96 
 
 		 371 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.048656  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1189  peptidyl-arginine deiminase  54.55 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.636661  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2405  agmatine deiminase  52.89 
 
 		 365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.761895  normal  0.0406266 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1202  agmatine deiminase  51.52 
 
 		 368 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  52.63 
 
 		 371 aa  399  9.999999999999999e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1849  agmatine deiminase  53.57 
 
 		 369 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.552976  decreased coverage  0.00228426 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2192  agmatine deiminase  50 
 
 		 373 aa  394  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  54.42 
 
 		 369 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2154  peptidyl-arginine deiminase  50.14 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0678  agmatine deiminase  47.48 
 
 		 386 aa  367  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.421408 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0822  peptidyl-arginine deiminase  47.01 
 
 		 355 aa  332  6e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36398  predicted protein  44.06 
 
 		 386 aa  295  9e-79  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0005  hypothetical protein  41.71 
 
 		 347 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0005  hypothetical protein  41.16 
 
 		 346 aa  293  3e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  44.9 
 
 		 346 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  42.35 
 
 		 370 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  40.5 
 
 		 342 aa  251  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4623  agmatine deiminase  41.05 
 
 		 346 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  37.06 
 
 		 347 aa  245  6.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  35.33 
 
 		 353 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  38.11 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  37.09 
 
 		 348 aa  237  3e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  37.03 
 
 		 348 aa  237  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  36.54 
 
 		 348 aa  236  6e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  38.04 
 
 		 350 aa  236  7e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  38.19 
 
 		 624 aa  235  8e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4219  Agmatine deiminase  39.18 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  35.6 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  33.99 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  39.06 
 
 		 350 aa  233  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48490  putative peptidylarginine deiminase  40.7 
 
 		 346 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000276698  normal  0.151139 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  35.85 
 
 		 334 aa  233  6e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  34.6 
 
 		 347 aa  231  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  37.53 
 
 		 640 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  36.99 
 
 		 349 aa  230  2e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  34.5 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  35.04 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  35.44 
 
 		 346 aa  229  7e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  36.49 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0059  Agmatine deiminase  37.78 
 
 		 375 aa  226  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  36.78 
 
 		 352 aa  226  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0172  Agmatine deiminase  38.83 
 
 		 374 aa  226  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  38.08 
 
 		 639 aa  226  6e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6169  Agmatine deiminase  40.9 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  35.77 
 
 		 631 aa  222  8e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0681  Agmatine deiminase  37.02 
 
 		 348 aa  220  3e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  35.31 
 
 		 358 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  36.36 
 
 		 349 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0759  peptidyl-arginine deiminase  37.82 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.451964  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0833  Agmatine deiminase  40.22 
 
 		 339 aa  215  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  36.41 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4756  peptidyl-arginine deiminase  34.82 
 
 		 345 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322594  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1939  peptidyl-arginine deiminase  33.6 
 
 		 365 aa  212  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.860811  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  33.88 
 
 		 349 aa  210  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0369  peptidyl-arginine deiminase  37.08 
 
 		 339 aa  208  9e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  33.7 
 
 		 347 aa  207  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2561  Agmatine deiminase  35.85 
 
 		 377 aa  205  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4626  agmatine deiminase  33.62 
 
 		 369 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1362  Agmatine deiminase  33.52 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1750  peptidyl-arginine deiminase  33.98 
 
 		 350 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355031  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  32.79 
 
 		 356 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1581  peptidyl-arginine deiminase  33.61 
 
 		 355 aa  199  5e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  34.93 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  32.39 
 
 		 351 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2482  agmatine deiminase  33.05 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3413  agmatine deiminase  30.03 
 
 		 346 aa  196  7e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48450  putative peptidyl-arginine deiminase  33.24 
 
 		 372 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000979902  normal  0.148444 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>