158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1715 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  100 
 
 
349 aa  719    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  72.43 
 
 
350 aa  528  1e-149  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  72.75 
 
 
352 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  69.57 
 
 
349 aa  509  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  68.7 
 
 
348 aa  493  9.999999999999999e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  66.38 
 
 
346 aa  488  1e-137  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  68.12 
 
 
347 aa  476  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  57.35 
 
 
348 aa  404  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  56.47 
 
 
348 aa  389  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  52.06 
 
 
347 aa  381  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  52.49 
 
 
339 aa  381  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  52.79 
 
 
349 aa  375  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  54.41 
 
 
347 aa  374  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  52.06 
 
 
342 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  51.33 
 
 
334 aa  353  2.9999999999999997e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  49.41 
 
 
349 aa  344  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  47.95 
 
 
353 aa  336  3.9999999999999995e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1939  peptidyl-arginine deiminase  48.87 
 
 
365 aa  332  7.000000000000001e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.860811  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  49.85 
 
 
639 aa  332  8e-90  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  44.93 
 
 
352 aa  322  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  48.24 
 
 
624 aa  315  9.999999999999999e-85  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  45.48 
 
 
640 aa  309  5.9999999999999995e-83  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  45.45 
 
 
351 aa  300  2e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  43.53 
 
 
334 aa  290  2e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  43.18 
 
 
631 aa  288  7e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3413  agmatine deiminase  41.64 
 
 
346 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  42.57 
 
 
348 aa  278  8e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  39.48 
 
 
343 aa  251  1e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2176  peptidyl-arginine deiminase  38.97 
 
 
343 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1834  Agmatine deiminase  38.97 
 
 
343 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1362  Agmatine deiminase  40.23 
 
 
344 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  38.67 
 
 
370 aa  249  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1018  hypothetical protein  39.07 
 
 
341 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2447  peptidyl-arginine deiminase  38.9 
 
 
357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0005  hypothetical protein  37.21 
 
 
347 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1861  hypothetical protein  41.35 
 
 
367 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.114437  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0005  hypothetical protein  36.21 
 
 
346 aa  239  4e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1746  Agmatine deiminase  39.94 
 
 
342 aa  238  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  39.43 
 
 
356 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  37.47 
 
 
372 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1144  agmatine deiminase  37.29 
 
 
369 aa  236  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.84564  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0144  hypothetical protein  38.29 
 
 
341 aa  236  6e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1028  peptidylarginine deiminase-related protein  39.65 
 
 
344 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2471  peptidyl-arginine deiminase  39.37 
 
 
343 aa  233  5e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  36.46 
 
 
365 aa  232  9e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  36.74 
 
 
371 aa  232  9e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0834  agmatine deiminase  36.74 
 
 
371 aa  232  9e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.048656  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0153  agmatine deiminase  35.73 
 
 
367 aa  229  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2597  Agmatine deiminase  36.02 
 
 
340 aa  228  9e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0204527  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0168  agmatine deiminase  36.19 
 
 
367 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1750  peptidyl-arginine deiminase  36.39 
 
 
350 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  34.9 
 
 
369 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  37.9 
 
 
351 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1447  agmatine deiminase  39.94 
 
 
342 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.994739  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  36.54 
 
 
371 aa  224  2e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0737  peptidyl-arginine deiminase  37.32 
 
 
341 aa  223  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00770089  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  36.18 
 
 
358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0652  agmatine deiminase  34.9 
 
 
364 aa  222  9e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  36.76 
 
 
346 aa  222  9e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  36.21 
 
 
370 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  36.09 
 
 
368 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  36.64 
 
 
368 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0822  peptidyl-arginine deiminase  35 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4017  agmatine deiminase  35.87 
 
 
365 aa  219  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  36.36 
 
 
368 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2962  agmatine deiminase  37.74 
 
 
374 aa  216  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0984  Agmatine deiminase  35.76 
 
 
345 aa  215  8e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  34.53 
 
 
370 aa  215  8e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1013  Agmatine deiminase  35.76 
 
 
345 aa  215  8e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  34.81 
 
 
370 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3810  agmatine deiminase  35.6 
 
 
365 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.387298  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1581  peptidyl-arginine deiminase  36.31 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0659  agmatine deiminase  34.81 
 
 
370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.598319 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  33.98 
 
 
370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3288  agmatine deiminase  34.53 
 
 
370 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1254  peptidyl-arginine deiminase  37.9 
 
 
386 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.145775  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  34.44 
 
 
368 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  33.98 
 
 
370 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1601  hypothetical protein  34.1 
 
 
363 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  34.81 
 
 
366 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1544  agmatine deiminase  34.1 
 
 
363 aa  212  7e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  33.43 
 
 
370 aa  212  9e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  33.98 
 
 
370 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3490  agmatine deiminase  37.46 
 
 
348 aa  211  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  37.07 
 
 
350 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  33.43 
 
 
370 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1755  agmatine deiminase  36.23 
 
 
348 aa  210  3e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.807714  normal  0.973962 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6353  Agmatine deiminase  38.9 
 
 
383 aa  209  5e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  35.34 
 
 
368 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  33.7 
 
 
370 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  33.88 
 
 
368 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3203  agmatine deiminase  35.14 
 
 
348 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.659757  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1030  peptidyl-arginine deiminase  37.79 
 
 
327 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.497197  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  33.88 
 
 
368 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1202  agmatine deiminase  33.06 
 
 
368 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  33.88 
 
 
368 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  33.88 
 
 
368 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  34.79 
 
 
368 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1172  peptidyl-arginine deiminase family protein  32.53 
 
 
325 aa  202  7e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  36.31 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>