157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0291 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  98.1 
 
 		 368 aa  750    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  84.47 
 
 		 368 aa  663    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  84.74 
 
 		 368 aa  660    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  97.83 
 
 		 368 aa  748    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  100 
 
 		 368 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  93.48 
 
 		 368 aa  725    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  79.45 
 
 		 368 aa  628  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  81.74 
 
 		 368 aa  620  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  77.38 
 
 		 368 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  77.93 
 
 		 368 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  74.18 
 
 		 372 aa  583  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1144  agmatine deiminase  58.9 
 
 		 369 aa  444  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.84564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0652  agmatine deiminase  55.92 
 
 		 364 aa  432  1e-120  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2521  agmatine deiminase  56.59 
 
 		 375 aa  424  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.415458 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0153  agmatine deiminase  56.55 
 
 		 367 aa  420  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2962  agmatine deiminase  58.29 
 
 		 374 aa  418  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0168  agmatine deiminase  55.71 
 
 		 367 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  53.74 
 
 		 370 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3288  agmatine deiminase  54.29 
 
 		 370 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0659  agmatine deiminase  54.29 
 
 		 370 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.598319 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  54.57 
 
 		 370 aa  408  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  54.29 
 
 		 370 aa  408  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  53.74 
 
 		 370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  54.32 
 
 		 370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  53.46 
 
 		 370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  54.29 
 
 		 370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  54.82 
 
 		 371 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0834  agmatine deiminase  54.82 
 
 		 371 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.048656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3810  agmatine deiminase  55.77 
 
 		 365 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.387298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  53.74 
 
 		 370 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  54.82 
 
 		 365 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  53.46 
 
 		 370 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4017  agmatine deiminase  55.68 
 
 		 365 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  52.92 
 
 		 366 aa  395  1e-109  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1189  peptidyl-arginine deiminase  54.25 
 
 		 373 aa  396  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.636661  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1202  agmatine deiminase  50.82 
 
 		 368 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  51.52 
 
 		 371 aa  389  1e-107  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2192  agmatine deiminase  49.18 
 
 		 373 aa  388  1e-106  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2405  agmatine deiminase  49.73 
 
 		 365 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.761895  normal  0.0406266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1849  agmatine deiminase  50.68 
 
 		 369 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.552976  decreased coverage  0.00228426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2154  peptidyl-arginine deiminase  49.32 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  51.93 
 
 		 369 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0678  agmatine deiminase  46.61 
 
 		 386 aa  354  1e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.421408 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0822  peptidyl-arginine deiminase  46.8 
 
 		 355 aa  329  6e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0005  hypothetical protein  39.89 
 
 		 347 aa  296  4e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0005  hypothetical protein  39.62 
 
 		 346 aa  295  8e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36398  predicted protein  40.56 
 
 		 386 aa  285  7e-76  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  41.46 
 
 		 346 aa  264  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  38.38 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  38.9 
 
 		 370 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4219  Agmatine deiminase  39.45 
 
 		 340 aa  235  8e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  36.91 
 
 		 342 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  36.07 
 
 		 347 aa  232  7.000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  37.77 
 
 		 624 aa  230  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0172  Agmatine deiminase  38.83 
 
 		 374 aa  230  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.141893  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  36.81 
 
 		 350 aa  228  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  34.24 
 
 		 353 aa  226  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  35.95 
 
 		 348 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  36.1 
 
 		 640 aa  224  1e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  36.76 
 
 		 348 aa  225  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  34.52 
 
 		 348 aa  223  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4623  agmatine deiminase  37.77 
 
 		 346 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  35.33 
 
 		 352 aa  222  9e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  38.23 
 
 		 350 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0759  peptidyl-arginine deiminase  38.89 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.451964  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0059  Agmatine deiminase  36.77 
 
 		 375 aa  220  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  35.61 
 
 		 334 aa  219  6e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  33.33 
 
 		 349 aa  219  6e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  34.07 
 
 		 346 aa  218  1e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  34.62 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  32.7 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6169  Agmatine deiminase  39.39 
 
 		 331 aa  213  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  36.93 
 
 		 639 aa  211  2e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  35.23 
 
 		 631 aa  210  3e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4626  agmatine deiminase  35.9 
 
 		 369 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48490  putative peptidylarginine deiminase  37.5 
 
 		 346 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000276698  normal  0.151139 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  32.02 
 
 		 339 aa  209  7e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  33.79 
 
 		 352 aa  209  8e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  34.79 
 
 		 349 aa  207  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4756  peptidyl-arginine deiminase  34.07 
 
 		 345 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322594  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48450  putative peptidyl-arginine deiminase  35.49 
 
 		 372 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000979902  normal  0.148444 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  37.05 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0833  Agmatine deiminase  38.61 
 
 		 339 aa  206  5e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  33.42 
 
 		 349 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  33.88 
 
 		 349 aa  202  6e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  34.07 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0681  Agmatine deiminase  35.91 
 
 		 348 aa  202  9e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1362  Agmatine deiminase  34.35 
 
 		 344 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2561  Agmatine deiminase  36.01 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1750  peptidyl-arginine deiminase  34.89 
 
 		 350 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355031  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  33.52 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  32.35 
 
 		 358 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1544  agmatine deiminase  31.54 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  33.7 
 
 		 347 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1601  hypothetical protein  30.94 
 
 		 363 aa  194  3e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2482  agmatine deiminase  32.77 
 
 		 375 aa  193  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  33.88 
 
 		 356 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  34.83 
 
 		 332 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1028  peptidylarginine deiminase-related protein  33.24 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442505  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0369  peptidyl-arginine deiminase  34.92 
 
 		 339 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>