295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0349 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0349  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  100 
 
 
457 aa  951    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.723156  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0731  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.11 
 
 
457 aa  629  1e-179  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0715  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.11 
 
 
457 aa  629  1e-179  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.721475  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.11 
 
 
463 aa  274  3e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.88 
 
 
487 aa  260  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.18 
 
 
470 aa  258  1e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.88 
 
 
480 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.47 
 
 
475 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.06 
 
 
478 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.49 
 
 
475 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.46 
 
 
493 aa  247  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.36 
 
 
480 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.25 
 
 
500 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.11 
 
 
505 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.44 
 
 
491 aa  243  6e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.64 
 
 
479 aa  241  1e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.41 
 
 
499 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.88 
 
 
481 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.57 
 
 
470 aa  240  2.9999999999999997e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.55 
 
 
477 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.27 
 
 
499 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.94 
 
 
499 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.47 
 
 
492 aa  239  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.31 
 
 
488 aa  239  9e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.43 
 
 
541 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.33 
 
 
482 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.52 
 
 
497 aa  238  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  34.81 
 
 
474 aa  237  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.6 
 
 
482 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.46 
 
 
483 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.67 
 
 
541 aa  236  7e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.71 
 
 
470 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.51 
 
 
499 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.71 
 
 
488 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.04 
 
 
482 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.48 
 
 
476 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.4 
 
 
471 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.75 
 
 
479 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.11 
 
 
497 aa  233  5e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.47 
 
 
470 aa  232  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.51 
 
 
476 aa  233  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.95 
 
 
512 aa  232  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.15 
 
 
504 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.97 
 
 
488 aa  231  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.53 
 
 
550 aa  231  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.78 
 
 
475 aa  229  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.87 
 
 
492 aa  229  9e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.46 
 
 
470 aa  229  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.88 
 
 
471 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.17 
 
 
468 aa  228  2e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.09 
 
 
487 aa  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.09 
 
 
487 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.84 
 
 
493 aa  228  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.09 
 
 
487 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.42 
 
 
493 aa  228  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.3 
 
 
477 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.55 
 
 
511 aa  227  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.36 
 
 
477 aa  227  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.81 
 
 
490 aa  227  3e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.41 
 
 
483 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.96 
 
 
472 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.33 
 
 
478 aa  226  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.88 
 
 
477 aa  226  7e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  38.46 
 
 
476 aa  226  8e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  38.46 
 
 
469 aa  226  8e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  38.46 
 
 
476 aa  226  9e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  31.01 
 
 
468 aa  226  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.46 
 
 
476 aa  225  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.51 
 
 
477 aa  225  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  35.88 
 
 
473 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.88 
 
 
472 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.42 
 
 
493 aa  225  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.88 
 
 
472 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.92 
 
 
475 aa  224  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.48 
 
 
472 aa  224  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.79 
 
 
493 aa  224  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
472 aa  223  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.62 
 
 
442 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.87 
 
 
493 aa  223  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.83 
 
 
481 aa  222  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.96 
 
 
434 aa  222  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.06 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  35.91 
 
 
469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.34 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.15 
 
 
481 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.79 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.34 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.79 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.79 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.34 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.94 
 
 
469 aa  220  3e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.8 
 
 
473 aa  220  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  29.79 
 
 
471 aa  220  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.68 
 
 
492 aa  220  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34 
 
 
469 aa  220  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.34 
 
 
473 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
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NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.6 
 
 
445 aa  219  7.999999999999999e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.9 
 
 
472 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.62 
 
 
484 aa  219  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.99 
 
 
477 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
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