More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4373 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4373  cytochrome B561  100 
 
 		 174 aa  340  8e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.454062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4505  cytochrome B561  99.43 
 
 		 174 aa  337  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.265021 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0199  cytochrome B561 cytochrome transmembrane protein  77.01 
 
 		 174 aa  248  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.313091 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1736  cytochrome B561  59.41 
 
 		 185 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0874237  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  41.04 
 
 		 196 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  42.35 
 
 		 182 aa  119  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  45.29 
 
 		 186 aa  117  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2370  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  39.08 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530217  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0425  putative cytochrome b561  39.08 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2509  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  39.08 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1804  putative cytochrome b561  39.08 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0475  putative cytochrome b561  39.08 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369041  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0823  cytochrome b561  39.08 
 
 		 225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.945704  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  34.3 
 
 		 177 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  39.08 
 
 		 178 aa  112  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  39.43 
 
 		 183 aa  111  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  43.1 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3013  cytochrome B561  38.86 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00637618 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0636  cytochrome b561, putative  37.36 
 
 		 229 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.215518  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3123  cytochrome B561  37.93 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  43.68 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5356  putative cytochrome b561  36.21 
 
 		 180 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00398289 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0993  cytochrome B561  33.33 
 
 		 177 aa  105  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1491  cytochrome b561  41.95 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336708  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3290  cytochrome B561  40 
 
 		 178 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363067  normal  0.604346 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2612  cytochrome B561  40.74 
 
 		 191 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3806  cytochrome B561  40 
 
 		 178 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131783  normal  0.748231 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1513  cytochrome b561  37.04 
 
 		 181 aa  105  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.141112 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1956  cytochrome b561  37.65 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1811  nickel-dependent hydrogenase b561-type cytochrome subunit  37.43 
 
 		 175 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0046692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3685  cytochrome B561  37.84 
 
 		 184 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1517  cytochrome b561  36.47 
 
 		 176 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.39069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1819  cytochrome b561  36.47 
 
 		 176 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1756  cytochrome b561  36.47 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.408301  normal  0.0664837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1700  cytochrome b561  36.47 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0149402  hitchhiker  0.00199396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1759  cytochrome b561  36.47 
 
 		 176 aa  99.8  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.485438  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2093  cytochrome B561  36.26 
 
 		 175 aa  99.8  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2176  cytochrome B561  37.93 
 
 		 178 aa  99  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0739024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1373  cytochrome B561  34.57 
 
 		 180 aa  99  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3615  cytochrome B561  37.93 
 
 		 178 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3912  cytochrome B561  37.93 
 
 		 178 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.373387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4454  cytochrome B561  37.93 
 
 		 178 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106952  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01889  predicted cytochrome  34.12 
 
 		 176 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000869737  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1677  cytochrome B561  34.12 
 
 		 176 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00102602  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2075  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  34.12 
 
 		 176 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.22561e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01879  hypothetical protein  34.12 
 
 		 176 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000505037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1211  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  34.12 
 
 		 176 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0465638  normal  0.30426 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1333  cytochrome B561  44.44 
 
 		 183 aa  98.2  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.666388  normal  0.933151 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2205  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  34.12 
 
 		 176 aa  97.8  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.202008  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1671  cytochrome B561  34.12 
 
 		 176 aa  97.8  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00739522  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2753  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  34.12 
 
 		 176 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000856955  normal  0.186819 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  33.73 
 
 		 191 aa  96.7  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  31.76 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  32.37 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0697  cytochrome B561  33.53 
 
 		 178 aa  95.9  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1570  cytochrome B561  40.49 
 
 		 181 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5657  cytochrome B561  37.93 
 
 		 190 aa  94.4  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.998703 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1447  cytochrome B561  31.98 
 
 		 174 aa  93.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3348  cytochrome B561  38.82 
 
 		 183 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.696433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1335  cytochrome b561 family protein  31.98 
 
 		 174 aa  93.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2725  cytochrome b561 family protein  31.98 
 
 		 174 aa  93.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  36.47 
 
 		 188 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1542  cytochrome B561  42.68 
 
 		 181 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.662748  normal  0.360468 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2010  cytochrome B561  39.26 
 
 		 181 aa  90.9  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00709418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3732  cytochrome B561  41.46 
 
 		 181 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  38.51 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  31.61 
 
 		 184 aa  88.2  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3307  cytochrome B561  33.73 
 
 		 180 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  33.71 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3652  putative cytochrome B561  37.57 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0973  cytochrome b561 family protein  27.43 
 
 		 181 aa  87  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.304775  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  34.3 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1755  cytochrome b561  41.28 
 
 		 188 aa  86.3  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000553481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  36.42 
 
 		 204 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0932  cytochrome B561  33.53 
 
 		 178 aa  84  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4038  cytochrome B561 protein  34.12 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1341  cytochrome B561  36.18 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.134025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3505  cytochrome b561, putative  32.18 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  37.21 
 
 		 186 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  34.32 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1928  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  36.18 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1941  cytochrome B561  34.08 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.273152  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3256  cytochrome b561  35.88 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  36.99 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3390  cytochrome b561  35.88 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0918  cytochrome b561  35.88 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.974416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1661  cytochrome B561  37.16 
 
 		 179 aa  80.9  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.142328  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  35.43 
 
 		 186 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  35.06 
 
 		 186 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  34.12 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2152  cytochrome B561  32.16 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00081786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  38.24 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  35.06 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  33.92 
 
 		 178 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1077  putative cytochrome b561  39.51 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.401014  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  35.06 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5081  cytochrome B561  34.29 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0153  nickel-dependent hydrogenase b- type cytochrome subunit  30.81 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.520725  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2111  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  35.53 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  hitchhiker  0.00078066 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1357  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  35.53 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0540712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>