More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0923 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  100 
 
 		 196 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  40.46 
 
 		 182 aa  134  6.0000000000000005e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1941  cytochrome B561  38.07 
 
 		 184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.273152  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  37.63 
 
 		 191 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  37.14 
 
 		 182 aa  121  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  40.8 
 
 		 188 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6306  cytochrome B561  34.81 
 
 		 191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  39.67 
 
 		 193 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0098  putative cytochrome B561  35.36 
 
 		 191 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  39.66 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3652  putative cytochrome B561  35.75 
 
 		 195 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  37.5 
 
 		 183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3420  cytochrome b561 family protein  38.07 
 
 		 197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00251628  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  36.57 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  36.11 
 
 		 189 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5081  cytochrome B561  35.8 
 
 		 175 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  36.96 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  36 
 
 		 187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  38.67 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3013  cytochrome B561  35.8 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00637618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  36.26 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5356  putative cytochrome b561  35.8 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00398289 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  39.05 
 
 		 193 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  39.23 
 
 		 186 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  36.7 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  36.26 
 
 		 182 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0469  cytochrome B561  33.52 
 
 		 175 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  37.57 
 
 		 186 aa  104  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  38.33 
 
 		 186 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  37.78 
 
 		 186 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.91 
 
 		 184 aa  104  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  37.78 
 
 		 186 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  36.63 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  37.36 
 
 		 189 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  31.21 
 
 		 181 aa  104  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  32.99 
 
 		 204 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  37.08 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  36.67 
 
 		 193 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  37.78 
 
 		 186 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  38.2 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  37.08 
 
 		 186 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1306  cytochrome B561  36.47 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  33.7 
 
 		 185 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1186  cytochrome B561  36.84 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4656  cytochrome B561  37.1 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  38.55 
 
 		 197 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.55 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  34.09 
 
 		 182 aa  102  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0490  cytochrome B561  38.1 
 
 		 186 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.370053  hitchhiker  0.00220712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  33.33 
 
 		 178 aa  101  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4505  cytochrome B561  41.04 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.265021 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  35.64 
 
 		 182 aa  101  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  33.71 
 
 		 188 aa  101  8e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.79 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.79 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4373  cytochrome B561  41.04 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.454062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  36.79 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2432  cytochrome B561  35.2 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.79 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.79 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  31.67 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  36.27 
 
 		 188 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  36.27 
 
 		 188 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0199  cytochrome B561 cytochrome transmembrane protein  33.72 
 
 		 174 aa  99.4  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.313091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  40 
 
 		 183 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  36.27 
 
 		 188 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  40 
 
 		 183 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  35.8 
 
 		 191 aa  99  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  31.67 
 
 		 182 aa  99  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  36.21 
 
 		 191 aa  99  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  38.42 
 
 		 183 aa  99  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1120  cytochrome B561  40.66 
 
 		 184 aa  99  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000137011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7129  putative cytochrome b561  33.53 
 
 		 176 aa  99  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2152  cytochrome B561  32.97 
 
 		 180 aa  99  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00081786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  37.36 
 
 		 192 aa  98.6  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  40.49 
 
 		 184 aa  98.2  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  35.06 
 
 		 184 aa  97.8  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  35.56 
 
 		 184 aa  97.8  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  35.29 
 
 		 189 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  37.13 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  35.8 
 
 		 186 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1029  cytochrome b561  42.69 
 
 		 181 aa  97.4  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145738  normal  0.0105144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  37.85 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4038  cytochrome B561 protein  34.88 
 
 		 188 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  34.66 
 
 		 197 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  39.43 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3506  putative cytochrome b-561 membrane protein  36.11 
 
 		 186 aa  95.9  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1182  cytochrome B561  37.21 
 
 		 179 aa  95.9  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  35.06 
 
 		 177 aa  95.5  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  35.16 
 
 		 181 aa  95.5  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  34.76 
 
 		 189 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  34.76 
 
 		 183 aa  95.1  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  34.29 
 
 		 183 aa  94.7  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  34.76 
 
 		 183 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0823  cytochrome b561  32.75 
 
 		 225 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.945704  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  31.32 
 
 		 188 aa  94  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  36.41 
 
 		 203 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1447  cytochrome B561  33.14 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0475  putative cytochrome b561  32.75 
 
 		 178 aa  92.8  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369041  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1804  putative cytochrome b561  32.75 
 
 		 178 aa  92.8  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>