More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3123 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3123  cytochrome B561  100 
 
 		 178 aa  358  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  61.45 
 
 		 182 aa  221  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  58.1 
 
 		 182 aa  195  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  58.66 
 
 		 182 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1570  cytochrome B561  61.76 
 
 		 181 aa  187  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1491  cytochrome b561  57.06 
 
 		 192 aa  181  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336708  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2010  cytochrome B561  59.54 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00709418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  54.75 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3732  cytochrome B561  60.59 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1542  cytochrome B561  60.59 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.662748  normal  0.360468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1333  cytochrome B561  57.14 
 
 		 183 aa  174  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.666388  normal  0.933151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  46.37 
 
 		 183 aa  156  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  44.69 
 
 		 184 aa  154  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1513  cytochrome b561  47.93 
 
 		 181 aa  154  6e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.141112 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3013  cytochrome B561  45.25 
 
 		 183 aa  153  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00637618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3685  cytochrome B561  49.72 
 
 		 184 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3348  cytochrome B561  47.19 
 
 		 183 aa  142  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.696433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  41.52 
 
 		 177 aa  137  8.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01889  predicted cytochrome  40.7 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000869737  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1677  cytochrome B561  40.7 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00102602  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2075  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40.7 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.22561e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2205  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40.7 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.202008  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01879  hypothetical protein  40.7 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000505037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1211  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40.7 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0465638  normal  0.30426 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1671  cytochrome B561  40.7 
 
 		 176 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00739522  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3307  cytochrome B561  43.89 
 
 		 180 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2753  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40.7 
 
 		 176 aa  134  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000856955  normal  0.186819 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0993  cytochrome B561  40.35 
 
 		 177 aa  128  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1956  cytochrome b561  38.24 
 
 		 176 aa  126  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1517  cytochrome b561  38.37 
 
 		 176 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.39069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1819  cytochrome b561  38.37 
 
 		 176 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1756  cytochrome b561  38.37 
 
 		 176 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.408301  normal  0.0664837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1700  cytochrome b561  38.37 
 
 		 176 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0149402  hitchhiker  0.00199396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1759  cytochrome b561  38.37 
 
 		 176 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.485438  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0697  cytochrome B561  38.37 
 
 		 178 aa  119  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2725  cytochrome b561 family protein  35.09 
 
 		 174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1447  cytochrome B561  35.09 
 
 		 174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1335  cytochrome b561 family protein  35.09 
 
 		 174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1373  cytochrome B561  37.36 
 
 		 180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  35.84 
 
 		 182 aa  108  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4505  cytochrome B561  37.93 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.265021 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4373  cytochrome B561  37.93 
 
 		 174 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.454062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0932  cytochrome B561  37.79 
 
 		 178 aa  105  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  38.95 
 
 		 178 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2612  cytochrome B561  37.93 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  36.31 
 
 		 183 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  33.71 
 
 		 196 aa  100  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3256  cytochrome b561  37.65 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0199  cytochrome B561 cytochrome transmembrane protein  37.2 
 
 		 174 aa  98.6  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.313091 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  36.31 
 
 		 186 aa  98.6  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  36.05 
 
 		 186 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  36.05 
 
 		 186 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  36.05 
 
 		 186 aa  98.2  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  36.11 
 
 		 184 aa  97.8  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.43 
 
 		 186 aa  97.4  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  35.75 
 
 		 186 aa  97.4  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1357  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  37.09 
 
 		 176 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0540712 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2111  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  37.09 
 
 		 176 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  hitchhiker  0.00078066 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0972  cytochrome B561  39.52 
 
 		 174 aa  97.1  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.86 
 
 		 186 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3390  cytochrome b561  36.47 
 
 		 176 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0918  cytochrome b561  36.47 
 
 		 187 aa  97.1  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.974416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1755  cytochrome b561  39.18 
 
 		 188 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000553481 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1341  cytochrome B561  37.09 
 
 		 176 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.134025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1928  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  37.09 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1372  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  37.09 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  0.219339 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  35.75 
 
 		 186 aa  95.5  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0636  cytochrome b561, putative  35.09 
 
 		 229 aa  95.5  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.215518  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  34.07 
 
 		 183 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3615  cytochrome B561  38.2 
 
 		 178 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4454  cytochrome B561  38.2 
 
 		 178 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106952  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3912  cytochrome B561  38.2 
 
 		 178 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.373387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2370  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  33.92 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530217  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1804  putative cytochrome b561  33.92 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0425  putative cytochrome b561  33.92 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3806  cytochrome B561  37.99 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131783  normal  0.748231 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0475  putative cytochrome b561  33.92 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369041  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2509  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  33.92 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  34.64 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5657  cytochrome B561  33.52 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.998703 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0823  cytochrome b561  33.92 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.945704  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  34.64 
 
 		 183 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  34.64 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  32.57 
 
 		 191 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  32.96 
 
 		 184 aa  92.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  32.96 
 
 		 184 aa  92  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2176  cytochrome B561  37.08 
 
 		 178 aa  90.9  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0739024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  38.04 
 
 		 187 aa  90.9  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  36.64 
 
 		 174 aa  90.9  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0072  cytochrome B561  33.33 
 
 		 196 aa  90.9  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3290  cytochrome B561  36.87 
 
 		 178 aa  90.9  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363067  normal  0.604346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3505  cytochrome b561, putative  33.71 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  35.36 
 
 		 203 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  36.61 
 
 		 184 aa  90.1  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  32.97 
 
 		 192 aa  89.4  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  32.16 
 
 		 193 aa  89  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  34.5 
 
 		 195 aa  88.2  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  34.08 
 
 		 186 aa  88.2  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  34.08 
 
 		 189 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  33.52 
 
 		 189 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>