More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3279 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3390  porin signal peptide protein  89.36 
 
 		 376 aa  665    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0795633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3601  porin Gram-negative type  97.07 
 
 		 375 aa  701    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.939014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3279  porin Gram-negative type  100 
 
 		 375 aa  759    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4041  porin Gram-negative type  53.56 
 
 		 374 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1849  putative outer membrane porin  54.08 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2675  outer membrane porin, putative  54.08 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2703  putative outer membrane porin  54.08 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0256  outer membrane porin, putative  54.08 
 
 		 406 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3278  putative outer membrane porin  54.08 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0044  putative porin  54.37 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0044  putative porin  54.08 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0040  porin  54.08 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0021  outer membrane protein (porin)-like protein  52.82 
 
 		 409 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0030  outer membrane protein (porin)-like protein  52.28 
 
 		 409 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3214  outer membrane protein (porin)-like  52.28 
 
 		 701 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.84124  normal  0.834599 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0031  outer membrane protein (porin)-like protein  52.28 
 
 		 377 aa  363  3e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0048  porin  52.89 
 
 		 375 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0041  outer membrane protein (porin)-like  52.52 
 
 		 435 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0029  outer membrane protein (porin)-like protein  52.63 
 
 		 375 aa  362  8e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  33.09 
 
 		 376 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  32.6 
 
 		 376 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  29.74 
 
 		 348 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  30.58 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  29.38 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  30.19 
 
 		 347 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  39.81 
 
 		 383 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  31.33 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  30.84 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  30.84 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1962  OmpC family outer membrane porin  39.56 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  35.6 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  40.87 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  32.64 
 
 		 362 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  32.89 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  30.39 
 
 		 379 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  29.92 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  30.66 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  30.66 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5937  porin  30.39 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.022245 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  29.19 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2227  porin Gram-negative type  31.77 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0459424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4307  porin  35.02 
 
 		 418 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0314487  normal  0.78321 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  30.71 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  39.44 
 
 		 436 aa  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  37.56 
 
 		 373 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  38.79 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  30.42 
 
 		 386 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  31.48 
 
 		 352 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  36.64 
 
 		 388 aa  106  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  38.32 
 
 		 385 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  38.97 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3848  porin  35.61 
 
 		 418 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5684  porin  37.18 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.101118 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  38.79 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  38.97 
 
 		 436 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  38.97 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3748  porin  37.18 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  38.97 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  38.97 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  38.97 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4620  porin  37.18 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  29.62 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1546  outer membrane protein (porin)  33.33 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1471  OmpC family outer membrane porin  31.58 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.620688  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  29.62 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  29.14 
 
 		 394 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  41.49 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  30.55 
 
 		 381 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5077  porin Gram-negative type  29.7 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0332495  hitchhiker  0.00543855 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  35 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  29.29 
 
 		 354 aa  102  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  31.39 
 
 		 383 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  38.5 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  38.5 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3782  porin  30.08 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  37.85 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  38.79 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  38.79 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1819  OmpC family outer membrane porin  36.14 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.223264  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  30.05 
 
 		 369 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  37.38 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3241  porin  40 
 
 		 390 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4922  porin  40 
 
 		 390 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3950  porin  45.07 
 
 		 403 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4416  porin  45.07 
 
 		 403 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.545214  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4204  porin  49.59 
 
 		 471 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  37.33 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  36 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  36 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  31.28 
 
 		 387 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2044  OmpC family outer membrane porin  29.43 
 
 		 387 aa  100  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231547  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  28.93 
 
 		 357 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5889  porin  45.07 
 
 		 398 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2481  outer membrane protein (porin)  30.95 
 
 		 352 aa  99.8  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.587098  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  39.56 
 
 		 384 aa  99.4  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  32.43 
 
 		 358 aa  99.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  34.84 
 
 		 390 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0400  porin  28.11 
 
 		 375 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.676022  normal  0.200977 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2192  OmpC family outer membrane porin  40.45 
 
 		 387 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.711966 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3606  porin  46.77 
 
 		 383 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.616699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>