More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1940 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1940  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0065  inner-membrane translocator  80.76 
 
 		 291 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4763  inner-membrane translocator  80.76 
 
 		 291 aa  436  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1816  inner-membrane translocator  80.76 
 
 		 291 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  normal  0.0200073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4090  branched chain amino acid ABC transporter permease  79.38 
 
 		 291 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00306357  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0483  inner-membrane translocator  65.98 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1320  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3807  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  27.89 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 287 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0332  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  30.14 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2270  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 288 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3057  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.299271  normal  0.394011 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.12 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  27.57 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.98 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  30.17 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  29.3 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.61 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.72 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  27.05 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  25.93 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  27.45 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.69 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.03 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  26.39 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  28.16 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  28.16 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  27.48 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  26.37 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  24.41 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  26.01 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  27.39 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.39 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  28.09 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.09 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  27.48 
 
 		 335 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  27.63 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.61 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.39 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5602  inner-membrane translocator  28.81 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3907  inner-membrane translocator  27.34 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3794  inner-membrane translocator  27.34 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.751055  normal  0.192822 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  26.09 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  28.38 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  27.21 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  26.43 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  28.38 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 294 aa  99.4  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  26.43 
 
 		 316 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  26.43 
 
 		 316 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 309 aa  99  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  31.06 
 
 		 286 aa  99  9e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  26.43 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  28.06 
 
 		 325 aa  99  9e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.96 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3202  inner-membrane translocator  27 
 
 		 338 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.412227 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  28.08 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  27.63 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  28.38 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  25.94 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 291 aa  98.2  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  26.11 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  26.11 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  26.11 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  26.06 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  27.63 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.63 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  27.15 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  25.81 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  26.55 
 
 		 283 aa  96.7  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  26.39 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  27.12 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  26.21 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  25.43 
 
 		 291 aa  95.9  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  25.08 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  25.68 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  28.85 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 311 aa  95.5  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.81 
 
 		 308 aa  95.5  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  25.34 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>